【原】一图胜千言，序列比对可视化神器IGV和Tablet推荐

你是不是也同我之前一样只能用数字展示工作，结果枯燥又不直观。

所以我现在越来越喜欢可视化工具了呢~

一图胜千言，好的可视化工具绝对会给我们的工作加速又加分。

今天笔者向大家推荐两款序列比对可视化神器IGV和Tablet。对的，两款，大家可根据自己的喜好选择呢。

IGV：知名又强大   

全称Integrative Genomics Viewer (IGV)

官方网址：http://software./software/igv/

Tablet：低调而美观

官方网址：

https://ics./tablet/

两款工具虽然界面不同，功能类似，都支持序列比对的可视化。

简单的说，通过这两个工具我们可以直观的查看序列与参考基因组的比对情况，比如覆盖区域、深度，特定区域的read挂载情况，以及variant情况等等。

这两款软件都是直接在官网下载安装包后本地即可安装，且都支持多个系统平台（Linux、Windows和Mac），可谓是兼容性非常的良好。

最后简单的说一下使用方法（两个软件基本一致，只是结果页面略有差异）

准备的输入文件必须有两类：

第一类：参考基因组。必须为fasta格式，且该基因组需要提前建好库，并且库文件必须与参考基因组同名且放置于同样的路径下。

建库方法如下（以bowtie2为例）：

bowtie2-build reference.fasta reference.fasta

第二类：比对文件。建议为bam格式，且bam文件需要提前排序。

bowtie2 -x reference.fasta -1 input_1.fq -2 input_2.fq -S query.samsamtools sort -@ 4 -O bam -o query.sorted.bam query.samsamtools index query.sorted.bam

准备好输入文件后，鼠标点点点load就可以啦~

是不是又直观又简单呢？如果你有什么好的工具，也欢迎留言与大家分享呢~

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