过完元宵节,才算过完年,满血复活,新的一年,多多研究模型,提升自己!下面这篇文献,是利用MAS和GS结合的模型,很有启发性。特别是对于育种群体,非常有用!1. 文献❝ 2. 概念2.1 MASMarker-assisted selection:分子标记辅助选择 该方法是使用少量的分子标记,这些标记和QTL紧密关联,根据标记的分型,进行选择。效果有限,而且不同群体,差别较大。 2.2 GWAS全基因组关联分析 2.3 BLUP动物模型中,运用系谱构建亲缘关系矩阵,对个体进行BLUP育种值的计算。 2.4 MA-BLUP首先运行GWAS得到显著性的SNP,然后将其放到BLUP的模型中作为固定因子。 2.5 GBLUP通过分子标记信息构建亲缘关系G矩阵,对个体进行GBLUP育种值的计算。 2.6 MA-GBLUP首先运行GWAS,得到显著性SNP,然后将其放到GBLUP模型中作为固定因子。 2.7 Bayesian模型(BVS)主要是应用贝叶斯类的方法,进行基因组选择。 3. 主要结论3.1 BLUP VS MA-BLUPMA-BLUP相对于BLUP方法,准确性提高 ❝ 3.2 GBLUP VS MA-GBLUPMA-GBLUP 比GBLUP提升了 3.3 MA-BLUP VS GBLUP在样本数较小,和参考群和候选群关系较远时,MA-BLUP比GBLUP还要好 3.4 MA-GBLUP VS BVS本文中,BVS比MA-GBLUP稍好,但是MA-GBLUP更具有操作性,特别是针对大群体(运行速度快!) 方法4.1 数据四个品种:大白(Large White),地方种(Dutch Landrace),挪威长白(Norwegian Landrace)和杜洛克(Duroc) 性状:乳头数(Number of teats) 「数据汇总:」 4.2 模型
4.3 GWAS模型采用混合线性模型。
「软件」ASReml软件 「SNP解释的百分比」
「补充知识」 ❝
❝ ❝ 4.4 BLUP,MA-BLUP,GBLUP,MA-GBLUP这四个模型,基本一致。
这些模型,都是在
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