【原】新型冠状病毒分型学习笔记(1) GISAID分型

GISAID全称全球共享禽流感数据倡议数据库，该数据库中目前已涵盖了超过26万株的新型冠状病毒基因组数据，且数据量仍在持续快速上涨中。该数据库中不仅有各地提交的新冠病毒基因组序列，且其中涵盖了病毒株名、编号、采样时间、采样来源（地域、宿主等）和提交机构、相关文献等等相关信息，可谓是内容非常的丰富。

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基于该数据库中的基因组序列，GISAID目前将新型冠状病毒分为了8个型，分别为S、L、V、G、GH、GR、GV和O型别。

1、L型

L型特点为在241位点为C、3037位点为C、23403位点为A、8782位点为C、11083位点为G、25563位点为G、26144位点为G、28144位点为T、28882位点为G。目前GISAID指定的参考基因组WIV04毒株即为L型毒株。

2、S型

S型与L型基因组相比具有2个位点的SNP变化，分别为C8782T、T28144C。

3、V型

V型相较于L型，于两个位点发生突变，分别为G11083T、G26144T。

4、G型、GH型、GR型、GV型

G型与L型相比，具有以下3个位点的突变特征，分别为C241T、C3037T、A23403G，其中23403位点发生的点突变，也就是非常著名的D614G突变。

在G型毒株的基础上，进一步发生G25563T突变的毒株被归为了GH型；

发生G28882A突变的毒株被归为了GR型；

发生C22227T突变的毒株被归为了GV型。

PS：这几个型别也是目前数据库中数量最多的呢~

除以上型别外，不能被归为S、L、V、G、GH、GV和GR型的毒株被统称为O型。

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