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NC文章的全基因组部分，关于GWAS的一些图本来不想复现，但是看到近期很多文章包括单细胞总是会挖掘GWAS用于自己的研究，而小编负责的课题也涉及到这一部分，所以还是决定试一下。 复现的图是文章的FigureS6，数据下载链接（a，b图的）：ftp.ebi.ac.uk:/pub/databases/gwas/summary_statistics/GCST90014001-GCST90015000/GCST90014052/GCST900140 52_buildGRCh38.tsv.gz 画曼哈顿图和qq图有很多包，例如qqman，ggplot也能实现。而这个文章中的图很明显用的是CMplot包，所以我们用这个包做图。 将下载的数据读入： setwd("D:/生物信息学")df <- read.table("GCST90014052_buildGRCh38.tsv.gz",header = T,sep = "\t")安装软件包： install.packages("CMplot")library(CMplot)这个包比较简单，只有一个函数CMplot，CMplot可以画很多图，曼哈顿图、QQ图、SNP密度图、圆形曼哈顿图等。可以单独画一个性状的曼哈顿图，也可以同时画多个。这次的例子画单个的即可！ 函数参数的基本解释如下： Pmap 数据文件col 设置颜色cex 点的大小pch 点的形状band 设置染色体之间的间隔ylim 设置y轴的范围cex.axis 设置坐标轴字体的大小plot.type 设置不同的绘图类型，可以设定为 "d", "c", "m", "q" or "b"，m为曼哈顿图，q为QQ图，c为环状曼哈顿图等xlab 设置x轴标签ylab 设置y轴标签threshold 设置阈值并添加阈值线threshold.col 设置阈值线的颜色threshold.lwd 设置阈值线的宽度threshold.lty 设置阈值线的类型amplify 设置是否放大显著的点signal.cex 设置显著点的大小signal.pch 设置显著点的形状signal.col 设置显著点的颜色LOG10 设置是否对p-value取log10对数conf.int.col 设置QQ图中置信区间的颜色画图曼哈顿图，结果与文章稍微有点不同，但大致一样，可能细节上的参数不一样！ CMplot(df,plot.type = "m", threshold = c(0.01,0.05)/nrow(df), threshold.col=c('grey','black'), threshold.lty = c(1,2),threshold.lwd = c(1,1), amplify = T, signal.cex = c(1,1), signal.pch = c(20,20),signal.col = c("red","orange"))画QQ图，这图与文章中的可以说是一摸一样了！ CMplot(df,plot.type = "q",threshold = 0.05)如果直接默认画图，可以直接出各种图： CMplot(df1)SNP密度图 环形曼哈顿图 曼哈顿图做出来了还没有结束，还要接着做Locus zoom，这是很多文章中常用的，Locus zoom类似于将曼哈顿染色体片段放大。 Locus zoom用在线工具，网址：http:/// 点击single plot:上传文件，选择放大区域！ 选择基因版本，EUR表示欧洲，ASN表示亚洲，AMR表示美洲，AFR表示非洲。 然后点击下面plot data，就可以等出图! 与文章中有出入，但是大概的意思是到位了，方法就是这样，还需要根据自己的分析需求和具体问题去设置参数，得到想要的结果！ 至此，NC文章图标的复现也就告一段落了，之后我们会进行转录组的系列，力求从数据分析和可视化两个方面提高和突破。 没有理论的实践是一塌糊涂的，没有展示理论结果的方法也是对数据分析的不尊重。继续努力吧！ |
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