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万字长文盘点那些微生物数据库（下）研究人员可以在GISAID数据库中找到大量的流感病毒基因组序列数据，这些数据对于流感病毒的研究、监测和疫苗开发具有重要意义。Pfam数据库收集了大量已知的蛋白质家族和结构域的信息，通过蛋白质序列的比对和分析，可以将未知蛋白质的功能和结构预测到已知的蛋白质家族中。除以上介绍的18种数据库外，还有很... 阅2 转0 评0 公众公开 24-05-20 18:12 |
该数据库是一个综合性数据库，收录了基因组和宏基因组测序项目及其相关元信息。微生物基因组数据库旨在建立病原微生物领域专业的数据库，并提供基因组数据检索、下载和信息共享服务，为用户提供全面的公开可用的基因组和宏基因组数据，同时实现基因组数据的在线动态可视化展示，方便科研人员进行数据的分析和管理。微生物基因组数据库综合了细... 阅2 转0 评0 公众公开 24-05-15 18:57 |
万字长文盘点那些微生物数据库（上）日本DNA数据库DDBJ(DNADataBank of Japan)，是由国家遗传研究所（NIG）于1984年建立的，也是一个全面的核酸序列数据库，与美国NCBI，欧洲EMBL数据库每日都交换更新数据和信息。此外，DDBJ数据库还与国家生物科学数据库中心（NBDC）合作，建立了一个专门收录日本人基因型和表型的数据库（JGA），该数据库的数... 阅3 转0 评0 公众公开 24-05-13 17:48 |
Circlator：锚定环状序列的起点。不过笔者觉得最有用的还是序列起点的锚定功能。conda create -n circlator cirlatorconda activate circlator.circlator fixstart Old.fasta New.示例程序里的Old.fasta为输入文件，New.fasta为输出结果，已经锚定了起始和终止位置（默认从dnaa基因序列作为起始位点，如果想选择其他基因作为起始点，增加参数--... 阅1 转0 评0 公众公开 24-05-06 18:12 |
此句来源原来在这儿。99.9%菌仍有待发现？此句来源原来在这儿。简而言之，在本文中，作者预估了地球上的细菌和古菌的物种数超过了1千万种（文献34中的预估结果是2百万种）。在文中的Table2有标注已知菌种的情况。那我们合理的推算下，1-已知的菌种（1万）/预估的所有菌种（1千万）=99.9%.即世界上有待发现的菌种比例约为99.9%~ 阅3 转0 评0 公众公开 24-04-15 19:42 |
Easyfig：本地化基因组画图工具。Easyfig的官方网址：https://mjsull.github.io/Easyfig/首先我们准备待分析的基因组序列，建议是NCBI的gbk文件（一般文件末尾是gbk或者gbff，这种格式文件同时包含了基因组和基因信息），将所有的文件放到一个文件夹下。略作等待，你的基因组比对图就画好啦~打开输出文件我们看一看，貌似还不错~每一行是一个基... 阅59 转0 评0 公众公开 24-04-10 10:12 |
高歌一曲~用人工智能送您迟到的女神节礼物。人工智能创造歌曲的优点：拯救五音不全党（如笔者这样的超级音痴）歌词来自于2022年笔者仿写的《铿锵玫瑰》风雨彩虹铿锵玫瑰。纵横四海笑傲天涯永不后退。纵横四海笑傲天涯风情壮美。 阅3 转0 评0 公众公开 24-04-08 19:00 |
ANI计算实用宝典-基因组相似度。ANI（Average Nucleotide identity，基因组平均遗传相似度）是基因组两两比较时非常实用的一个指标。$ ./fastANI -q [QUERY_GENOME] -r [REFERENCE_GENOME] -o [OUTPUT_FILE]（2）skANI（命令行版）#1v1比较skani dist genome1.fa genome2.fa#多v多比较skani triangle genome_folder/* >skani_ani_matrix.txt... 阅36 转0 评0 公众公开 24-04-07 17:48 |
Kingfisher：方便快捷的FQ批量下载工具。前期笔者也陆续和大家分享了如何从NCBI下载细菌基因组数据库（《从NCBI下载基因组数据的N种方式比较》），或者如何下载NT/NR数据库（《NCBI NT库本地下载的n种方法》）。此处PRJNA177893是示例数据，是我随便找的NCBI上一个土壤16S扩增子测序项目（bioproject），假设我们想从NCBI下载这个样本的原始测... 阅3 转0 评0 公众公开 24-04-01 16:15 |
[原]五大序列比对工具排排队 五大序列比对工具排排队。Blast（Basic Local Alignment Search Tool）是一种常用的序列比对工具，基于局部比对算法，通过寻找两个序列之间的相似片段来确定它们的同源性。Blast的原理是通过构建索引和比对算法，在数据库中快速查找相似序列。Mummer（NUCmer和PROmer） 是一组用于基因组比对和序列比对的工具，基于最长公共子序列（LCS）算法和... 阅57 转0 评0 公众公开 24-03-24 17:42 |
