网络版权侵权纠纷中，公证证据存在的瑕疵主要分为两种类型：一种是形式上的瑕疵，譬如公证管辖的瑕疵、公证书制作的瑕疵、公证程序的瑕疵等；一种是实质上的瑕疵，这种瑕疵是指公证事项的真实性存在问题。
相对于恶意申请人而言，公证人员在实践中往往会遇到一些困难。比如，公证使用的电脑根本没有上网，保全对象是硬盘内暂存的网页；或者电脑已经上网，但通过修改特定文件使特定域名指向内部IP地址，从而制造申请人所需要的假象。也有人在传递网页的服务器中做手脚，使某域名指向自己希望的IP地址；甚至有人乘公证员不注意在公证处的电脑中，安装某种木马软件或者通过黑客远程侵入公证处网络系统，从而达到控制公证处电脑系统的目的，使证据保全行为完全由自己控制。
对于网络证据保全公证所产生的瑕疵，主要有以下几个方面的原因：第一，公证人员缺乏网络证据保全知识，因操作不当导致保全公证不够完备、详实。第二，保全公证活动缺乏完善的法律保障。公证机构的性质为国家证明机构，法律并没有赋予其强制执行的权力。因此在网络侵权发生时，在侵权方和相关单位不配合的情况下，如何既合法又充分地进行保全公证，缺乏相应的法律保障。
而现有的公证机构管理模式与法定职能脱节，也影响公证证据的公信力。我国公证机构是依法设立，不以营利为目的，依法独立行使公证职能、承担民事责任的证明机构。但是事实上，我国公证机构改制后由国家机关变为事业单位，公证处在生存的压力下迫使自己去开拓证源，使其商业化倾向与代表国家机关证明职能脱节，导致公证证据的公信力下降。
此外，由于我国民事诉讼法没有明确电子证据的法律效力，权利人自主取证困难，因此往往过分依赖于保全公证一种取证方式，保全公证一旦出现瑕疵则难以弥补。
在司法实践中，法院直接认定传统的遗嘱公证等证据似乎已经成为司法惯例，但是对于刚刚起步的网络保全公证则并非如此简单。
面对一份存有瑕疵、又无其他证据可以佐证的保全公证，法院在判断其证据效力时应该考虑以下因素：首先，法院仅对公证书所证明的事实是否存在作出分析判断；其次，对于存有部分瑕疵，但不足以影响证据真实性、关联性、合法性特性的公证证据，法院应该对其优势证据效力予以确认。
此外，当保全公证存有的瑕疵导致其证明力不足以排除不侵权的可能性时，由于保全公证由权利人申请，应该以权利人证据不足为由，由权利人承担不利后果。而当对方提供足以推翻公证的相反证据时，如对方亦同时作出足以推翻权利人公证的保全公证或证人证言等证据时，则应当依法否定保全公证证据效力。
在网络侵权纠纷中，网络证据保全中复杂的公证环境和司法实务中网络保全公证出现的问题已经对公证人员提出了更高的要求。
因此，要进一步加强公证资格的认证体系，提高公证人员的网络基本取证技能，完善网络证据保全公证的程序；提高公证人员的准入门槛，加强公证人员的责任心，提高业务能力；公证机构在对证据进行保全时，应该严格依照公证法规定的操作规程进行，不能用非法的或以侵害他人合法权益的手段来获取证据。
公证人员可以选取公证机构或者任意网吧里的计算机，由公证人员亲自操作，从而避免因使用申请人提供的计算机或由申请人操作产生的瑕疵，避免利害关系人对公证证据的效力产生怀疑。公证文书记载的内容要详实、周密、准确。
公证时，公证人员应采取适当的保全方式，必要时可以采取多种方式合并使用，如对现场状况的保全，可以采取记录、拍照、录像，以及现场人员的陈述等多种方式共同进行，以确保公证证据的效力。此外，公证机构应高度重视网络安全，防止木马软件或者通过黑客远程侵入公证处网络系统。
同时，应该建立公证人员出庭作证制度。我国法律尚未规定公证人员出庭作证的义务，其实公证人员在证据保全过程中所履行的职责，同勘验人、鉴定人所履行的职责相同。因此，公证人员应同勘验人、鉴定人一样负有出庭作证的义务，就公证行为的客观过程做陈述，从而为有瑕疵的公证证据提供一些佐证。
目前，我国专家鉴定和咨询制度在民事诉讼中缺乏完备的操作规则，通常出现在诉讼当中由法院进行委托，对于诉前程序则未有涉及。
事实上，网络公证中，公证员常常很难判断网页来自于哪个服务器，其是否真的是公证对象的服务器。因此，在越来越多的网络公证中，即使公证员认真执行公证程序，如果其缺乏相当高的技术水准，也有可能被人利用。但是要求公证员普遍达到计算机专家的标准也不现实，那么在诉前的保全公证阶段，让计算机专家提前介入，将确保保全公证的准确性。此外，由于公证员在我国尚没有出庭的法定义务，专家则可以在诉讼中出庭接受询问，为法院及时查明事实提供技术上的便利。
同时，确认电子登记制度和电子签名的法律效力，引导权利人获取多种形式的网络侵权证据。为了解决电子证据效力认定上的难题，各国立法均作了相应的调整。我国亦应该顺应国外先进立法趋势，尽快完善我国相关立法。笔者认为，在网络著作权纠纷中的证据取得方式上，应当参照电子商务的模式，确认电子登记制度和电子签名的法律效力。
很多权利人之所以选择公证证据保全，主要原因在于与其他主体自主实施的证据保全行为相比，公证证据保全具有很强的法律专业性和技术性，法律专业性和技术性使公证人的证据行为能力明显优越于一般主体的行为能力。
然而，由于我国的网络公证保全尚处于起步阶段，公证人员在技术上远远跟不上网络的飞速发展，保全公证存有瑕疵的现象难以避免。因此，笔者建议，权利人不应把公证保全作为唯一的网络取证方式，除此之外可以获取证人证言等多种形式的证据，尽量充分取证，避免因公证保全不足导致的举证风险。此外，法院在审理案件中，发现公证书存在实质性的错误，除依法否定其证据效力外，还应该及时向出具该公证书的公证处发出司法建议撤销公证书。
综上可知，网络证据公证保全对法院及时审理网络版权侵权纠纷发挥了应有的积极作用，但是，证据保全过程中存在的一系列问题导致瑕疵公证证据的产生，又在一定程度上给司法实务带来操作上的困惑。笔者认为，应该借鉴国外先进的公证制度，尽快完善我国公证制度及公证证据相关立法，从而更好地解决司法实务中不断出现的网络侵权纠纷．
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