​文献分享——NCB-干细胞移植早期的“黑匣子”

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文献分享——NCB-干细胞移植早期的"黑匣子"

内容目录

前言科学问题背景知识干细胞相关CellTrace VioletPVA-培养成熟血细胞分裂情况PART1-小鼠单细胞转录组图谱HSC细胞群MPP及其他成熟细胞群小结PART2-移植HSC的分化小结PART3-移植HSC动态分化成HSC和MPPHSCMPP小思考PART4-功能验证小结PART5-移植的HSC分化出红、髓系前体细胞讨论疑问后记

前言

5.4青年节那天，课题组3年半的工作在NCB上发表，并且在公众号上得到报道：

特别推荐NCB | 程涛/朱平等合作打开干细胞移植早期的“黑匣子”

在我整理的过程中，又有推文详细介绍了这篇文章：

Nature CellBio. | 单细胞基因组测序追踪造血干细胞分化

关于移植后干细胞的动力学问题，课题组最早报道了预处理的损伤受体环境对于供体移植HSC有负性作用的“旁观者”效应。但是局限于当时技术的发展，未能进一步探索。正所谓生物界内绝大多数的突破都得益于技术的突破，这里也是一样的。因为单细胞这种新技术的出现，让我们可以在更高的分辨率下去观察移植后HSC的变化。

现在随着单细胞技术的出现，对于HSC在骨髓归巢后如何增殖、分化并重建整个造血的动态过程也逐渐有了新的见解。

虽然目前不做这方面，但是干细胞知识还是要多学习，多了解课题组的研究方向才是，所以，趁着在家，把这篇文章的笔记给做一做吧！

为防止内容过多，大家不愿往下看，所以：

• 用单细胞技术分群，建立了28个造血亚群（比较模糊，如果不做单细胞数据分析，可以忽略。但是如果做数据分析，可以好好看一看，最好拿到数据，这样在你们的单细胞分析过程中，你们的群定义就会非常的方便！）

• 归巢到骨髓和脾脏的HSC绝大多数变成了MPP，部分分化为MEP以及CMP。

• 移植后一周内，HSC主要进行分化，而不扩增。

不想仔细看的就可以结束观看了哟~

科学问题

我们都知道移植病人进行移植前需要进行放化疗预处理，这种预处理可能会引起“旁观者”效应。简单来说所谓的“旁观者”效应就是指：放化疗后引起骨髓微环境出现细胞因子、炎症、活性氧ROS等一系列有害的因素，这种有害的环境会对即将进行移植的HSC产生有害的影响，也就是所谓的“旁观者”效应了。

既然存在“旁观者”效应，那么在“旁观者”效应下，移植进去的HSC会发生什么变化呢？这就是这篇文章的出发点了。

Wang  et al.在2011年的一篇nature review中推断，经历清髓处理后，当移植了HSC时，为了满足机体对于血细胞的需求，HSC会大量扩增，然后才向下分化。但是因为在刚刚移植后的病人体内早期难以获得足够量的骨髓细胞，所以一直没人能够对这个说法进行验证。因为前面提到的单细胞技术的出现，才给了我们这样的机会去探索。

这里想起一个经典问题——你的研究有没有必要用单细胞？这个研究中，我觉得单细胞是必须的了！

背景知识

干细胞相关

1. 在小鼠模型中，HSC移植最早产生血小板，在移植后7-9天即可出现。

2. 关于文中流式分选使用的marker策略：

还是非常的细致的！

CellTrace Violet

CellTrace Violet是一种亲脂性膜染料，在细胞分裂时在子细胞之间大致均分，从而使标记的荧光强度减半。

PVA-培养

这个是2019年一篇发表在nature上的工作，介绍了一种体外扩增干细胞的无血清蛋白培养体系。具体文章地址：

https://www./articles/s41586-019-1244-x

一些背景知识：

小牛血清（Fetal Bovine/Calf Serum，FBS，FCS）、纯化白蛋白或重组白蛋白都会破坏造血干细胞未分化状态的维持。但是，如果培养基中不添加白蛋白等蛋白质组分，造血干细胞的细胞分裂诱导又成问题。

简单读了后，简单归纳下：

1. 主要是针对小鼠的HSC培养。

2. 确定高水平的TPO、低水平的SCF和纤粘蛋白对于维持HSC的自我更新非常重要。可以既能保持干细胞特性又能长时间高效培养。

3. 培养HSC时需要加入血清白蛋白，但是对于血清蛋白来说，这可能是培养过程中污染的一个主要来源。于是用聚乙烯醇（polyvinyl alcohol，PVA）来代替血清白蛋白。

4. 结果显示这种培养体系一个月内可以让HSC扩增能力升高236-899倍，不过体外培养时细胞扩增能力的异质性较大。

5. 最后文中得到的最佳培养体系：100 ng/ml TPO, 10 ng-ml SCF and 87% PVA on fibronectin：

看完后发现，原来已经有推文给整理好了！

《自然》：重大突破！普通胶水破解困扰医学界50年的历史性难题，科学家借助胶水首次实现造血干细胞体外千倍扩增丨科学大发现

成熟血细胞分裂情况

• 成熟的巨核细胞是可以有丝分裂的（成熟红细胞是不能有丝分裂的，毕竟连核都没了，拿什么分）

• 成熟的粒细胞是可以有丝分裂的

• 成熟的单核细胞在向巨噬细胞转变时是可以有丝分裂的

• 成熟的淋巴细胞不能有丝分裂

当然了，这里淋巴细胞说不能分裂不是绝对的，因为就像肝脏细胞，平常也是不怎么分裂的，但是在外界应急条件下，还是会进行剧烈的扩增分裂的。

PART1-小鼠单细胞转录组图谱

1. 用成年C57BL/6小鼠的骨髓和脾脏细胞进行单细胞RNA-seq，建立了一个有28群造血细胞的单细胞图谱：

HSC细胞群

2. 在免疫表型定义的HSC（iHSCs）中，用单细胞技术来看，发现细胞内异质性非常明显，通过生信角度的分析，将5组免疫表型上的iHSCs归为了3组转录组水平的HSC（tHSCs）：

3. 对这3组tHSCs进行UMAP降维展示，发现分的非常开：

4. 同样，又展示了下这3群tHSCs的特异性marker基因：

• tHSC1：Egr1，Nr4a1

• tHSC2：Sh3gl1，S100a9

• tHSC3：Cd79a，Blnk

1. 常规分析下转录组上定义的HSC（tHSCs）和免疫表型定义的HSC（iHSCs）之间的数量占比：

• tHSC1：比较杂，5种iHSCs类型都有

• tHSC2：比较杂，有4种iHSCs类型，缺乏FractionⅢ

• tHSC3：≥85%的都是FractionⅢ

1. 又反过来看了一遍：

注意：上图ef两个图都是百分比关系，所以在e中我们认为≥85%的tHSC3都是FractionⅢ，但是在f图里我们发现FractionⅢ最多的是tHSC1。

MPP及其他成熟细胞群

7. 用上述HSC细胞群的分析方法，又对MPP细胞群进行了相同的分析，将9组免疫表型上的iMPPs归为了5组转录组水平tMPPs：

感觉不算很好看，但是也还好吧，可能是有的群之间比较像~

8. 同样，常规分析下转录组上定义的MPP（tMPPs）和免疫表型定义的MPP（iMPPs）之间的数量占比：

结果还是一样的，但是我这种颜色一多，我就会看花的人，觉得看着有些费力，正好这个文章附件里有原始数据，于是，我就非常笨拙的画了个简单的热图来看，因为图2b和c其实用到的数据是同一个，所以用下面的热图来定性展示图b和c的内容：

9. 接下来对一些committed的祖细胞，简写为CP细胞（免疫表型上来看包括CMP、GMP、CLP和MEP）以及一些成熟细胞进行类似的分析，这些数据就放到了supplement了。

10. 小结下上面的数据：

• 5组iHSCs（HSC^LT、Fraction  I、Fraction III、ESLAM和ESLMASK）归为了3组tHSCs

• 9组iMPPs（HSCST、LMPP、MPP1、MPP2、MPP3、MPP4、Fraction II、HPC2和HPC3）归为了5组tMPPs

• 4组iCPs（ CMP、GMP、MEP和CLP）归为了3组tCPs

• 3组成熟iMEs（ EryA、EryB和MK）归为了3组tMEs

• 3组成熟iGMs（ Granulocyte、Macrophage和Monocyte）归为了3组tGMs

• 4组成熟iLyms（ SP B cell、SP CD4 T cell、SP CD8 T cell和SP NK cell）归为了4组tLyms

所以，一共有28组免疫表型的血细胞，分成了21组转录组血细胞。

评价：非常的细致

11. 看看这些细胞之间的细胞周期：

• tHSCs和tLyms大多是静息态

• tMPPs和tCPs则变化较大，既有静息态，又有分裂态的，而且两者比例变化较大。

看到这里感觉和我已有知识发生了冲突，因为我既往认为是一些成熟的血细胞是不怎么分裂的，能分裂的都是来自干祖细胞的。根据上面这个图来看我的知识需要更新了：

• 成熟的巨核细胞是可以有丝分裂的（成熟红细胞是不能有丝分裂的，毕竟连核都没了，拿什么分）

• 成熟的粒细胞是可以有丝分裂的

• 成熟的单核细胞在向巨噬细胞转变时是可以有丝分裂的

• 成熟的淋巴细胞不能有丝分裂

当然了，这里淋巴细胞说不能分裂不是绝对的，因为就像肝脏细胞，平常也是不怎么分裂的，但是在外界应急条件下，还是会进行剧烈的扩增分裂的。

12. 又对3个tHSCs进行GSEA分析，主要用到的gene set是干细胞相关的（第1-2个）以及分化相关的（第3-6个）：

• HSC信号相关的主要富集在tHSC1>tHSC2>tHSC3

• 静息态主要富集在tHSC1>tHSC2>tHSC3

• 向MK分化的主要富集在tHSC1>tHSC2>tHSC3

• 向红系分化的主要富集在tHSC3>tHSC1>tHSC2

• 向淋系分化的主要富集在tHSC1和tHSC3

说明这里tHSC1的话干性最强，和前面的周期分析相符。

13. 一样的，分析完iHSCs，就得继续分析iMPPs了：

• HSC信号相关的主要富集在tMPP1>tMPP2>tMPP5

• 增殖信号主要富集在tMPP3>tMPP5>tMPP2

• 向CLP分化的主要富集在tMPP5

• 向Pre-MK分化的主要富集在tMPP1和MPP2

• 向Pro-MK分化的主要富集在tMPP1和MPP2

• 向Pre-粒分化的主要富集在tMPP3

1. 通过Monocle的分析，发现iHSC3有点与众不同：

别的tHSCs都在干细胞的位置，iHSC3跑去了更下游的地方。而且从上面的分析我们可以得知，其实iHSC3细胞组成上来说很多是FractionⅢ（关于这个其实我没有读过相关文献，不是很清楚），既然研究证实FractionⅢ主要是有长期淋系重建能力的一群细胞。

所以说，也许iHSC3在功能上更像是ST-HSC或者MPP。

小结

整个fig1-2的话，其实就是给我们展示了正常小鼠骨髓和脾脏血细胞的一个完整的图谱。一共有28组免疫表型的血细胞，分成了21组转录组血细胞。后面的一系列实验都是基于这个定义来做的。

PART2-移植HSC的分化

有了上面的工作，那么就开始探索移植后的工作。

1. 将6-8周的雌鼠CD45.2用9.5Gy进行照射清髓，然后从正常带有GFP荧光的CD45.2小鼠中将1000-4000个高度纯化的骨髓中ESLAMSK细胞分选出来，与3*10⁵个全骨髓细胞混合后，通过尾静脉移植到GFP-的CD45.2小鼠体内。在移植后1，3，5，7天时从CD45.2小鼠中分离出GFP+的细胞来做scRNA-seq分析：

这里其实我觉得，可以用FractionⅠ？？因为从上面的数据中来看，FractionⅠ的话其实更多偏向于干细胞。当然了，在现实工作中，可能是先做了实验，然后做的数据分析，所以也没办法吧。

2. 在移植后第1，3，5，7天收集的GFP+细胞数量非常非常低：

3. 而且从转录组上来看，和移植前的细胞相比，移植后得到的GFP+细胞在第一天就出现了明细的改变：

这就说明了，第一天开始，转录状态就发生了改变。不过这个也不能说明问题，毕竟移植前进行了放射处理，微环境已经发生了改变，旁观者效应也出现了。

4. 看问题不能只从一个角度，于是就从转录因子层面去看GFP+细胞的变化：

D0就是ESLAMSK细胞，可以看到在D1的时候从TF上来看就有变化了：

• Egr1，Egr3，Gata2，Hmga2这些和自我更新相关的TF都出现了明细的下调→自我更新降低

• 和髓系分化相关的TF（Cebpa，Cebpab，Cebpad，Cebpae）以及MK相关的TF（Irf2）上调

这都说明了在移植后早期，HSPCs的自我更新降低，而开始分化趋势。

5. 那么，移植后在受体鼠内的那些细胞和之前得到的稳态细胞在转录组上是不是一样的呢？利用前面的图谱，将这次测序的数据和图谱进行KNN算法的映射对应：

看上去移植后的细胞和正常稳态下的细胞还是一样的，没什么改变。

下面放一个降维后的分布图：

这里可能需要提醒的一点是：

• 所谓的Homeostasis应该是从正常小鼠体内直接拿出来的细胞进行单细胞测序得来的

• Post transplantation则是移植GFP+的ESLAMSK细胞后，在体内重建后拿出GFP+的细胞进行测序得来的

这些推断可以从下面的图中得到验证吧。

6. 这里的Input细胞是指从供体得到的ESLAMSK细胞，而Output细胞则是指在受体鼠内不同时间点的GFP+细胞：

• 细胞分化的非常快！！即使是刚刚移植第1天，也已经产生有tMEs，tGMs了！

• tHSC移植后第1天来看，数量立马衰减，并且开始迅速分化！！

• 移植后第1天来看，在体内tMPPs立马称为主体

• 移植后第1天来看，在体内会出现一些成熟细胞，如巨核、红、粒、单核细胞

1. 利用CellTrace Violet的方法去看了看具体的细胞分裂情况：

第1天基本上不分裂，但是从第3天开始，细胞已经开始分裂了。

小结

整个fig3的话，其实是给我们模拟了临床移植后的血细胞动态变化情况，并且根据结果发现这个现象和我们想象的不太一致：移植后1天HSC不仅不增殖，反而就发生了分化！主要分化为了MPP细胞，从第三天才开始分裂。于是，当然去探索下到底为什么呀！

PART3-移植HSC动态分化成HSC和MPP

HSC

1. 这里就比较了下正常情况下的tHSCs和移植到小鼠体内后收集GFP+的Tx tHSCs之间的差异：

这里需要注意点，我之前做分析的时候这了曾经出过错，因为我之前认为，既然他们按照转录组水平上聚类可以聚到一起，那么他们之间应该是没有区别的，但是后来在一个博后师姐的指导下发现，其实这里也会有差异，具体生信方面的处理可以去seurat官网看Stimulated vs Control PBMCs：

https:///seurat/v3.1/immune_alignment.html

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回到文献：

图a：

• 与正常tHSCs相比，Tx tHSCs在干细胞信号上有明细下调

• 发现增殖水平上，移植的Tx tHSC1有下调，而移植的Tx tHSC2出现上调。结果和图b中的cell cycle结果相一致：

• 移植的Tx tHSC1增殖的细胞减少

• 移植的Tx tHSC2增殖的细胞增多

1. 既然在增殖能力上有差异，是不是说分化潜能上也有差异呢？就在转录组水平看了看分化能力：

• 移植的Tx tHSC1向MK、红系、髓系分化能力减低

• 移植的Tx tHSC2向MK、红系分化能力增大

1. 这里先小结下上面的结论：

	增殖能力	分化潜能
Tx tHSC1	↓	↓
Tx tHSC2	↑	↑

于是认为这里的：

• Tx tHSC1处于一种quiescent的静息状态

• Tx tHSC2则处于一种activated  的向下分化状态，通过分化产生成熟有功能的血细胞来满足机体对氧气、免疫等功能的迫切需求。

MPP

1. 先看看tMPPs在移植后的数量变化趋势：

• tMPP1移植初期迅速升高，持续不久，第3天>30%，但是第7天迅速<5%。

• tMPP2移植初期迅速升高，持续较久，第3天>30%，第5天>40%，但是第7天迅速<20%。

• tMPP3移植初期如同“后浪”，直到第5天都处于低水平，第7天突然>30%。

• tMPP4移植初期宛若一个长期投资，可能由于观察时间太短，在观察期内一直处于一个较低水平。

• tMPP5移植初期变化幅度低，直到第5天才缓慢上升到20%。

1. 出现这种数量上的差异后，首先想到的问题当然是cell cycle上的问题咯，于是就看看这期间细胞周期的状态：

• tMPP2、tMPP3和tMPP4的确还算是比较相符。

• tMPP5倒是有些奇怪了？？不过毕竟这是转录组水平上的分析，如果要“金指标”的话可能还是要功能验证吧

1. 看完tMPPs在移植后的数量变化趋势，接着看看与稳态下tMPPs相比，移植后（Tx tMPPs）的功能（分化）变化趋势，用的是GSEA分析，原图在supplement太多，正文就用了下面的展示形式：

上面的结果简单归纳后如下表：

	增殖信号	MK分化	红系分化	髓系分化	淋系分化
Tx tMPP1	↑	↓	↑	↑	-
Tx tMPP2	-	↓	-	↑	-
Tx tMPP3	-	-	↑	↓	-
Tx tMPP4	-	↑	-	-	-
Tx tMPP5	-	↑	↑	↑	↓

看到这里不同的Tx tMPPs之前分化情况有所差异，那么就想看看TF的变化，于是就找到红系（Phb2和Nfia）、MK（Pf4和Vwf）、髓系（Spi1和Cebpd）、淋系（Flt3和Satb1）的几个特异TF，看他们的表达情况：

4. 接着整体比较了下稳态下tMPPs和移植后（Tx tMPPs）的差异基因，用火山图进行展示：

移植后的Tx tMPPs会：

• 上调应激相关基因，如：Ifitm3，S100a6，Serpina3g

• 下调B系分化相关基因，如：Ramp1，Cd52，Pnp

1. 后面看了几个表面marker的变化——CD201、CD150和CD48：

结合上面的数据，认为红髓系分化维持平衡，而淋系分化受到抑制。

小思考

看到这里我想到一个问题，为什么Tx tMPPs数目会减少呢？我觉得原因有下面3个：

• 它的转录组水平发生了改变，导致在转录组水平上我们以为它变化了，可能实际上它只是状态发生改变（就像Tx tMPP2在第5天迅速下降，而Tx tMPP3则在同时迅速上升，是不是他们发生了转化呢？？）

• 这些细胞发生了向下游分化，而不再是MPP（如果是这样，那么我们应该可以看到下游细胞数目增多，但是从fig3 fgh来看，下游的祖细胞并没有增加，但是奇怪的是第7天成熟细胞却一下增多了，难不成直接从MPP跳到了成熟细胞？？）

• 这些细胞发生了凋亡（这个好像没看到数据）

PART4-功能验证

使用单细胞克隆形成实验和二次移植实验来验证移植后HSPCs数目和分化能力的改变。

1. 因为我也没有做过这种实验（老实说，我就没怎么做过细胞和小鼠实验，我主要在测序），幸好methods里讲的还算详细，也就大致理解了意思吧，这里是收集正常稳态下ESLAMSK细胞，然后收集移植后，1，3，5，7天时的GFP+全部细胞在培养基上种植：

• ab图：克隆形成的效率。看来移植后的HSPCs整体功能上都发生了衰退。

• c图：E-红系；n-中性粒；m-巨噬；M-巨核；可以看到图中用黑色标记出来的部分，说明第1、3天时多系分化的比例还是正常的。5、7天时则有所下降了。同样，在二次移植实验中，D1的GFP+细胞展现了类似的结果。

1. 二次移植结果显示重建和植入能力是逐渐下降的：

因为还是没有做过实验，所以这类图看起来真的是有点费力了，想要看懂这个图，首先我们要知道这个实验——二次移植实验是怎么做的：

首先从接受移植的小鼠骨髓/脾脏中拿到一定数目的GFP+细胞（一次移植的产物），因为得到的细胞数比较少，所以和3*10⁵全骨髓细胞一起混合后，移植到另外一只受体小鼠中（二次移植），再在特定时间点1、3、4个月的时候行检测GFP+细胞。一般检测移植重建都是看外周血T，B，M 情况。真正的LT -HSC 是可以实现外周血重建比例逐渐升高，同时T、B、M各系都有。理解了做法，下面来看一下结果：

骨髓来源：第1天的GFP+细胞重建效率还好，但是第3、5、7天的GFP+细胞重建效率则大大降低

脾脏来源：同骨髓来源的数据一致。不过在D3的移植后3个月有个高峰，说明细胞后来发力了？？数据比较少，不太好下结论。

上述数据说明了移植后≥3天受者体内HSC减低。而在移植后1天受者体内功能上还是很像LT-HSC的，因为D1细胞可以实现外周血重建比例逐渐升高，同时T、B、M各系都有。

这里需要注意的是，我们注射的是GFP+细胞，根据前面的数据提示，注射的GFP+细胞中绝大部分是tMPPs了（fig 3所示）。

3. 想要进一步确定第一次移植后收集的细胞中持久、长期重组的细胞来源，于是使用了报道的PVA培养体系，然后培养48h后的细胞拿去做scRNA-seq，根据转录组水平定义来判断细胞的组成：

蓝色字表示拿去做scRNA-seq的细胞数。可以清晰看到，在移植后哪怕第1天，很多tHSCs都发生了分化，而且从转录组水平来看，增加的主要是tMPPs。说明了什么呢：

• 移植到体内后，从转录组水平来看，细胞是会立马开始分化的。

至于PVA培养体系的话，从D1、D3的数据来看好像是并没有发生分化，但是Fresh的数据看出还是发生了分化的！

4. 接着又做了LDA实验：

• 看来随着移植时间的延长，LT-HSC的数量还是在下降，尤其是在第5天可能是个拐点吧！

小结

上述体外细胞培养实验和体内移植实验都说明，移植到受者后，早期HSC细胞数量和功能还可以维持，后期会迅速降低。

PART5-移植的HSC分化出红、髓系前体细胞

1. 这里主要对一个比较有趣的现象进行探讨，在fig3中，已经成熟分化的细胞在第一天出现>30%，而在第3、5天迅速降低到<1%，而到第7天又升高到20%：

其中如果细看具体的成熟分化细胞：

当然，上面的都是转录组水平，那么用marker从免疫表型上来看呢：

这里文章只show了第1和7天的数据，不知道为什么没有展示下第3、5天的数据🤷‍♂️

2. 不过基于上述数据，加上一些基础的血液学知识，我们知道之前有文章报道从HSC到红、髓系细胞之间是存在一个近道通路（bypass）的：

推荐看一篇综述，之前推文里也介绍过的：

Cheng H, Zheng Z, Cheng T. New paradigms on hematopoietic stem cell differentiation[J]. Protein & cell, 2019: 1-11.

下载地址：https://link./content/pdf/10.1007/s13238-019-0633-0.pdf

关于目前HSPCs的分化轨迹，这篇综述写的还是挺好的，看完可以收获很多。

3. 于是就推测：在移植后第1天就出现了这种从HSC直接红、髓系细胞的近道通路（bypass），通过这种机制来满足机体对于红、髓系细胞的迫切需求。为了验证，就对移植后特点时间点下的供者来源细胞进行了qRT-PCR：

移植后第1天，与受者体内的Ter119+细胞相比：

供者来源的Ter119+细胞，并不是成熟细胞，而是表达干细胞相关基因（Kit，Slamf1，Fgd5和Gata2），巨核相关基因（Pf4，Selp）以及红系相关基因（Lmo2和Tal1）。

移植后第1天，与受者体内的Mac-1+Gr-1+细胞相比：

供者来源的Mac-1+Gr-1+细胞表达髓系相关基因（Csf1r、Csf2rb和Csf3r）

通过比较tMEs在D1和D7之间的差异：免疫相关基因在D1高表达（图中最底部），D7时主要高表达的是一些蛋白模定位相关的基因（不是很了解这方面，和信号肽可能相关）。

4. 最后分析比较了稳态下和移植后外周血清中EPO和G-CSF的表达水平：

• 可以看到，移植后血清中EPO和G-CSF的水平明显升高，这两个细胞因子都和HSC下游分化密切相关。

1. 最后，为了说明移植后向红系和髓系分化，又比较了稳态和移植后Ifitm1在tMPP2，tMPP3，tCP1，tME1和tGM1中的变化：

以上数据共同说明了：

移植后，早期HSC/MPP会向分化红系和髓系分化，甚至出现成熟细胞的表面marker，但这些看似分化的细胞仍然保留着一些不成熟的特征。

讨论

这里通过一幅示意图总结下整个文章的结论：

• 和稳态下的HSC相比，移植后的HSC会更多分化为MPP，在早期主要向着红巨和髓系分化。

• 移植后的HSC自我更新能力受限，而在早期迅速开始分化。

疑问

下面是我最开始读的时候产生的一些问题，很多都直接在正文中回答了，但是还是放在这里吧，说不定日后会有更多的想法？？

1. 正常来说，血细胞的细胞周期状态是怎么样的？我只知道干细胞大多是处于G0，但是下游祖细胞，甚至是成熟细胞的话，他们能分裂吗？

2. 做移植为什么用ESLAMSK细胞？为什么不用Fraction Ⅰ？

3. 利用前面的图谱，将这次测序的数据和图谱进行KNN算法的映射对应。用的什么时候的样本细胞？？？Homeostasis？？？

后记

        其实整个工作还是挺漂亮的，也有很多看问题不错的角度和思路，看完后还是学到了很多东西的。一定程度上也让我了解到了移植后HSC的变化趋势，非常的神奇，和我们想象中的并不一样！而且，在文章最后提到的现象——具有分化细胞的表型，但是在转录组水平上却仍保留有干细胞相关基因的表达，也是非常有趣了。