【原】重磅！Mitochondrial DNA part B：Resources 将在7月进行重大改版！

生信药丸 2022-06-30 发布于贵州

展开全文

Mitochondrial DNA part B：Resources(TMDN)由英国泰勒-弗朗西斯出版集团（Taylor & Francis Group）主办，刊发关注细胞器基因组资源的研究成果，包括动物线粒体基因组、植物叶绿体和植物线粒体基因组等研究与应用进展。TMDN为SCI收录的开放获取期刊，采用同行评议方式，审稿周期短。

TMDN一直致力于为新完成的细胞器基因组提供快速的发表通道。为了适应基因组学和生物信息学研究领域的快速发展,TMDN将于2022年7月对原来的“Announcement”类目文章进行正式改版。改版后的最大变化是投稿文章内容扩充（不超过1200字，应包含样本图片、基因组图谱、其他图片(如系统发育树)，图片和表格一共不超过4个）。原来的“Rapid communications”类目文章的要求保持不变。

本期推文通过采访TMDN主编刘昶研究员，简要介绍期刊改版后的新变化及要求。

访谈问题速览

1.本次改版最大的调整是什么？

本次改版主要丰富了研究发表的内容，具体有以下三点：

（1）字数：从原来不超过800字（词）到不超过1200字（词）；

（2）图片个数：从原来的“提供1张系统发育进化树图片”到“提供动植物样本图片、基因组图谱、其他图片(如系统发育树)三类”，总图片和表格不超过4个,更多的图表,可以通过附件提供。

（3）格式完整性：论文须包括引言、材料、方法、结果以及讨论、结论五部分，每部分的格式的详细要求，参见投稿指南。

2.TMDN的最低投稿要求是什么？

TMDN致力于发表新物种的基因组测序、组装和注释研究结果。研究材料必须能够准确鉴定到种及以下水平。在属水平开展的研究成果也可投稿，但需要详细解释未能鉴定到种水平的原因。

TMDN尤其欢迎涉及物种系统发育关系的新发现，在属水平的新分子标记开发工作并有实验证据支持。这类文章展示了细胞器基因组学研究在物种分类与鉴定方面的实际应用。

3.为什么TMDN要求投稿时释放数据？

TMDN主要发表资源型的文章，数据是TMDN文章的重要组成部分，因此在投稿时需要释放。具体来讲TMDN要求释放两类数据：一是基因组的组装、注释结果。基因组序列和注释信息需要提交至公共数据库，如GenBank，并获得accession number。基因组数据从获得accession number到释放，一般至少一个月的时间，作者需要提前提交；二是基因组测序的原始数据，需要提交至公共数据库，如SRA，并获得 SRA database的 accession number，一般在获得accession number之后，SRA数据也会同时释放，整个过程一般需要一个星期。提交基因组类论文时提供原始数据，审稿人才能对组装、注释及分析的结果进行评审。当发现组装错误时，一般审稿人会拒稿。因此，作者应当认真核查释放的数据，确保释放的数据与基因组组装的结果一致。

4. TMDN期刊近期的审稿速度略有降低？

为了提高稿件质量，TMDN新增了一个技术审核流程，只有经过技术审查后，合格的文章才会提交给编辑组织审稿。技术审查的内容比较广泛，包括数据释放情况、物种鉴定情况，语言及图表质量等。TMDN在投稿指南中提供一份自查表，作者可以根据自查表完善论文，进而缩短技术审查的时间。

投稿指南

改版后对论文创新性、格式、内容的具体要求如下。

1.创新性

论文的创新性应至少体现在以下一个方向上：

（1）在物种或以下水平的新的基因组；（2）和近缘物种相比发现新的基因组结构；（3）发现新的系统发育关系；（4）开发新的分子标记。

2. 格式

提交的论文长度不超过1200字，应包含样本图片、基因组图谱、其他图片(如系统发育树)，图片和表格一共不超过4个。其他的图片、表格和相关文档应在附件中列出。

3. 内容

1.引言

1.1背景

引言部分应对背景进行充分的介绍，包括但不限于以下内容：（1）所研究物种的分类、分布信息，学术及应用价值。（2）该物种的基因组是否首次被发表，可以在GenBank中使用BLAST工具进行检索。在GenBank中已经释放的基因组不算做该物种已经被发表，但是在进行数据分析的时候要包括已经释放的基因组。

1.2立项依据

作者应提供发表本论文的充分理由，并在引言中围绕以下三个问题进行阐述：（1）为什么要开展本项研究工作？（2）本研究是否具有创新性？（3）本研究的结果对后续研究有什么价值？

2.材料

材料部分应充分提供所使用材料的相关信息，以便其他研究人员验证和开展后续工作。材料部分应包括以下信息：

2.1样本的采集

（1）样本采集的精确位置，例如经度、纬度和海拔高度，按国际相关标准填写，如CNS 13524-1995。GPS信息系统自动识别，或系统定位。

（2）生物学特性。在分类学上的科属、种名或者亚种的拉丁名，建议使用GenBank Taxonomy等国际上使用较为广泛的分类系统，并描述物种的生态环境、生长发育繁殖的特点等。

2.2样本或其DNA的具体存放地点和凭证编号。

样本应当被收集起来妥善保存，一般存放于博物馆、标本馆（针对濒危物种或罕见突变品种）等专业机构。用于测序的组织样本应当保存与之对应的凭证标本。凭证标本应包括采集人员信息（采集者、采集编号和采集团队成员等）、物种信息（分类群名称、生物学特征等）和采集地点信息（海拔、经纬度等）。

若没有足够的实验材料制作凭证标本，如许多亚毫米级无脊椎动物或单细胞原生动物等小生物，这种情况下可以不提供凭证样本，但必须详细说明理由。

（1）务必包括样本存放的标本馆、博物馆等专业机构的名称

（2）请写明样本的凭证编号。推荐写法：“A specimen was deposited at -institution name- (URL, contact person, and email) under the voucher number XXXXXX”

3.方法

应详细描述实验方法，以便在该领域工作的其他研究人员能够复现。该部分应包括几下几点：

3.1 DNA提取方法

3.2基因组测序方法（包括但不限于PCR+Sanger、Illumina、PacBio、Nanopore）。请提供测序仪的型号、类型和制造商信息。

3.3基因组的组装方法。使用的软件工具及所使用的详细参数信息，包括但不限于Novoplasty，GetOrganelle，Spades，CLC等。其他相关的软件或者工具都被可以被接受。

3.4基因组的注释方法。所使用的软件工具及所使用的详细参数信息，包括但不限于Mitos，CPGAVAS2，Mitoconstrictor， Geseq等。其他相关的软件或者工具都被可以被接受。

3.5系统发育分析

（1）在分析中应尽可能多的使用公共数据库中的相似序列。当相似序列数量太多，应该使用与目标序列最相似的序列的来构建进化树。

（2）在分析中使用的所有序列，不仅要提供登录号，还需引用相关参考文献。

（3）具体描述构建进化树的序列。可以是串联的蛋白质序列、编码蛋白质的核苷酸序列或者完整的基因组序列等。

（4）必须描述优化方法，如最大似然法、贝叶斯推断法。出除此之外，还需要描述所采用的最优核苷酸替换模型。常用的软件工具包括但不限于PhyML, RaxML, IQTree, MrBayes, MEGA。

（5）统计学支持。对于最大似然(maximum likelihood method,ML)树，作者应提供自展值（bootstrap score）和自展分析的重复次数。对于贝叶斯推断(Bayesian inference,BI)树，作者应提供贝叶斯后验概率（Bayesian posterior probability,BPP）。我们鼓励使用两种不同的方法进行系统发育分析。

4.结果

结果部分应对所有表格和图表的内容进行描述，应该重点描述图表的总体信息和特征信息。

4.1基因组分析结果

描述基因组的结构和特征，例如基因的特殊结构，变异区间和序列情况，基因缺失等。

4.2 该物种的系统发育关系。

4.3图表

文章应包括以下图表：

（1）物种的参考图片。所研究物种的照片，并强调物种识别的关键细节，避免物种鉴定出错。照片拍摄及格式要求如下：

（a）包括物种生长环境的照片，拍摄应当能够反映所研究物种的生长或生息的大地形、大环境的照片。例如：反映地形是山地（相对高度在200m以上）、丘陵（相对高度在200m以下）、平原（起伏较小，坡度不超过5度）还是高原等。地貌是农田、湖泊、河流，还是草原、森林、灌丛、盆地、海洋等。

（b）物种整体照片，拍摄能够反应调查该物种整体面貌特征和个别部位特征的照片。应提供清楚地表明物种特征及生态特性和任何有助于明确鉴定物种特征的照片。

（c）照片格式，所有照片要求500万像素以上，照片整体布局合理，画质清晰；为了显示物种的尺寸大小，可以在拍摄时注明放大倍数或加上标尺。

（2）基因组图谱，包括基因组的特征信息，及新的分子标记的位置。