【原】ANI计算实用宝典-基因组相似度

ANI（Average Nucleotide identity，基因组平均遗传相似度）是基因组两两比较时非常实用的一个指标。

详情可见前贴

《细菌基因组平均遗传相似度(Average nucleotide identity，ANI)》

《怎么用Genome做细菌鉴定？ANI来帮手》

前期已经介绍过重要性啦，今天咱们就跳过理论，直接聊一下具体用什么工具计算。

分享几个笔者自己特别喜欢的工具：

（1）fastANI（命令行版）

https://github.com/ParBLiSS/FastANI

优点：快速，简约

支持基因组1v1的比较

$ ./fastANI -q [QUERY_GENOME] -r [REFERENCE_GENOME] -o [OUTPUT_FILE]

也支持多对多的比较（可生成matrix矩阵）

$ ./fastANI --ql [QUERY_LIST] --rl [REFERENCE_LIST] --matrix -o [OUTPUT_FILE]

（2）skANI（命令行版）

优点：实测比fastANI更快，数据量大的时候用它~

https://github.com/wwood/skani

#1v1比较skani dist genome1.fa genome2.fa#多v多比较skani triangle genome_folder/* > skani_ani_matrix.txt#可视化 python scripts/clustermap_triangle.py skani_ani_matrix.txt  

（3）在线ANI计算（网页版）

优点：可视化操作

http://data./pgdb/analysis/task-commit/blast

以上分享，包含2种命令行工具、1种网页工具，各有各的优点~大家按需选择。

还是那句话，能解决问题的工具，就是好工具~ 

如果有其他更好的工具，也欢迎大家分享~

PS：需要注意的是，由于底层算法的不同，用不同工具得到的结果会略有不同哦（基本相似，会在小数点后几位有差异）。

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