首先看到这个名字,有没有勾起你的某些回忆呢? R绘图我们已经出过几期 今天我们来了解一下桑基图
如下图 那么桑基图在我们科研中有什么用处呢?目前我见过的最常见的两个用处,一个是展示某分组,与肿瘤分期,患者生存状态,另一种就是展示ceRNA网络中的lncRNA-miRNA-mRNA的关系,今天我们来简单实现一下,大家只要套用数据就可以画出自己的桑基图了。 安装加载包install.packages("ggalluvial") library(ggalluvial) 载入数据我们用的是自带的数据,来表示泰坦尼克号上乘客多维分类数据 titanic_wide <- data.frame(Titanic) head(titanic_wide) 画图ggplot(data = titanic_wide, aes(axis1 = Class, axis2 = Sex, axis3 = Age, y = Freq)) + scale_x_discrete(limits = c("Class", "Sex", "Age"), expand = c(.1, .05)) + xlab("Demographic") + geom_alluvium(aes(fill = Survived)) + geom_stratum() + geom_text(stat = "stratum", label.strata = TRUE) + theme_minimal() + ggtitle("passengers on the maiden voyage of the Titanic", "stratified by demographics and survival") 出图就是这么简单,快赶紧用自己的数据试一下吧 下面是福利专用贴,目前公众号所有的福利都在里面 目前有 1. 火山图,热图示例文件及完整代码 2. R语言学习基础知识代码 3. R语言实战(中文完整版) 4. R数据科学(中文完整版) 5. ggplot2:数据分析与图形艺术 6. 30分钟学会ggplot2 7. TCGA数据整理8. ggplot2速查表pdf(可复制) 万水千山总是情,点个在看行不行,哈哈哈哈哈哈哈。 |
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