科白君的土壤世界推文汇总（2021.3~2022.1）

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科白君的土壤世界推文汇总

不知不觉，公众号成立也快1年了。在大家的支持下，通过坚持与努力，公众号陆续推送了80多篇原创推文。今天，将所有推文总结并归纳为几个部分，整理了一个推文目录，方便大家能更快速地查阅自己感兴趣的内容。

文章中可能存在一些我们暂时没有发现的错误。这些错误有时可能是由于R包的更新，有时可能是由于“笔误”。大家阅览时可以多多思考，针对自己的需要使用对应的分析。

希望我们能和喜欢科白君的朋友们共同进步......

   R语言版块     

该版块主要以R语言内容为主，包括新手、R语言数据分析、R语言绘图、R语言应用系列。

01

R语言新手系列

对新手的几点建议

新手踩过的坑，你踩过几个？(上）

新手踩过的坑，你踩过几个？(下）

R包的安装与使用

BIOM、txt、csv和xlsx格式的数据导入

R语言输入与输出总结

数据集的内在

规范你的统计分析

数据分析中的"国道"—连接

全矩阵转化为三角矩阵

数据类型的转换

环境、生态、土壤、植物及微生物领域期刊的最新影响因子(JCR)

农林、环境、生物、生态、地学等学科期刊分区及影响因子(中科院)

中英文文献下载较全攻略

02

分析系列

常规分析：

快捷键：  Rstudio快捷键

参数分析：  T检验与方差分析

非参数分析：  ADONIS、ANOSIM、PERMANOVA及 MRPP的使用与选择

变量相关性分析： 相关性分析及其绘图      

线性模型：  基础线性拟合模型的选择     广义线性模型分析（GLM）

                    全子集模型

排序分析： PCA分析与可视化      PCOA分析

                   CCA和RDA分析         NMDS分析

                   CAP分析                    LDA分析

方差分解分析：  方差分解分析（VPA）

随机森林：  随机森林分析  随机森林机器学习法

支持向量机：  支持向量机

一些用特定R包完成的分析：  Meta分析     R语言文献调研和分析

微生物分析：

微生物多样性： 微生物α多样性

矩阵相关性分析：  BioEnv分析     Mantel与偏Mantel分析

                              普鲁克分析

网络分析：  网络分析     模块分析与提取拓扑参数

群落构建算法：  βNTI与NST分析

生态位：  计算生态位宽度与生态位重叠

03

绘图系列

散点图：  散点图     拟合曲线

柱状图：  单组和多组柱状图

集合：  维恩图(Venn)&集合图(Upset)

地图：全球样点的地理信息图     循环处理与绘图

           中国地图(黑白)     中国地图(彩色)

ggplot2：  ggplot2包逻辑      修改ggplot2主题

ggpubr：  使用ggpubr包

export：  安装export包

拼图：  拼图R包及用法

04

R语言的小尝试

计算数据的置信区间

函数function()定义与循环

用R处理工作生活中遇到的分组问题

用词云图祝教师节快乐

用rvest包编写简单的静态网页爬虫

   文献解读版块     

该版块主要以文献解读为主，包括土壤碳、土壤氮两个系列。

01

土壤碳系列

气候变暖下微生物介导施肥减缓土壤有机碳的损失

大陆尺度土壤无机碳的大量损失

全球活性矿物固存土壤碳的气候驱动阈值

变暖通过加速植源有机质降解来促进了底土碳的流失

矿物和微生物特性介导的永久冻土碳释放的温度敏感性

土壤微生物碳泵作为陆地碳汇的新概念

微生物生活史策略的权衡影响着亚热带森林土壤中微生物残体的命运

气候变暖改变了高寒草地底层土壤的碳动态，但对表土没有影响

微生物群落竞争代谢和合作代谢间的两极分化

氮沉降加速了热带森林土壤固碳

有机碳质量是土壤微生物氮素固持的关键驱动因素

不活跃与低效：增温与干旱对高寒草地底土微生物碳利用的影响

02

土壤氮系列

土壤中真菌和细菌无机氮固定速率的计算

利用15N-氨基糖稳定同位素探针法(15N-SIP)示踪土壤细菌和真菌群落对肥料氮的同化作用

不同质子源对亚热带玉米种植红壤酸化的贡献

土壤微生物在驱动陆地氮素固持中的重要作用

黑麦草改良对塑料大棚土壤氮素固定和矿化的影响：一项15N示踪研究

秸秆还田条件下微生物残体对减少施肥的动态响应