【原】LncACTdb 2.0：疾病相关的ceRNA网络数据库 | 数据库推荐

作为中心法则的关键分子，RNA家族一直是研究热点，microRNAs (miRNA)、长链非编码RNA（lncRNA）、环状RNA（circRNA）....以及竞争性内源性RNA(ceRNA)调控机制。

来自哈尔滨医科大学的研究人员开发了LncACTdb 2.0数据库，覆盖不同物种和疾病中ceRNA的综合信息，为ceRNA研究提供宝贵的数据资源。其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。

LncATCdb2.0数据库记录了疾病相关的lncRNA-miRNA-mRNA ceRNA网络数据，并提供功能富集分析，网络图可视化，生存分析等结果。目前该数据库覆盖23个物种和213种疾病/表型，记录了2663个实验支持的ceRNA互相作用，包含312个lncRNAs、131个编码mRNA，59个circRNA和16个假基因。

为什么要构建LncATCdb2.0？

缺乏专门用于收集、存储、分析

具有实验结果支持的ceRNA数据库

越来越多的研究表明miRNAs受到存在有miRNA结合位点的lncRNAs，circRNAs，假基因等的调控，从而竞争性的影响miRNA与天然靶标mRNA的结合，即ceRNA调控机制，它可以在不同生理和病理过程中动态调节彼此间的表达。

目前，已经建立了几个数据库来管理miRNAs与其他分子之间的相互作用，例如starBase v2，DIANA-LncBase v2，miRSponge和PceRBase等。然而，这些数据库大都利用单一靶标方法预测相互作用，并且这些数据库中的物种仅限于人类，小鼠和植物。除了miRSponge存储了具有实验支持的11个物种的463个ceRNA关联外，还没有其他专有数据库用于收集、存储和分析具有实验结果支持的ceRNA信息以及综合注释。

为了解决上述需求，研究团队发布了LncATCdb2.0数据库。

LncATCdb2.0中的数据统计信息

LncATCdb2.0能做什么？

查询功能

用户可以使用首页快速搜索框或者搜索模块（高级搜索）输入查询的信息（lncRNA, miRNA, 基因 , 疾病名称等），得到预测数据和实验支持数据两部分结果，其中预测数据部分搜索结果包括基本信息、ceRNA网络可视化、功能富集、疾病标志物、生存分析等；实验支持数据结果包含基本信息（构成该ceRNA调控网络的各种RNA分析的名字，相关的疾病等信息）。

搜索功能示例

浏览功能

用户可在Browse页面浏览数据库中的预测数据集和实验支持数据集。

浏览功能示例（Browse）

用户还可以使用LncACTBrowser工具，导航转录本结构和可视化lncRNA转录本上的miRNA结合位点。

浏览功能示例（LncACTBrowser）

自有数据分析功能

该数据库还提供了一种在线工具LncACT-Get, 可以上传自己的表达谱数据，然后进行ceRNA分析。

LncACT-Get功能页面

数据下载功能

数据库中的信息是可以免费下载的。

数据下载页面

用户还可以提交序列在数据库中做Blast比对。

首页右侧有“热点”模块可以让用户快速了解哪些分子是大家研究的热点；同时还提供了LncATCdb2.0的数据统计信息。