【原】PubMed使用指南(一)：关键词检索

NCBI 是一个生命科研研究的综合性数据库。之前我们介绍了之前介绍了其中几个相关数据库: [[SNP是什么东西？#SNP 数据库]], [[Simple ClinVar -临床相关突变研究]], [[除了pubmed, ncbi还有哪些数据库]]。在这个里面还有一个经常用到的文献检索数据库：PubMed : https://pubmed.ncbi.nlm./ 。所以这几天就好好的讲解一下关于 PubMed 的使用方法。今天主要讲一下关于 PubMed 的关键词检索方面的内容。

以下使用教程主要来自于。PubMed User Guide: https://pubmed.ncbi.nlm./help/  。有兴趣的可以阅读使用手册。

文件检索方法

PubMed 提供了三种基本的检索方法：

1. 直接检索: 在检索界面，直接输入想要检索的内容即可。比如"mutation"。

   

   这样直接检索的方式，默认的就是在所有的区域 (all fields) 进行检索。

2. 高级检索: 点击主页的Advanced就可以进行高级检索。在高级就检索当中可以选择在哪个类型当中进行检索。比如在题目当中检索 mutation。就可以选择好标题区域之后进行输入“mutation”。

   

   
   

3. 标签检索: 标签检索和高级检索是一样的。只不过高级检索可以通过鼠标来选择想要检索的类型。而标签则以在检索内容后面添加标签的方式来规定检索范围。pubmed 当中支持的标签一共有下面这么多种。

   

   在上面的例子当中，输入"mutation[TI]"就得到相同的结果

   

通过了解可以发现 PubMed 的检索和其他类似百度等搜索引擎用法其实差不多。但是在使用 PubMed 的时候经常会发现输入关键词和返回的文献有时候没有任何关系。这个是由于 PubMed 特有的检索机制来决定的。

ATM 搜索系统

我们熟悉的搜索引擎基本上是根据输入的内容返回和输入内容完全匹配的信息。而 PubMed 则不是这样的。PubMed 的检索是基于自动术语映射 (Automatic Term Mapping, ATM) 系统来进行检索的。

在 ATM 系统中，输入的内容不会直接进行检索。而是先在一个包含 [[Mesh-主题词查询数据库]], 杂志名以及作者信息的“词典” 当中进行匹配。寻找和关键词类似的术语。然后利用匹配到术语进行检索。

例如"mutation (突变)"这个关键词。在输入到 PubMed 之后，利用 ATM 系统，会找到很多和 mutaion 有关的词语。最终检索的其实是下面的内容

这样也就导致了有时候 PubMed 返回的结果和我们想要的有一些出入。那么要怎么避免呢？

关键词检索

在知道如何避免之前还是需要了解 PubMed 检索的相关基础知识

和百度一样，在 PubMed 当中只需要输入想要检索的关键词就返回结果。所以一些基本的检索方法还是通用的。

1. 输入关键词检索：例如想要检索"mutation"。就直接输入即可。

   

2. 布尔符连接：如果有多个关键词，且关键词之间有一些逻辑关系。那么就可以通过布尔值 (AND, OR, NOT) 来进行连接。例如：想要检索突变和肿瘤。那就可以输入: "mutation AND cancer"

   

3. 大小写忽略：在英文检索当中涉及到字母大小写的情况。PubMed 会忽略大小写来进行检索。例如: "mutation", "Mutation"以及"MUTATION“检索的结果是一样的。

   

4. 符号转换：除了大小写转换，一些没意义的符号例如，逗号，等于号等等。在输入之后也会被强制性的转换为空格。例如"mutation = snp"和"mutation snp“检索的结果是一样的。

   

除了上面常见的输入方式。PubMed 也可以进行词组检索。这个也是可以避免之前说的过多匹配的方法。

词组检索

词组检索会强制 PubMed 只匹配完全一致的内容。而不会扩展到相近的词语。词组检索的方式有三种：

1. 检索词加双引号;

2. 检索词加标签；

3. 使用- 链接检索词 (这个只适用于多个关键词)

例如，我们还是检索 mutation。词组检索和非词组检索的结果有很大的差别。

因此通过词组检索到方式，就可以去掉一些非检索式的结果了。

多词检索

上面说的只是一个单词检索的情况。我们还会有输入词语检索的情况。

词语在字典中找到对应术语

如果==不使用词组检索==，会拿对应词语术语在特定类型当中进行检索。同时也会把词语拆成单个单词进行检索。例如: "INDEL Mutation"

不了解 INDEL Mutation 的可以查看：[[基因突变需要了解那些内容？]]

如果==使用词组检索==的话，则只会在特定的范围内进行检索。

词语在字典中找不到对应术语

如果==不使用词组检索==，则会把输入的内容拆成每个单词，先在“词典”中进行匹配然后 AND 合并。例如: "DNA PDCD1"和 "DNA AND PDCD1"的结果是一样的。

而如果==使用""进行词组检索"==, 由于词语找不到对应术语，所以还是会拆开进行 ATM 系统检索，最后 AND 在一起。但是也会提示原来的检索是没有结果。

如果==使用-进行词组检索==，在找不到对应术语的情况下就返回 0 个检索结果。

以上就是关于 PubMed 关键词搜索当中需要注意的内容了。除了基本的检索，上面也介绍了 PubMed 可以进行高级摸索。明天我们来介绍一下关于 PubMed 高级检索的内容。