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做生物信息学分析，免不了要跟DNA，RNA，蛋白序列打交道。前面给大家介绍过几种获取DNA反向互补序列的方法。 最近小编又get了一个新的R包Biostrings，能轻松的实现序列反转，互补，反向互补配对等操作，今天就迫不及待的来跟大家分享一下。 #我们的DNA序列DNA_seq="AGCTTATCGATCGATCGTAGCTACGTAGCTACGTAC"#首先需要安装Biostrings这个包BiocManager::install("Biostrings")#加载Biostrings这个包library(Biostrings)#构建DNAstring对象DNA.str <- DNAString(DNA_seq)DNA.str接下来我们来看看这个包都能做什么事情 #查看序列长度length(DNA.str)#获取反向序列rev_seq=reverse(DNA.str)#转换成字符串toString(rev_seq)#获取互补序列complement(DNA.str)#获取反向互补序列，一个函数就搞定了reverseComplement(DNA.str)#转换成RNA序列RNAString(DNA.str)#翻译成氨基酸序列translate(DNA.str)#统计每个碱基出现的次数letterFrequency(DNA.str, DNA_BASES)#统计每个碱基出现的频率letterFrequency(DNA.str, DNA_BASES, as.prob = TRUE)#统计序列的GC含量letterFrequency(DNA.str, "GC", as.prob = TRUE)
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