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// 2020 CNGBdb系列微课开讲啦! 4月29日 4月专题 四节课带你玩转表观组学研究 <第4讲>上线 //  2020 | NO.4 课程名称：染色质类表观组学生信分析 讲师：韩京华，尼奥基因组学研究院表观团队高级生信分析师。在国际知名期刊发表多篇研究论文，并获得4项软件著作权。 - 课程概要 -
- 现场Q&A - 现场 Q：ATAC-Seq需要input文库吗？ A：ATAC与IP类测序方法不同，不需要input文库。 Q：scATAC-seq可分析的内容和ATAC-Seq差不多吗？ A：scATAC的实验部分一般采用10X Genomics平台，分析方法与常规ATAC-seq也会有不同。 具体分析方法请参考文献： Satpathy AT, Granja JM, Yost KE, et al. Massively parallel single-cell chromatin landscapes of human immune cell development and intratumoral T cell exhaustion. Nat Biotechnol. 2019; 37(8):925-936. Q：小麦方面的ATAC-Seq研究套路是怎样的？ A：经过检索，我们发现关于小麦ATAC-seq的文章几乎没有，ChIP-seq的文章也很少。鉴于ATAC-seq分析套路与ChIP-seq接近，您可以参考一下ChIP-seq的分析方法。 Q：数据分析得到的插入片段图有没有出现过和2100结果不太一致的情况？比如2100有多峰但是插入片段的1核小体峰很低且无多核小体峰的情况。 A：我们目前没遇到过这种情况。比对情况怎么样？比对时允许的最大插入片段长度是多少？软件bowtie2默认允许的插入片段长度是500（-X），对于ATAC数据，该参数应设置成更大的长度，如-X 2000。另外，是否在过滤BAM文件时过滤掉了有用的比对？ Q：可以简单介绍一下ChIP-qPCR技术吗？第一次接触这个技术不是很清楚它的用途。 A：ChIP-qPCR是ChIP和qPCR两种技术的结合，能够检测特定转录因子/组蛋白修饰与已知基因启动子区域的结合，不需要测序，适合已有候选基因的研究。大概流程如下： 蛋白-DNA甲醛交联 --- 细胞裂解 --- DNA打断 --- 抗体富集特定蛋白-DNA复合物 --- DNA纯化 --- qPCR 参考文献： Lacazette E. A laboratory practical illustrating the use of the ChIP-qPCR method in a robust model: Estrogen receptor alpha immunoprecipitation using Mcf-7 culture cells. Biochem Mol Biol Educ. 2017;45(2):152-160. Q：ATAC motif和ChIP motif可能会有重叠吗？ A：如果开放染色质区包含ChIP-seq所要鉴定的转录因子（或其他结合蛋白），那么ATAC motif和ChIP motif是可能有重叠的。 Q：ATAC样本量需要多少？ A：500-50000个细胞，推荐50000个。 Q：细胞冻存后复苏可以做ATAC吗？ A：可以的。 |
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