AMPHORA2是一种自动的系统发生推理方法,可以直接用于高通量和高质量的基因组树构建和宏基因组系统分型。
CARMA3是一种从处理过的和未处理过的宏基因组reads中识别群落结构的工具,并与许多同源性搜索兼容。
ClaMS是一个支持java的桌面应用程序,通过用户指定的参考数据集和初始参数将宏基因组数据集中组装的contigs分组。
DiScRIBinATE (Distance-Score Ratio for Improved Binning And Taxonomic Estimation)是一种快速准确的分类方法,用于在庞大的宏基因组中导航进化关系。
INDUS是一个快速分类工具,能够在模型和真实数据下快速对大量reads进行分类。
MARTA提供了一个用于研究基因序列之间进化关系的Java平台,并依赖于NCBI工具(例如BLAST软件和分类数据库)。
MetaCluster是一个可用于对大量物种中的reads进行有效和精确分组的工具。
MetaPhlAn是一个宏基因组系统发育分析工具,它利用分支特异性标记基因快速、准确地将reads定位到微生物分支中。
MetaPhyler是预测系统进化关系的工具,并采用系统进化标记基因作为分类学参考。
MTR通过多个分类等级执行聚类,而不是通过最低的共同祖先(LCA)。与LCA不同的是,它每次读取一个数据;MTR利用reads共享的信息。
NBC是一个在线数据库,使用naïve Bayes分类系统对整个宏基因组读物进行分类,以达到最佳分类学匹配。
PaPaRa是一种新颖的在线系统发育识别比对程序,可应用于小基因组reads与参考系统发育比对。
PhyloPythia是一个系统发育工具,可提供有关未识别的土壤微生物的一般进化分枝的准确和有用的信息。
Phymm是一个改进的分类学分类器,它根据进化背景对非常小的宏基因组reads进行分类。
RAIphy是一种很好的分级和系统发育工具,通常用于宏基因组reads的处理、分类及其有效的功能表征。
SOrt-ITEMS是一种使用比对参数而不是位值来寻找系统发育关系的分类算法。
SPHINX是一种混合分类方法,通过使用基于“组合”和“对齐”的分类算法,它具有良好的分类潜力。SPHINX能够像基于组合的算法一样快速地分析宏基因组序列,也能像基于对齐的算法一样高效。
TACOA是一种用于生态宏基因组数据集的精确复合系统发育工具,具有识别大/小reads (800 bp)分类的潜力。它是透明的、快速的和精确的,并且参考集可以随着新的基因组序列的可用性而简单地更新。
Treephyler允许用户在复杂的宏基因组数据集之间建立分类关系。
Phymm是一个改进的分类学分类器,它根据进化背景对非常小的宏基因组reads进行分类