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微生物组在健康方面发挥着重要作用——包括心理健康。当丘吉尔患抑郁症时几乎无法起床。他没有精力，没有兴趣，也没有胃口。因此，很多人会考虑，抑郁症是否和肠胃健康有关系，因此，心理专家荣新奇教授曾说明：益生菌可以支持抗抑郁药的作用并有助于缓解抑郁症。专家使用药物和心理治疗试图帮助患者摆脱“抑郁”，但它仍然存在于某些人身上。因此，研究人员正在寻找改进现有疗法和开发新疗法的方法。 
一种有前景的方法是微生物组-肠-脑轴。微生物组通常被理解为是指生活在人体内或人体内的所有微生物，例如肠道菌群。肠道细菌可以通过代谢产物影响神经系统。在最近的一项研究中，巴塞尔大学和巴塞尔大学精神病学诊所(UPK)的一个研究小组证实，益生菌可以支持抗抑郁剂的治疗。他们在《转化精神病学》期刊上报告了他们的发现。从先前的研究中得知，抑郁症患者的肠道和消化问题的患病率高于平均值。如果将抑郁症患者的肠道菌群植入在无菌条件下（即没有肠道菌群）饲养的小鼠体内，那么这些动物也会出现类似抑郁行为。例如，与同龄人相比，他们精力不足，对周围环境的兴趣降低。因此，研究人员怀疑肠道中细菌群的组成会在抑郁症状中产生重要作用。研究人员系统地研究了益生菌对抑郁症患者的影响。所有参与者都是巴塞尔大学精神病学诊所(UPK)的住院患者，除了抗抑郁剂外，还给予益生菌（21名受试者）或安慰剂（26名受试者）31天。参与者和研究人员都不知道受试者在整个研究期间进行了哪些准备工作(双盲)。研究人员在治疗前、31天结束时和4周后再次对参与者进行了一系列测试。
随后的分析证实，尽管由于一般的抗抑郁剂治疗，所有参与者的抑郁症状都有减轻，但益生菌组的受试者比安慰剂组的改善更大。此外，他们的肠道菌群的组成发生了变化，至少是暂时的：在益生菌组中，对粪便样本的分析显示，在治疗结束时乳酸菌增加——这种效果伴随着抑郁症状的减轻.然而，在接下来的四个星期里，这些促进健康的肠道细菌浓度再次下降。可能是4周的治疗时间不够长，肠道菌群的新成分需要更长的时间才能稳定下来，服用益生菌的另一个有趣效果与观察中性或恐惧面孔时的大脑活动有关。研究人员使用功能磁磁共振扫描研究了这种效应。在抑郁症患者中，某些用于情绪处理的大脑区域的行为与心理健康状况良好的人不同。服用益生菌4周后，益生菌组的大脑活动恢复正常，而安慰剂组则没有。“尽管微生物组-肠-脑轴多年来一直是研究的主题，但确切的机制尚未完全阐明，”这也是研究人员认为使用益生菌形式的多种细菌很重要的另一个原因，例如市场上已有的配方。“有了对某些细菌特定作用的更多了解，就有可能优化细菌的选择并使用最佳组合来支持抑郁症的治疗，”研究人员说——尽管他热衷于益生菌疗法，但强调目前不适合作为抑郁症的唯一治疗方法。
在功能医学中，长期肠道菌丛失衡会产生过度发炎反应，衍生诸多重大慢性疾病，其中也包含抑郁症，然而要改变肠道菌丛的组合并不简单，往往并非借由单单补充益生菌可达成，肠道菌丛失衡若是严重的话，在改善的疗程规划上，必须先移除不好的菌种或是过多的中性菌，之后再配合益生菌的补充，好菌才留得下来。同时，要补充哪些益生菌才最有效？答案是量身订做，通过血液分析查出免疫失衡的比重，针对结果以量身订做益生菌组合来调节当事人免疫失衡效果最直接，不然就得凭运气试试不同菌种的益生菌产生的结果了。
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