【原】单细胞组学之-单细胞全外显子测序

研究背景：结直肠癌(CRC)是全球第三大最常见的癌症，也是癌症相关死亡的第四大原因。约20%的新诊断的CRC患者[3]发生远处转移，是患者死亡和预后不良的主要原因之一。CRC具有较高的肿瘤内异质性和亚克隆混合，因此专注于大量组织的测序存在一定的局限性，单细胞全外显子测序的出现可以弥补这一遗憾。

图片来自今日头条

四川大学华西医院肠胃外科团队在Genome Medicine发表最新研究，利用单细胞全外显子测序（scWES）技术揭示了结直肠癌（CRC）肝转移患者癌细胞中的罕见突变，并定义了原发和转移性肿瘤细胞克隆的不同基因组概况。

实验设计
使用7名结直肠癌（CRC）肝转移患者，分别选取原位及转移瘤组织、肿瘤近端及远端正常组织，利用Bulk全外显子测序（WES）和单细胞全外显子测序（scWES），描绘其演化模式。

Bulk-WES结果显示匹配的原位及转移灶间基因组差异水平较低；scWES结果揭示了与肿瘤进展相关的罕见突变，定义了两个独立的细胞群，提示了原发和转移性肿瘤细胞之间的不同演化轨迹；

BulkWES数据

scWES数据

ScWES显示，与原发性肿瘤细胞群中，有24各具有高比率的非同义突变率的基因出现在转移性肿瘤细胞群。并且通过干扰高突变率基因证明影响细胞迁移能力。

优推荐：
DNeasy Blood&Tissue Kit （69506）
用于组织、血液等样本DNA提取试剂，平均产量可达到30mg。

REPLI-g Single cell Kit（150345）
用于1至1000个细胞DNA无偏倚扩增试剂盒，扩增的DNA平均长度大于10 kb，并且覆盖所有基因组位点。产量可达到40ug，适用于细胞、血液、肿瘤、细菌、花粉等多种样本。

QIAseq human Exome Kit（333937）
全外显子杂交捕获试剂盒，捕获区域设计仅为33M，对CCDS、RefSeq的覆盖度依旧高达99.7%和99.1%，杂交时间最低仅需30min，总建库时间可控制在WES文库的构建。

QIAseq FX DNA Library UDI Kit（180477）
基于FX酶片段化技术的DNA文库构建试剂盒，含有384种双端唯一标签（UDI）接头，适用于基于杂交捕获的白详测序或WGS应用。

FlexiTube siRNA（1027417）
FlexiTube siRNA可对少量基因进行经济高效的RNAi分析。人类、小鼠和大鼠基因的siRNA提供5 nmol或20 nmol两种规格，对于人类和小鼠基因还有更经济的1 nmol规格可供选择。
FlexiTube GeneSolution含有4条预选的siRNA，用于特定靶基因（各1 nmol）。