清顺治六年（1649）七月，鲁王朱以海一行得阮进百条战船的帮助而解围，暂在健跳立脚，但穷乡僻壤，弹丸小地，又怎能施展经纬？虽然健跳属于海防重镇，但作为反清复明的旗帜和立国根基而言，这里似乎又缺少许多必要因素；其一、没有广袤的土地和财源支持；其二、没有可以御险的天然屏障；其三、缺乏广泛的群众基础；其四，没有以资号召的地方豪杰和领军人物。还是暂按原先商定的国策，以谋取舟山为上策。
其时，福建隆武政权已垮台，但黄斌卿一向把舟山视为自己的禁脔，打着反清旗号，却常常干着袭杀鲁监国部下兵将的营生，如巡抚荆本彻一家百余口被沉海，俘其兵千员。户部尚书朱常湖与黄有隙，全家百口被沉海，俘其兵八百。总兵贺君尧也被他杀人夺财，种种劣迹，尽是海盗勾当。三年前打劫王之仁的一幕还记忆犹新，鲁监国部将早已对他恨之入骨。但黄斌卿依然我行我素，打着早已不存在的隆武政权旗号；又以舟山地窄粮寡为辞，表示难以供养鲁监国属下一应人马，全不念同仇之义。这时的鲁监国已是无路可走，属下文武对黄斌卿行事又极为愤慨，本来可以和平共处，但由于黄斌卿一味私心自用，使矛盾激化，一场内讧不可避免了。
先是驻奉化鹿颈海面（桐礁）的王朝先与阮进合谋，决定上疏鲁监国，征得鲁监国同意后，随即征讨斌卿。斌卿于是派陆玮、朱玖抵御，结果连吃败仗。斌卿见大事不妙，求救于安昌王朱恭榥、大学士张肯堂，上章待罪，并发誓说：“所不改心以事君者，有如水。”又派人到各营议和说：“我们大家彼此全是王臣，没有理由互相仇杀。”
九月二十四日，诸将会于海上，开始时大家全都很平静，没有人轻举妄动。忽然，陆玮、朱玖背约出洋，阮进等怀疑斌卿要出逃，于是纵兵大掠，斫伤斌卿，随将斌卿投入海中，招抚其全部人马。舟山这才回到鲁监国手中。
这昌国与舟山只是一水之隔，虽属两个不同阵营，但袍泽之间还是相互认识的，加之隆武新亡，鲁王成为闽浙唯一王储，再没有唐鲁纷争了。张名振与黄斌卿完全不必为地盘而自相残杀。后人亦评；谋取舟山张名振是有心的，而仇杀黄斌卿却不是张名振的主见。但终因黄斌卿的私心和鲁监国部下的积怨，终于酿成“大敌当前，自相残杀”的惨祸。
这黄斌卿与张铭振原系女儿亲家，如若开战征讨，张名振是于心何忍。先是这年六七月间，张名振单身往见肃虏侯黄斌卿，喝酒叙事，互为寒喧。席间黄斌卿关心的是闽上的情况，清军过境后的变化，张名振说的是酒话，但又是醉翁之意不在酒。特别是唐王之死，郑芝龙降清，闽上一时群龙无首，转而拥戴鲁王入主八闽这些情节，细细道来；张名振看似说者无心，黄斌卿却是听者有意。临别，张名振对黄斌卿说：
“唐鲁之争已为历史，代唐恢复已成事实，你我联合拥鲁才是正着。”
“不知鲁王是否记仇？我以前拒他之事是否耿耿于怀？”黄斌卿惴惴不安地问。
“不会！不会！包在兄弟身上。”张名振舌头打卷，含糊不清地说着酒话。
“请亲翁多多在心，略为打点。”黄斌卿赶紧说些拜托的话。
“好说！好说！让我出面做和事佬吧。”张名振拱一拱手，步履蹒跚，径自回舟去了。
时隔不久，海上讨伐事起，平西伯王朝先因与斌卿有隙，于是挑唆着阮进和张名振，力主讨伐；名振泣谏曰：“臣与斌卿联姻，路人皆知。今以朝先一言而加兵，其如物议何”！既而征得鲁监国同意，于是开战征讨，结果黄斌卿连吃败仗，他见大事不妙，于是求救于安昌王朱恭榥、大学士张肯堂，上章待罪。
九月二十四日，议事开始后，黄斌卿跟着张名振上了他的大船，刚要踏上甲板，也不知是谁操起一刀，把黄斌卿劈于海中，从舟中冲出一队人马，个个张弓搭箭，还有一队火枪手，亦步亦盯，簇拥着张名振与阮进，手持监国的喻旨和尚方宝剑，神情严肃，快步来到黄斌卿主营，翰林承旨大声宣读鲁王殿下的敕文，其中列数黄斌卿的条条罪状：
“拒鲁王而不纳、害两王子（鲁王两子），不忠；灭荆监军（本彻）、杀贺忠威（君尧），不义；强据民田，不仁；侮定西（张名振）、拒荡湖（阮进），无礼；蓄叛臣为部将，不智；无道甚矣！”并曰“首恶必办，协从不问。”
张名振宣布“监国此来，代唐恢复，肃鲁（虏）原部自应协力”。接着，又以监国的名义礼葬黄斌卿，优养其家属，并对黄斌卿旧部加以安抚，将校一体升赏，无分彼此。这样，终于稳定了舟山局势，整个水陆师重又回归鲁监国麾下（阮进得水师，王朝先得陆师）。但仓促之际，还是走脱了一批黄斌卿的亲近，渡海竟去投了清廷。另外还有张名振的二个女儿，竟为此而投海寻死。大人间的恩怨冲突，害得她们里外难做人，只有一死明志。
并吞肃虏后，鲁监国君臣在舟山立住了脚，从此摆脱了郑彩的控制，重新回到浙江；接下来着手整顿朝政，战略上也由恢复福建改为经营浙江的方略。只可惜原班资深阁臣少了，如大学士熊汝霖、钱肃乐、郑遵谦三位，都是股肱之臣，却让郑彩擅杀和逼死了。立国不能没有辅政大臣，于是派出使者敦请原隆武朝吏部尚书张肯堂为大学士，招余姚大岚结寨的王翊为兵部左侍郎，以为舟山外藩；招回在上虞结寨的张煌言为兵部右侍郎，招回东山的李长洋为兵部左侍郎，二部人马全部入卫舟山。
张肯堂（？－1651）明末松江华亭（今属上海市）人，字载宁，号鲵渊（一作鲲渊）。天启五年（1625）进士。崇祯七年（1634）擢御史，累迁右佥都御史，巡抚福建。南都亡，唐王即位于福州，进太子少保、吏部尚书，寻改左都御史，掌都察院事。陈子龙吴淞起事败，请出募舟师由海道抵江南，招合义旅，为郑芝龙所阻。唐王败，飘泊海外。清顺治五年（1649）至舟山，鲁王拜其为东阁大学士。
进封张名振为太师，节制诸军，阮进为太子少辅，拜沈宸荃为东阁大学士兼兵部尚书，加太子太保，吴钟峦继续担任礼、刑部尚书，孙延龄为户部尚书（孙嘉绩之子），朱永佑为工部尚书兼吏部左侍郎，主管文官铨选，李向中为兵部尚书（李向中、朱永佑自鹭门随鲁王至舟山），李长祥为兵部左侍郎，张煌言为兵部右侍郎，黄宗羲为左副都御使，徐孚远为国子监祭酒，任廷贵为太常寺卿。
李向中(1611—1651)，字豹韦，号立斋。湖广布政使司承天府钟祥县人。崇祯十三年进士。授长兴知县，后调任秀水知县。弘光中历车驾郎中，苏松兵备副使等职。唐王时立为尚宝卿。闽事败，避海滨。鲁王监国，召为右佥都御史，从航海，进兵部尚书。
朱永佑(？—1651)，字爰启，号文远，松江府上海县闵行镇人。明崇祯七年(1634)中进士，授刑部主事，改吏部文选司；北京陷，时任吏部侍郎罢归。南都亡后，参豫松江陈、夏之事。唐王立闽中，以郎中召，改戶、兵二科都给事中，迁太常寺卿兼原官；张肯堂荐为北征监军。闽中破，鲁王擢拜刑部侍郎，监军如故；寻转吏部左侍郎。舟山建国，晋工部尚书，仍兼吏部事。辛卯城破，被执不屈，大骂而死。
张名振、阮进、王朝先等部水师驻于舟山四周；闽安伯周瑞、平虏伯周鹤芝屯于温州的三盘；宁波府四明山寨的王翊（时授兵部左侍郎）等义师同舟山遥相呼应。以舟山参将府为行在，一边整军操练，屯田驻扎；如象山的昌国，奉化的鹿颈头，宁海的长亭、临门、健跳，都是驻兵屯田之所在，作为军事上的犄角。
一面派阮进负责建造船橹，张煌言负责训练水师，一面四处联系福建郑成功部，云贵永历朝孙可望部，长江夔州十三家，以求四面出击，收复失地，共同恢复大明江山。
同时又派遣兵部右侍郎冯京第和左副都御史黄宗羲为副使，随澄波将军阮美再次至日本长崎乞师，派朱之瑜（朱舜水）先后去安南、暹罗，去寻觅可资借助的力量，结果都是无功而返。
太师张名振当国，大学士兼兵部尚书沈宸荃居中调定，督师舟山，以太仆寺少卿曹从龙为兵部右侍郎，李长祥为总督部院。六部各司其职，修城筑楼，训练水师，列巨舶于东南水门外，又专门派人联络玉环、金塘、沈家门以聚谷秸。一时人心振奋，归者如云。
明军水师向以船坚炮厉而著称，航海技术更是舟山船老大的强项，承继有序，计算潮汛、操舵升帆更是得心应手。张煌言根据原有的系统稍加调整；大体以黄旗为升帆，红旗为进攻，绿旗为泊锚；夜间一般不开战，以悬挂桅灯为号。主战船桅杆上设有了望台，各船还配备单筒望远镜和报警的火箭响哨。
海上导航，以指南针和水罗盘定向（据说郑和下西洋时就已使用），船上通讯用悬挂旗帜和挥舞各色旗带，组成相应旗语。夜晚以灯笼反映航行时情况，遇到能见度差的雾天下雨，配有铜锣、喇叭和螺号等也用于通讯联系。因此，张煌言略加调整，便组成了一整套行之有效的航海指挥系统。海上摆龙门阵，设浮动靶标。张煌言每天领军操演，排练各种阵法。
经过两年时间的休整恢复，在朝臣的齐心合力之下，终于把原来士气低落，军心涣散的明军编练成一支训练有素的精锐之师，从此纵横于江外海上，对清廷在江浙地区的统治构成重大威胁，不但牵制了清廷大量的兵力，为福建郑成功的壮大提供了先机条件，也为以后的舟山之役和长江之役打下了基础。
