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你是不是也同我之前一样只能用数字展示工作，结果枯燥又不直观 所以我现在越来越喜欢可视化工具了呢~ 一图胜千言，好的可视化工具绝对会给我们的工作加速又加分。 今天笔者向大家推荐两款序列比对可视化神器IGV和Tablet。对的，两款，大家可根据自己的喜好选择呢。 IGV：知名又强大 全称Integrative Genomics Viewer (IGV) 官方网址：http://software./software/igv/ Tablet：低调而美观 官方网址： https://ics./tablet/ 两款工具虽然界面不同，功能类似，都支持序列比对的可视化。 简单的说，通过这两个工具我们可以直观的查看序列与参考基因组的比对情况，比如覆盖区域、深度，特定区域的read挂载情况，以及variant情况等等。 这两款软件都是直接在官网下载安装包后本地即可安装，且都支持多个系统平台（Linux、Windows和Mac），可谓是兼容性非常的良好。 最后简单的说一下使用方法（两个软件基本一致，只是结果页面略有差异） 准备的输入文件必须有两类： 第一类：参考基因组。必须为fasta格式，且该基因组需要提前建好库，并且库文件必须与参考基因组同名且放置于同样的路径下。 建库方法如下（以bowtie2为例）： bowtie2-build reference.fasta reference.fasta第二类：比对文件。建议为bam格式，且bam文件需要提前排序。 bowtie2 -x reference.fasta -1 input_1.fq -2 input_2.fq -S query.samsamtools sort -@ 4 -O bam -o query.sorted.bam query.samsamtools index query.sorted.bam准备好输入文件后，鼠标点点点load就可以啦~ 是不是又直观又简单呢？如果你有什么好的工具，也欢迎留言与大家分享呢~ 每一天获得一点微小的收获和进步。小确幸的科研也很好。与君共勉！ |
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