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前面给大家介绍过了 ☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-ENCORI篇 ☞R批量预测miRNA和靶基因之间的调控关系-TargetScan篇 有小伙伴拿自己的数据试了一下，反馈预测结果太多了。一般对于多个数据库或者多个软件预测的结果，可以通过取交集来提高预测结果的可信度，并且这样也能大大减少最后预测结果的数目。 我们前面介绍过☞RNA相互作用神器——ENCORI，这个数据库就提供多个miRNA靶基因预测软件的预测结果。你可以在查询miRNA靶基因的时候限定使用哪些预测软件（如下图红圈所示），这样得到的结果就是多个预测软件预测结果的交集。这里需要注意，限定的软件越多，得到的结果会越少，也有可能完全得不到结果，所以这个需要根据自己数据的实际情况确定。 那么我们怎么利用R代码来对miRNA预测结果取交集呢？ 我们知道一般在R里，对向量取交集，直接用intersect函数就可以了。 a=c("a","b","c")b=c("b","c","g")intersect(a,b)#[1] "b" "c"a=1:4b=3:7intersect(a,b)#[1] 3 4那么如果想对R里面的数据框取交集该如何操作呢？miRNA预测结果都是两列的数据框。 我们首先来创建两个数据框，模拟一下不同的软件的预测结果 set.seed(123)df1=data.frame(mir=sample(LETTERS,26),target=c(rep("TP53",13),rep("PTEN",13)))df2=data.frame(mir=sample(LETTERS,26),target=c(rep("TP53",13),rep("PTEN",13)))如果直接用R里面默认的intersect函数来对数据框取交集，结果是不对的 而我们希望得到的结果是对两列都取交集。 下面给大家介绍三种对R数据框取交集的方法 方法一、我们将各列的信息合并成一个字符串，然后取交集 #将各列的信息用_连接起来combine1=apply(df1,1,function(x) paste(x,collapse = "_"))combine2=apply(df2,1,function(x) paste(x,collapse = "_"))#查看合并后的字符串向量1和字符串向量2的交集index=combine1 %in% combine2#取出原始的数据框的交集数据result1=df1[index,]#保存数据框交集的结果write.table(file="intersect1.txt",result1,quote=F,row.names = F,sep="\t")方法二、利用dplyr包里的intersect函数 #加载dplyr包library(dplyr)#直接利用dplyr包里面的intersect函数对数据框取交集result2=intersect(df1,df2)#保存交集结果write.table(file="intersect2.txt",result2,quote=F,row.names = F,sep="\t")#查看跟第一种方法得到的结果是否一致all_equal(result1,result2)#[1] TRUE方法三、利用data.table包里的fintersect函数 #加载data.table包library(data.table)#将数据框转换成data.table格式，然后利用fintersect函数取交集result3=fintersect(setDT(df1), setDT(df2))#保存交集结果write.table(file="intersect3.txt",result3,quote=F,row.names = F,sep="\t")#查看跟第一种方法得到的结果是否一致all_equal(result1,result3)#[1] TRUE为了方便大家交流学习，共同进步，我特地创建了微信交流群 |
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