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在分析表达谱芯片的时候，我们经常会遇到多个探针对应同一个基因的情况。一般遇到这种情况，最常见的两种处理方法是 1）取平均 2）取表达值高的那个探针 那么今天我们就用R来实现这两种处理方式。至于，如何将探针转换成相应的基因名字，相对来说还是比较容易的。一般的芯片数据都会有一个相应的注释文件，从中可以找到探针对应的基因名字。对于一些Agilent的商用芯片和一些比较特殊的芯片平台，可能找不到探针的注释文件。前面我们也简单介绍过 首先我们先来随便造一个基因名有重复的表达谱数据。 #设置随机过程的seed，保证结果可重复set.seed(123)#随机生成一个30行10列的矩阵expr=matrix(runif(300,5,10),ncol=10)#列名字为sample1-10colnames(expr)=paste0("sample",1:10)#行名从26个大写字母里面有放回的抽取30个字母，作为基因名genes=sample(LETTERS,30,replace=T)#合并得到基因名有重复的表达谱矩阵expr=data.frame(genes,expr)expr接下来我们先用第一种方法 1）取平均 #利用aggregate函数，对相同的基因名按列取平均expr_mean=aggregate(.~genes,mean,data=expr)expr_mean会得到如下结果，感兴趣的小伙伴可以随便挑几个check一下 2）对于重复的基因名字，取表达值最大的哪一行 其实aggregate也可以对相同的基因使用max函数取最大值，但是这样处理是有问题的。例如同一个基因出现了三次，那么会有三行数据。如果使用aggregate+max，对于每一个样本，他会从三个值中挑选最大的那个值最为这个样本的表达值，这样做是不科学的。我们先来看看效果 #利用aggregate函数，对相同的基因名按列取取最大值expr_max=aggregate(.~genes,max,data=expr)expr_max原始数据 处理之后的数据 所以这个做法不可取。 对于相同的基因，我们应该挑选行平均值大的那一整行，而不应该打乱。 #计算行平均值，按降序排列index=order(rowMeans(expr[,-1]),decreasing = T)#调整表达谱的基因顺序expr_ordered=expr[index,]#对于有重复的基因，保留第一次出现的那个，即行平均值大的那个keep=!duplicated(expr_ordered$genes)#得到最后处理之后的表达谱矩阵expr_max=expr_ordered[keep,]expr_max最后结果是这样的 为了方便大家交流学习，共同进步，我特地创建了微信交流群 |
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