【原】使用conda配置一个单细胞数据分析环境

健明 2021-11-23

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首先需要安装conda

anaconda官网：https://www./products/individual
anaconda镜像：https://mirrors.tuna./anaconda/archive/
miniconda官网：https:///miniconda.html
miniconda镜像：https://mirrors.tuna./anaconda/miniconda/

每个人都可以安装自己的conda，每个用户独立操作

安装方法代码如下：

# 首先下载文件，20M/S的话需要几秒钟即可
wget https://repo./miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 接下来使用bash命令来运行我们下载的文件，记得是一路yes下去
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
#  安装成功后需要更新系统环境变量文件
source ~/.bashrc

首先保证自己的 conda 安装成功哦，然后进行下一步！

然后使用conda安装单细胞数据处理的R语言环境

很简单的几句话代码，主要是安装适合自己用户的R语言环境及相关的R包：

conda create -n r r-essentials r-base zlib pandoc
conda activate r
conda install -c bioconda bioconductor-singlecelltk
conda install -c bioconda bioconductor-singlecellsignalr
which R
ls -lh $HOME/miniconda3/envs/r

这个时候，你无需理会你的服务器的R语言版本或者R包啦，因为你每次都会 conda activate r 激活你自己的R语言环境哦。我们在这个环境里面安装了 bioconductor的 singlecelltk和singlecellsignalr，因为它们本身就会依赖大量的其它R语言包，所以理论上这个时候你的这个 conda activate r 小环境，已经是比较好的可以用来做单细胞转录组数据分析的啦！

两个工具的主页分别是：

https:///packages/3.14/bioc/vignettes/SingleCellSignalR/inst/doc/UsersGuide.html
https:///packages/3.14/bioc/html/singleCellTK.html

一般来说，默认会安装最新版 R 语言：

    r-askpass-1.1              |    r41hcfec24a_2          28 KB  
    r-assertthat-0.2.1         |    r41hc72bb7e_2          70 KB  
    r-backports-1.3.0          |    r41hcfec24a_0         104 KB  
    r-base-4.1.1               |       hb93adac_1        24.8 MB  
    r-base64enc-0.1_3          | r41hcfec24a_1004          44 KB  
    r-bit-4.0.4                |    r41hcfec24a_0         613 KB  
    r-bit64-4.0.5              |    r41hcfec24a_0         506 KB  
    r-blob-1.2.2               |    r41hc72bb7e_0          64 KB  
    r-boot-1.3_28              |    r41hc72bb7e_0         633 KB  
    r-brio-1.1.2               |    r41hcfec24a_0          37 KB