【原】一次测序上机可以做多少个样本？（2）

接上篇一次测序上机可以做多少个样本？（1）

上篇咱们聊到了 

测序上机的样本和样本之间并无任何物理的隔离，而是混到一个管里一起上机。因此我们一次上机，既可以只测一个样本，也可以测成百上千个样本，上机的样本数没有固定的限制。

但是，由于测序数据是有要求的，每次上机的样本数也不能是随意设置的，需要根据两个值预先估算！

估算的公式如下：

上机样本数（n）=测序仪单次运行下机数据量（Run data）/预计所需的单样本数据量（Sample data）

简单的说，我们需要先确定本次实验测序仪单次运行下机数据量的值(Run data)，再确定所需的单样本数据量的值(Sample data)，然后两者相除才能得到上机样本数。

首先说说测序仪单次运行下机数据量（Run data），取决于以下几个因素

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测序仪单次运行下机数据量（Run data）

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取决于你的测序平台。Miseq 和Novaseq的单次下机数据不一样，二代和三代也不一样。

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取决于你的试剂盒。同样的测序平台，上机试剂盒不同，产出数据也不一样。还是以Miseq为例，有600cycle的试剂盒，500cycle试剂盒，还有v2和v3的区别。价格不同，产出不同，需要根据需要购买。

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取决于你的文库质量。即使采用同样的测序平台和试剂盒，不同质量的文库产生的下机数据也有差异。简单的说，就是好的文库产出会较多。

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取决于最后上机的文库浓度。同样的文库上机时的浓度也有选择，可以选择不同浓度上机。我们还是以Miseq为例说明，上机有2pm、4pm、8pm、10pm、12pm等多个选择。理论上说，上机的文库浓度越高，获得的簇越多，产生的数据越多。但是测序爆的可能性也越大，也越危险。

再接着聊聊所需的单样本数据量的值(Sample data)，同样受多个因素影响。

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单样本数据量（Sample data）

例如，您上机的样本是测基因组 还是 宏基因组？假如是基因组，您所测的物种基因组大小是多少？您所做的如果是宏基因组的话，又是扩增子还是mNGS呢？此外，您测序深度的预估是多少呢？ 

简而言之一句话，您希望得到的样本数据量是多大？ 

理论上说，不管是何种测序需求，数据量越大，对达到目标的帮助也大，当然成本也相对较高（单个样本成本=单次上机的成本/样本数，样本数少了，单个样本成本也就高了）。所以对上机的单样本数据量需要在数据量和成本之间取个平衡~

如果我们是做细菌基因组测序的话又该如何计算呢？

细菌基因组建议测序量：>=1Gb; 如考虑成本问题，最低测序量也应大于Genome Size *100 , 如目标基因组为4Mb，则最低需要的测序量为400Mb。

换言之，如果我们做细菌基因组测序，其建议的上机样本数=Run Data/1Gb；如希望尽可能多的增加样本数，则最大的上机样本数=Run Data/0.4Gb。

(未完)

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