【原】在Linux的黑白命令行无法看R语言配色的解决方案

通常情况下我们是在自己的Windows或者Mac电脑使用R语言，出图，每一个步骤都是动态交互并且随时随地的可视化。

比如ggsci这个出名的配色包，对于科研人员来讲，更感兴趣的可能是科研期刊的配色。ggsci 提供了 SCI 科研期刊图形的配色，包括 NPG、AAAS、NEJM、Lancet 等等。首先是获取颜色，有独立的函数，加载ggsci包即可：

library(ggsci)
cl=pal_lancet("lanonc",alpha = 0.6)(9)
cl 
library(scales)
show_col(cl)


上面的代码如果是在自己的Windows或者Mac电脑使用R语言，出图，很容易看到不同的配色系统，肉眼可见的分辨，这9种颜色的具体情况如下：

这9种颜色

但是也有部分R包或者批处理的时候，我们会选择Linux服务器跑R代码，但是Linux的黑白命令行无法看R语言配色

这里推荐一个神器 ：

代码如下：

library(ggsci)
cl=pal_lancet("lanonc",alpha = 0.6)(9)
cl 
library(scales)
show_col(cl)
prismatic::color(cl)


仍然是可以看到如下所示 9种颜色 ：

 

可以看到这个时候  使用 show_col(cl)是无法出图的，因为是在Linux系统，但是可以使用 prismatic::color(cl) 来曲线救国，展现我们的颜色情况！

细心的小伙伴肯定是发现其实不一样，跟前面我们在自己的Windows或者Mac电脑使用R语言出图展现的9种颜色不一样！！

其实是因为我们自己的Linux服务器通常是使用终端进行链接，而且这个终端本来就是有自己的配色系统。相当于是两个配色的叠加！

大家赶紧去Linux命令行测试一下吧！

再怎么强调生物信息学数据分析学习过程的计算机基础知识的打磨都不为过，我把它粗略的分成基于R语言的统计可视化，以及基于Linux的NGS数据处理：

• 《生信分析人员如何系统入门R(2019更新版)》
• 《生信分析人员如何系统入门Linux(2019更新版)》