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染色体外环状DNA（eccDNA）属于线性的染色体DNA的一个扩展。之前对于eccDNA的基本特征，我们基于一个综述进行了简单的介绍: [[eccDNA基本内容]]。而关于eccDNA相关的数据库，目前一共也才有两个在线数据库。今天就先来其中的一个：CircleBase: http://circlebase./welcome/index
背景数据集介绍CircleBase中的eccDNA主要来自于之前发表的eccDNA研究的测序数据。基于之前的文章，作者一共找到601036个eccDNA。对于找到的eccDNA作者首先使用HOMER进行了基因组注释。进一步，对注释到的基因进行了使用多个数据库进行了综合性的分析，其中包括调控的基因，转录调控分析，基因eQTL，染色质相互作用等等。 数据库使用CircleBase可以直接输入想要检索的的内容即可。这里我们可以输入：基因名、染色体位置以及ecDNA_id。这里我们输入EGFR。
经过检索，首先可以看到在那个数据当中含有关于EGFR的eccDNA。  选择想要了解的ecDNA_id号即可查看具体的ecDNA调控信息。首先可以看到关于这个eccDNA的基本调控特征  CircleBase每一个调控信息融合了多个数据库的结果。点击具体的某一个调控信息，也可以看到不同数据库的结果。  以上就是CircleBase的主要使用方法。如果有多个基因需要检索的话，可以点击Search进行批量检索。  总的来说以上就是CircleBase的主要使用方法了。eccDNA目前来说还算一个新的研究方向。相关的数据库也不多。如果想要研究eccDNA的话可以尝试使用这个数据库来分析一下。 |
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