农药杀菌剂是目前农业市场较为流行的一种农药品种，不同的杀菌剂产品可以治疗不同的病害，基本可以分为以下四类：
保护性杀菌剂主要作用方式是在施药后，在植物表面形成一层药膜，使病菌不能被侵染。此类杀菌剂对气流传播病菌尤为有效，如用波尔多液防治多种作物的霜霉病；对植物种子或幼苗进行处理，可防治种传病害的侵染，如三唑酮拌种可防治禾谷类黑穗病；多菌灵浸蘸甘薯幼苗防治苗期病害；福美双、多菌灵土壤处理可防治多种作物的土传病害，如猝倒病和立枯病等。
该类杀菌剂对病原菌有直接强烈杀伤作用，但在植物生长期植物不能忍受这类药剂，因此只能在播种前用于土壤的处理、植物休眠期或者种苗处理使用。常见的有福尔马林消毒带菌种子，戊唑醇对小麦条锈病、白粉病使用方法得当有铲除作用。
在植物感病以后，可用一些非内吸杀菌剂，如硫磺直接杀死病菌，或用具有内渗作用的杀菌剂，可渗入到植物组织内部，杀死病菌，或用内吸杀菌剂直接进入植物体内，随着植物体液运输传导而起治疗作用的杀菌剂。常见的有多菌灵、托布津、春雷霉素、嘧菌酯百菌清等。
该类杀菌剂对植物处理后，通过识别病原菌从而诱导植物全株抗病的物质即为植物的抗病激活剂。但这种药剂不能直接呈现杀菌活性，而是在使用几天后较长时间予以抗病，故不易产生抗性。常见的药剂有草酸、苯并噻二唑、烯丙苯噻唑。
以上四大种类是对农药杀菌剂的总体概括，治疗不同农作物病害选用的品种也不相同。
