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前些日子有朋友问我Easyfig这个工具 这个确实是我知识盲区了，我以前没用过。 不过因为朋友问，我也好奇的去瞅了一下~ 结果发现，还真不错~ 是一个比较方便的Windows版本的基因组比对画图工具。 大家知道生物信息工具很多都是Linux命令行版的，能在windows下运行的少之又少，能有界面通过鼠标点击操作的，目前更少 Easyfig就是这样一款可以安装在我们Windows工作电脑上且用来生物信息分析和画图的工具。 不过试用后笔者也发现，Easyfig的安装使用还是有些坑的。官方的文档也不是那么的清楚，因此做了以下记录，方便其他同行们的使用。 Easyfig的官方网址：https://mjsull./Easyfig/ 在Download页面我们可以看到有多种下载包，我们要下载的当然是Windows版本的。
下载Easyfig_2.2.5_win.zip到本地电脑后（最好不要放在中文字符路径下），解压缩，进入相应文件夹后，可以看到很多个文件。找到下图所示的Easyfig.exe文件。双击！
如果出现以下页面，说明Easyfig安装第一步完成
注意这个时候安装还没有完，我们还需要安装Easyfig所需要的Blast工具（这步经常有人忽略） 如下图所示，点击上侧菜单栏里的Blast后，选择第一个选项“Download Blast Automatically”后等待一段时间。
等待出现以下界面时，说明安装成功。
下面我们就可以开始分析和画图啦。（PS：如果下载失败，可以手工安装Blast，参照前贴《什么？我可以用windows电脑玩Blast？》） 首先我们准备待分析的基因组序列，建议是NCBI的gbk文件（一般文件末尾是gbk或者gbff，这种格式文件同时包含了基因组和基因信息），将所有的文件放到一个文件夹下。这里为了演示，我准备了一个tmp文件夹，放了5个基因组文件。
点击Easyfig界面上的Add folder按钮
选择您要输入的文件夹后，我们可以看到待分析的序列文件已经列到了左侧原本空白的Annotation files列表里。 此时，我们点击“Generate blastn Files”。等待一段时间。这一步的目的是让序列两两比对，为下一步画树生成素材。
运行完成后，可以看到已经生成了很多比对结果（注意这个时候还不是图）PS：这步如果出错，主要原因多是本地Blast没有安装好。如果卡到这步，建议反复检查自己电脑的blast工具。 然后，我们开始最终目标，画图！我们需要进一步点击Create Figure按钮（哦对了，点击记得设置上方的Save as输出文件路径）
略作等待，你的基因组比对图就画好啦~打开输出文件我们看一看，貌似还不错~每一行是一个基因组，绿色的三角是gene序列，黑灰色连线代表了基因组之间的比对结果。
当然这个图还有进一步美化的空间。 如果您需要修改颜色，修改展示区域，改变比对结果等等，可以调整上方菜单栏的Image中的各个参数，进行微调（如下图所示）
以上就是笔者学习和尝试使用EasyFig的使用记录~小记分享之 学海无涯，前方坎坷无数，鲜花亦有，诸君珍重，且行且高歌~ 长按关注 公众号名称：微微悦明 科学的乐趣是获得新知识的喜悦~ 高通量测序、大数据病原微生物检测和监测健康大数据行业资讯记录与分享 |
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