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三因学说是藏医学理论的核心内容，所谓三因，就是指隆、赤巴、培根三大因素。藏医理论认为隆、赤巴、培根三大因素是构成人体生命活动的三种能量物质，易引发疾病的三种因素。 隆是主导人体全身机能活动的一种动力，具有“气”的性质。赤巴是主导人体热能的一种因素，具有“火”的性质。培根与人体水液的物质保持密切联系，具有“水”和“土”的性质。 隆、赤巴、培根三因素在人体各按其位、各具常量、平衡协调、相辅相成。当正常发挥各自的功能时，则人体各组织和器官等的生理功能旺盛，健康无病、充满活力。但是一旦因外在因素的干扰，发生偏盛偏衰、太过不及，而相互失去平衡和协调，即发生病理变化之后，则引发各类疾病，成为发病的根源。治疗疾病的过程，其实就是调节病理的隆、赤巴、培根三邪的过程。因此，三因理论贯穿于藏医生理、病理和治疗的所有方面，藏医生理、病理和治疗无不以三因理论作为理论依据，三因学说是藏医学的根本和核心。 治疗疾病是通过服用药物恢复三因平衡而治疗身心疾病。在长期的诊治过程中发现，三因疗法对肝胆胃病，肾病，心脑血管病，抑郁症等疾病有良好治疗效果。抑郁症属于“隆”病，隆是生命之动力，隆失衡会导致人体内的精微及营养物质不能滋养大脑和机体。进而影响大脑的思维、情志和心理活动，出现情绪低落、失眠、精力减退等一系列症状。通过服用二十五味肉豆蔻丸、安神丸、十一味维命丸、八味沉香丸等药物，达到安神镇静，醒脑开窍、利血益心、滋阴养肾的功效，通过调整隆能量而恢复三因平衡，随着三因平衡的恢复，抑郁症症状也自然得以改善。肝胆胃病属于赤巴病。赤巴是人体能量之源，产生于肝胆、胰腺、胃肠，当饮食不当、情志失调引起体内赤巴代谢紊乱，进而导致人体三因失衡而形成赤巴病。常表现为肝区疼痛、腹痛、腹胀、腹泻、口苦口干、食欲不振等症状。通过仁青芒觉、坐珠达西、二十五味松石丸、七味红花殊胜丸、九味牛黄丸、九味獐牙菜丸、十味蒂达胶囊等药物治疗，可以起到清热解毒、保肝利胆、健胃舒肝、止泻止吐的效果，通过恢复三因平衡，改善“赤巴”代谢紊乱引起的各种症状，对慢性胃炎、胃溃疡、肝炎等肝胆胃病有良好效果。心脑血管病属于脉病的范畴。脉分为白脉和黑脉两种，白脉是指神经组织，黑脉是指血管。当隆、赤巴、培根三因失去平衡时，会导致人体内“隆”、“血”运行不畅，黑脉（血管）不能滋养白脉（神经），就会引起心脑血管病。在治疗上，强调“血”、“隆”（相当于中医中的“气血”）、“脉”的三者相结合，通过补“隆”养“血”、降“隆”调“脉”、活血化瘀的方法，整体上改善内环境，从根本上治疗黑白脉病，改善脑部供血、调节和营养神经，抑制脑细胞死亡而治愈心脑血管病。肾病属于培根病，培根是生命的营养液，由肾脏统一支配调节。肾的主要功能是把体液分出清浊，清为营养物质，可被机体吸收和利用；浊为代谢物（即尿液）被排出体外。当三因失衡时，肾脏功能发生紊乱，就会形成肾病。三因疗法治疗肾病的常用药物为十八诃子利尿丸、十味诃子丸、五鹏丸、十五味铁屑丸等，有醒脑开窍、利血养心、调和三因、温肾益肾的功效。通过调节培根能量而恢复三因平衡，进而治疗肾病。三因疗法找到了影响人体生理、病理、药理最重要的隆、赤巴、培根三种因素，以“三因”作为靶点进行调治，随着三因恢复平衡，疾病即可痊愈。
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