怎样看懂一份基因检测报告：基因变异命名规则

# 怎么看懂一份基因检测报告 #

导读

从1977年第一代DNA测序技术(Sanger法）发展至今的四十多年时间里，测序技术已取得飞速发展。利用新一代测序技术, 越来越多与疾病发生、发展密切相关的基因突变被鉴定出来。为了将基因突变的结果更好地转化为实际临床应用，方便对检测到的变异进行准确且标准化的描述和共享，人类基因组变异协会（HGVS）于2000年提出了统一而通用的序列变异命名系统。如今，该序列变异命名系统已被广泛采用，并已经发展成为国际公认的标准。今天就由仁东医学遗传咨询部就来和大家谈谈基因变异命名规则。

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人类基因组变异协会（HGVS）的主要职责是发现和分类包括人群分布与表型相关联的人类基因组变异，并根据方法学与信息学的发展对数据及相关的临床变异进行更新。目前行业中普遍应用HGVS规则对变异进行命名，统一的命名规则方便了各种各样的交流和解读。

变异描述示例

一般建议

1. 所有变异都应该在DNA水平上进行描述。此外，也可以在RNA和氨基酸水平上进行描述。

2. 描述变异时应该通过使用圆括号表示预测结果。例如(p.Leu858Arg)表示氨基酸的改变是预测的结果，而p.Leu858Arg就说明该氨基酸的改变是通过实验确定的。

3. 所有的变异描述都应该使用公共的参考序列：编码蛋白转录本(例：NM_004006.2)、非编码蛋白转录本(例：NR_002196.1)和蛋白参考序列(例：NP_003997.1)。

4. 基因名称需要使用HGNC中的基因标准命名(https://www.)。

5. 所有变异的描述都应使用最靠近3’的编号位置(3’ rule)。

6. 用“变异”来描述基因发生的改变，其中会包括通常所说的“突变”和“基因多态性位点”。

由于HGVS的所有变异命名均从变异位点的位置和对编码蛋白造成的影响两个方面进行反映，所以，变异描述的顺序为：参考序列、变异位置、变异类型。所有突变位点须基于一个参考序列进行描述，因此在进行变异描述之前需标明参考序列信息。参考序列必须是NCBI或EBI数据库中的ID，推荐的格式有位点参考基因组序列Locus Reference Genomic sequence (LRG, https://www.)。当没有LRG可用时，则可使用RefSeq序列。

参考序列前缀

DNA参考序列核苷酸编号

1. 在编码DNA参考序列中，核苷酸编号从起始密码子ATG中的A（c.1）开始，编号一直进行到翻译终止密码子（TGA, TAA, 或 TAG）的最后一个核苷酸。

2. 起始密码子ATG的5’端的核苷酸编号为c.-1, c.-2, 以此类推，终止密码子3’端的核苷酸编号为c.*1, c.*2, 以此类推。

3. 内含子核苷酸的编号是根据最靠近侧翼的外显子核苷酸来编号，从5 '端进入内含子，比如c.187 + 1, c.187+2，以此类推，从3 '端进入内含子，比如c.188 - 1 ,c.188-2，以此类推。

4. 当内含子的核苷酸数目不均一时，中间核苷酸（N）连接到上游外显子进行描述，如c.187+N. 非编码DNA参考序列的核苷酸编号从序列的起始核苷酸开始直到结束。

非编码DNA参考序列内含子核苷酸的编号同编码DNA参考序列内含子核苷酸的编号。

3’规则(3’ rule)

所有变异的描述都应使用最靠近3’的编号位置：

示例：

1. ATGCTTTGCA   改变为  ATGCTTGCA

正确的描述：c.7del;  错误的描述：c.5del; c.6del

2. ATGCTCTGCA  改变为  ATGCTGCA

正确的描述：c.6_7del;  错误的描述：c.4_5del;

3. ATGCTTGCA  改变为  ATGCTTTGCA

正确的描述：c.6dup;   错误的描述：c.5dup;

4. ATGCTCTGCA  改变为  ATGCTCTCTGCA

正确的描述：c.6_7dup;  错误的描述：c.4_5dup;

3’规则不适用在外显子/外显子连接周围的缺失/重复。

举例：

常用符号的使用

常见缩写

变异描述的优先级

为了更清晰度和方便地对序列变异的计算分析和描述，必须更严格地定义变异的基本类型。当一个变异可描述为多种形式时，须按以下优先级进行描述（优先级从高至低）：

1. substitution 替换

2. deletion 缺失

3. inversion 倒位

4. duplication 重复

5. conversion 转换

6. insertion 插入

DNA水平的变异描述规则

RNA水平的变异描述规则

蛋白质水平的变异描述规则

以上从不同维度简单向大家说明了基因变异命名规则。未来，伴随二代测序技术应用范围的不断扩大，将会有越来越多的药物作用靶点将不断被发现，统一而通用的基因突变命名规则也会对科技工作者分析、解读报告信息提供便携。与此同时，仁东医学也期待着在测序技术应用范围不断扩大的基础上，能够挖掘出更多的药物作用靶点，为肿瘤的精准治疗提供更多的帮助。

参考资料

1.Den Dunnen J T, Dalgleish R, Maglott D, et al. HGVS Recommendations for the Description of Sequence Variants: 2016 Update[J]. Human Mutation, 2016, 37(6): 564-569.

2.HGVS网站：http://www./

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