|
01 什么是核糖体RNA？ 核糖体RNA：即ribosomal RNAs (简称rRNA)，是3类RNA（tRNA,mRNA,rRNA)中相对分子质量最大的一类RNA,它与蛋白质结合而形成核糖体,其功能是作为mRNA的支架,使mRNA分子在其上展开,实现蛋白质的合成.rRNA占RNA总量的80%以上. 02 rRNA在测序中的作用和影响 首先我们需要明确的是，rRNA是RNA的一种，只对RNA测序结果有影响，如果我们是做DNA测序的话，那么无论样本中rRNA的比例有多大， 也是没有任何影响的。 rRNA的存在只对RNA测序有影响。 那么，我们在何种情况下需要进行RNA测序？rRNA对RNA测序的影响又如何呢？ 常用RNA测序场景之一：转录组测序。 转录组测序的研究对象为特定细胞在某一功能状态下所能转录出来的所有RNA的总和，主要包括 mRNA和非编码RNA 。转录组研究是基因功能及结构研究的基础和出发点，通过新一代高通量测序，能够全面快速地获得某一物种特定组织或器官在某一状态下的几乎所有转录本序列信息，已广泛应用于基础研究、临床诊断和药物研发等领域。 简而言之，转录组测序的研究对象是表达蛋白的mRNA，并不是核糖体RNA！ 常用RNA测序场景之二：基于mNGS技术的临床样本中病原体筛查 此时测序数据中研究对象主要为各类病原微生物的标志序列，也就是能将其从临床样本的大杂烩（人、很多种细菌、很多种病毒）中挑选出来的序列。由于rRNA一般具有较好的保守型，各种之间区分度不好，因此rRNA序列一般不能用做标志序列。 那么核糖体RNA测序对转录组测序或者mNGS病原体筛查工作的主要影响是？ 影响就是，浪费数据量！ 因为rRNA占了RNA总量的80%以上，所以如果不去除的话，测序数据中理论上80%以上都是rRNA，而不是转录组测序真正需要的mRNA序列或者病原微生物的标志序列。 03 我们是否要去除rRNA？ 浪费可耻，浪费测序数据量就是浪费测序试剂盒，就是浪费money，我们当然要尽可能避免了。所以不论是转录组测序还是病原体筛查，开展RNA建库实验前，都建议先去除rRNA。 但是（此处有转折），去除的前提是不影响建库。如果你的RNA样本量特别少，去除rRNA后建库质量受到影响，那就还是不要去除了。毕竟，凡是用钱能解决的问题都不是大问题。 再者，目前市面上去除rRNA的试剂盒都不便宜，这个成本也要预先考虑好才行呢。 长按关注 公众号名称：微微悦明 科学的乐趣是获得新知识的喜悦~ 高通量测序、大数据病原微生物检测和监测健康大数据行业资讯记录与分享 ### 说在最后的话： 向所有战斗在一线的疾控的小伙伴们致敬！ |
|
|
