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之前我们介绍了很多蛋白相互作用的数据库。其中很多都是用来预测蛋白和蛋白之间相互作用关系的。除了基因之间的相互作用关系。基因和化学物质之间也是存在相互作用关系的。今天就来介绍一个用来预测化学物质和基因之间相互作用关系的数据库：STITCH: chemical association networks: http://stitch.  背景数据集介绍看数据库的界面就可以发现。STITCH 数据库和我们之前介绍的 [[STRING-蛋白相互作用数据库使用]] 几乎是一模一样的。可能也是太一模一样了，连开发者都懒得去改关于 STITCHl 里面的描述了。  虽然操作指南制作的不用心吧。但是毕竟这个工具也更新到 5.0 版本了。所以还是可以放心里面的数据的准确度的。所以接下来就简单介绍一下这个数据库的用法。 数据库使用在 STITCH 当中提供了四种输入的方法：1）单个基因/化学物质输入；2）多个基因/化学物质输入；3）化学结构输入；4）蛋白序列输入  这里我们在单个基因当中输入TP53同时选择人类作为预测物种。  输入之后。就可以看到和 TP53 有关的基因和化学物质了。同样的在网络界面展示下面，也可以进行自定义的操作。具体的可以在 [[STRING-蛋白相互作用数据库使用]] 里面进行了解。  总的来说以上就是关于 STITCH 这个数据库的主要使用方法了。之前我们在进行蛋白功能分析的时候都习惯性的去看蛋白和蛋白之间的关系。其实同样的也可以看蛋白和化学物质的关系。这样还可以进一步的了解临床药物对于这些蛋白的关系。 |
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