什么是Pacbio SMRT呢？
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注：以下内容转载自公众号“欧易生物” 和 “享豆健康”，以及SMRT测序官方论坛ppt，感谢分享！ 1. PacBio测序原理 2 . PacBio 建库 3 . PacBio vs. 二代测序 4 . PacBio vs. Nanopore 5 . PacBio 的未来？ 什么是Pacbio SMRT呢？ 1. PacBio测序原理 第三代测序技术又被称为"Single Molecule Real Time (SMRT™) DNA Sequencing"（单分子实时DNA测序技术），该方法基于纳米孔的单分子读取技术，不需要PCR扩增即可快速读取序列。目前，Pacific Biosciences公司已经成功推出了商业化的第三代测序仪PacBio RS平台，它的测序流程如图（1）。 图1：PacBio测序完整流程 2 . PacBio 建库 三代测序不仅在原理上与二代测序不同，在建库流程上也有很大差异。PacBio建库流程如图（2）。 图2 三代测序建库流程 3 . PacBio vs. 二代测序 Pacbio优势：测！得！长！ 目前所有三代测序的应用都围绕这个特点展开。 比较成熟的有：（1）疑难物种的全基因组测序，例如中药、植物、动物等等。 （2）全长转录组。 在微生物领域，目前也是主要应用在细菌全基因组测序，以及16S全长宏基因组。 Pacbio劣势：贵！ 因为贵，所以通量上不去。 4 . PacBio vs. Nanopore Pacbio作为第一款三代测序仪，其在三代的领袖地位目前正受到新秀Nanopore的严重冲击。特别是Nanopore进入中国市场后，其便携性和低进入成本受到了广大科研用户的青睐。 不过，窃以为，目前Pacbio相比于Nanopore还是有其独特的优势的。 其中最大的优势： 独特的“环状”接头和与其配套的、具有专利的滚环测序。 Pacbio开创性的将一条序列两侧加上环形接头后，利用其测序长的特点对其反复测序，实现了一条序列的各subread间的自比对自校正，有效解决了三代测序错误率高的缺点。 5 . PacBio 的2018 值此一年一度的Pacbio SMRT测序技术高峰论坛在北京召开 笔者惊喜的发现，之前的部分期待真的成为了现实呢~ Pacbio优化1：时间缩短了。原来需要3~4天的建库时间缩短到2天。特别是片段分选前的步骤，现在一管化操作，时间更是缩短到3.5小时。 又快又方便，已经可以和二代测序建库相媲美啦。 下图左侧是优化前，右侧为优化后流程图： Pacbio优化2：更为人性化细致的试剂盒及配套的实验方案出炉。 仅以其Express试剂盒为例（下图所示）。 试剂盒中所有的管子不仅用各种颜色标记，方便区分，且，其上都有数字编号1-16,并且按照顺序在盒中放置。放置的顺序也就是在实验操作过程中用的顺序。 我们再也不用担心取错试剂了~~~ 此处当有掌声！ 希望所有的试剂公司都能仿照Pacbio的试剂，对我们实验室的工作真是一大助益啊 Pacbio优化3：将原有96barcode优化成更灵活的多种选择的混库方式（8种、16种、96种）。 让我们可以因地制宜，视情况选择。很好。 Pacbio优化4：SMART analysis 5.1及各官方分析软件全面升级 覆盖所有原功能，支持全部新试剂盒，能质控，能分样，能拼接，能做全长转录组，能做结构变异分析，还能啥？ 这个得再玩玩才能知道了。 总而言之，此次大会透漏了Pacbio在软件和配套试剂的方方面面的升级，还是蛮让人满意的。 可惜，高冷的Pacbio之花啊，你的成本啥时才能再降一降呢？ 此外，目前Pacbio只有一个型号Sequel，别管你是科研还是厂家，别管你是大医院还是小实验室，只要你想用Pacbio就只有这一个选择。这未免太不因地制宜了。希望Pacbio能推出适用于不同场景的测序型号，让每个希望发展三代测序的实验室都能选择自己最适合的那盘菜。 注：以上内容转载自公众号““欧易生物””和“享豆健康”，以及SMRT测序官方论坛ppt，感谢分享！ |
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