|
胆道闭锁（BA）是新生儿期进行性的胆道梗阻性疾病，是导致婴儿持续性黄疸的重要原因，如未得到及时治疗，可迅速发展为肝硬化。在这项研究中，作者应用机器学习方法识别与BA潜在发病机制相关的不同亚型并进行生物信息学分析。首先，作者从基因表达综合（GEO）数据库下载GSE46995微阵列数据集进行无监督层次聚类分析以识别BA亚型。然后通过功能富集分析和蛋白质-蛋白质相互作用网络分析确定与每个亚型相关的分子机制。GSE15235用于验证。
请扫描下方二维码 非肿瘤生信文章列表
非肿瘤生信+简单pcr验证 快速发3分+SCI 自噬，铁死亡，焦亡等都可以
又见非肿瘤7.5分SCI，生信分析+组化验证 可重复
最新7.5分非肿瘤纯生信，分析一点不难，这种思路你想到没有？ 非肿瘤7.5分纯生信，2个月接收 6+生信思路 21天接收！肿瘤和非肿瘤均适合 非肿瘤生信 如何分析才能发4分SCI 3+经典非肿瘤生信套路，值得收藏学习！ 学习一下3分+非肿瘤生信，2个月接收 4分SCI，40天接收，较简单的非肿瘤纯生信 胆道闭锁（BiliaryAtresia，BA）是婴儿期常见的严重肝胆系统疾病之一，以胆管进行性炎症和纤维化为特征，如不及时治疗，晚期会出现胆汁性肝硬化、门静脉高压甚至肝功能衰竭。全球各个国家均有发生，亚洲地区较欧美地区发病率相对较高。Kasai肝门肠造口术和肝移植的发展大大改善了BA患者的预后。然而，BA存活率与手术时间和早期诊断有关。即使在成功手术后，仍有40%-50%的患者出现肝损伤和纤维化进展。肝移植后长期并发症和免疫抑制也是一项重大挑战。阐明疾病表型和发病机制是改善当前BA症状和开发新治疗策略的关键。①使用xCell估计基因表达谱的免疫和基质细胞类型。③基因集变异分析(GSVA)检测GSE46995数据集通路活性变化。结果： 下图A：基于数据集GSE46995分析的免疫和基质细胞组成。 下图B：使用factoextra包选择最佳簇数(K)。 下图C：使用factoextra包对聚类结果进行可视化。 下图D：用CancerSubtypes包绘制轮廓宽度图。 下图E：BA患者通过SNF和CC的集成方法(SNF-CC)分为3个不同的亚型。 
BA亚型的差异表达分析 ①检验各亚型之间的差异表达基因。 ②维恩图识别代表性差异表达基因。 结果： 下图A：计算2个亚组中每个的差异基因并相交。亚型1、亚型2和亚型3分别由839、1173和1447个代表性基因组成。 下图B：所有3种亚型中代表性基因的热图。 下图C：计算2个亚组的差异免疫细胞并相交，亚型1、2和3分别由10、14和24个代表性免疫细胞和基质细胞组成。 下图D：所有3种亚型中代表性免疫细胞和基质细胞的热图 
功能和通路富集分析 ①使用R包“clusterProfiler”和“ReactomePA”进行富集分析和通路分析。 结果： 下图A-C：对亚型1(A)、亚型2(B)和亚型3(C)的代表性基因进行了分子功能富集和反应组通路分析。 
不同亚型的枢纽基因识别 ①通过STRING构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络分析。 ②通过Cytoscape插件MCODE和CytoHubba识别hub基因。 结果： 下图A-C：来自亚型1(A)、亚型2(B)和亚型3(C)的代表性基因的前3个模块，每个模块中的相关中心基因（红色）从degree值中获得。 
小结： 在这项研究中，作者从GEO数据库下载BA微阵列数据集，根据xCell评估基因谱的相对富集分析免疫和基质细胞类型。应用机器学习方法对免疫细胞和基因表达进行无监督聚类以揭示BA患者之间的异质性，同时确定BA的3种亚型。然后使用独立的BA数据集进行验证。最后通过识别相关的免疫细胞和中枢基因探索与每个BA亚型相关的差异表达基因和潜在作用机制。
基因集泛癌分析文章列表 基因集泛癌分析，重磅来袭
想发高分纯生信文章，这也许就是你的机会 11.6分，最热复合物泛癌纯生信分析！想发高分纯生信不容错过
11分+SCI 基因集泛癌纯生信分析，两个多月接受，可重复！
快来看看最新的27分基因集泛癌分析是怎么做的
13+SCI 基因集泛癌分析纯生信 可重复
基因集泛癌分析
6.6分基因集泛癌分析纯生信 并没有很难
25天接受的基因集泛癌分析，先人一步的优势！ 7.6分基因集泛癌纯生信分析，从投稿到接收仅一个月！
最新6.6分，45天接收的基因集泛癌纯生信 值得尝试！
单基因泛癌分析文章列表 单基因泛癌高阶套路模板
单基因泛癌生信高阶模板结果展示 对比两篇单基因文章，一篇7.5分，一篇未发表 对比刚发表的2区6.5分生信文章和我们的泛癌分析内容
被致谢！2021年7分+单基因泛癌纯生信，投稿到接受30天！
单基因生信发准7分SCI，又又被致谢 如何利用生信快速蹭热点发文章-满堂红 适合发纯生信或者生信加表达验证的基因
单基因-泛癌-纯生信 又发表7.5分SCI！ 5.3分2区单基因泛癌纯生信 最新7.5分SCI 单基因单肿瘤生信+简单实验
单基因-泛癌-纯生信 又发表7.5分SCI！ 8分+ 单基因干湿结合，非常规思路，值得学习 单基因泛癌如何补实验？ 单基因干湿结合发7.5分SCI，2个月接收，有实验条件的可轻易模仿 7.5分，2个月接收的单基因生信+组化验证 可重复！ 6.6分 不到两个月接收 单基因生信+实验可以这样做 7.7分nature子刊，单基因泛癌分析与免疫治疗的关联 6.2分 生信+实验 经典套路，永不过时（一篇单基因泛癌的文章可以拆分成多个肿瘤单独发） 5.3分2区单基因泛癌纯生信 6.2分SCI，从投稿到接收仅38天！刚见刊的单基因泛癌纯生信
非肿瘤生信文章列表 非肿瘤生信+简单pcr验证 快速发3分+SCI 自噬，铁死亡，焦亡等都可以
又见非肿瘤7.5分SCI，生信分析+组化验证 可重复
最新7.5分非肿瘤纯生信，分析一点不难，这种思路你想到没有？ 非肿瘤7.5分纯生信，2个月接收 6+生信思路 21天接收！肿瘤和非肿瘤均适合 非肿瘤生信 如何分析才能发4分SCI 3+经典非肿瘤生信套路，值得收藏学习！ 学习一下3分+非肿瘤生信，2个月接收 4分SCI，40天接收，较简单的非肿瘤纯生信 肿瘤分型文章列表 8.8分纯生信免疫分型，换个肿瘤可重复 最新7.2分SCI，又见“免疫”分型，从投稿到接收不到一个月！ 6.6分纯生信免疫分型，换个肿瘤可重复 最新7+生信SCI 单肿瘤分型 可模仿
|
