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【原】2022年5月_生信入门班_微信群答疑笔记

 健明 2022-07-03 发布于广东

做教学我们是认真的，如果你对我们的马拉松授课（直播一个月互动教学）有疑问，可以看完我们从2000多个提问互动交流里面精选的300个问答！

强烈建议你推荐给身边的博士后以及年轻生物学PI，多一点数据认知，让他们的科研上一个台阶：

下面是2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记

上一期答疑笔记是：2022年4月_生信入门班_微信群答疑笔记

整理人：汪哲

整理时间：2022年5月

联系方式：zhewang@webmail.hzau.edu.cn

本次开课时间：2022年4月25日——5月21日

课前答疑

  1. 运行完最后的library（）那几行代码没有出现报错就是安装完毕对么？

是的，有时候会提示加载其他需要调用的包

  1. 想问下这是啥情况啊

上面提示你已经安装过了，不需要重复安装。记住检查安装是否成功的唯一标准就是library，library一下看看

  1. 老师，现在用的是windows，后期转macOS，这之间会有难度吗？操作上会有很大区别吗

视每个人的习惯而定，怕麻烦可以去b站学习一下Mac电脑的常规操作

  1. 带#号的这些需要贴过去吗？

不用

  1. 我自己试了一下library WGCNA这个，是不行？但是群公告里网站上给的代码运行起来都没问题的

BiocManager::install("preprocessCore")

单独运行这一句代码即可

  1. 各位老师，请教一下。明天上课是不是最好准备两台设备，一台上课，一台电脑跟着操作？

是的。如果实在不方便，一台也可以

  1. 我已经安装了R了哇，请问是因为下载的时候我先下了Rstudio的缘故吗？这个顺序是固定的？

需要rtools，看答疑文档

  1. 软件都要装到C盘吗

R语言和rstudio要安装在C盘，其他不做要求

  1. mac系统安装Rstudio以后没有办法自动安装git，请问该怎么解决呢？

Mac不需要安装git

  1. 这里和视频里面不一样，是要安装什么吗

不用管，你从第一行开始运行，一下下点run，留意左下角窗口的输出信息，如果返回大于号，且没有error，就继续点run

  1. 这组提示需要管吗

在左下角窗口运行这一句代码  system('defaults write org.R-project.R force.LANG en_US.UTF-8')

  1. 这次的课程的R用哪个版本讲解啊？

大于4就好

  1. 这里是不是代表报错了

下面绿框中pheatmap没有安装。

  1. 装完R包 library的时候报错

你需要安装一个包vctrs

  1. 装完我library又出现了这个...

你的Mac需要安装一个软件，xcode，安装好了之后重启电脑，再重新安装R包

  1. 安装winscp后 自动弹到了这个界面  是要点这个install安装吗？

都可以

  1. 老师，请问这一部分是需要登陆吗

后续上课会讲，安装了就行

  1. SSH客户端哪个好使啊 我装的MobaXterm 可以不

可以，上课演示用的是xshell，不过自己习惯就好

  1. r安装后弄出了两个快捷方式，一个32bit 一个64bit，请问我们需要的是那个呀

这两个都关掉，在Rstudio界面操作即可

  1. 我看视频里说第一次打开Rstudio的时候，会需要安装git软件，但我打开以后，没有弹出窗口询问是否安装git，我是mac的电脑

Mac电脑不需要。win才要

  1. 有几行返回的是加号

光标定位到左下角窗口，按一下ESC键，重新运行这一行。一下下点run，光标会自动跳行

  1. 请问晚上的课程可以回看吗

可以，每次直播结束后视频会自动保存在钉钉群，一年内随时可以观看，支持倍速播放。

  1. 请问这个安装不成功，是因为网速差，镜像地址没打开吗？

可能，换个网络试试。不用纠结太多，先安装成功没有error就行，课程中小洁老师也会重点讲如何安装R包，大家现在遇到问题到时候学习效果更好，加油~

  1. 老师，我跑这个library的时候，报错了

看一下报错，上面提示这个没装，找到那条安装的命令运行

课中答疑

  1. 请问这个order这个函数order(x, y)返回的结果为什么是这样啊？

代码错了，不用去理解它的运行逻辑了，错的为什么要理解？你这个就是"代码不报错，不代表真的没错"的真实写照，你不知道自己要干什么，也不知道结果是啥意思，仅仅是没有报错，你就认为这个代码是对的，是思维上的错误呦。

  1. 我在写笔记的时候用了markdown语法，也没有生成代码框呢，请问以下你们语雀笔记里的代码框是怎么弄的呀？

可以点工具栏最左边的+号，或者英文输入符下，按三下```，输入语言字符（如R），按Enter就可以出来了

  1. 请问这个df1代表的是什么意思

数据框Data frame 1，就是把一个数据框命名为df

  1. 快来帮忙看看，这是咋回事儿列

c里面的数字都去掉双引号，重新运行一遍试试

  1. 不好意思想问问这一行代码如何理解？

去掉第一列

  1. 有没有友友知道这个图怎么看呀

先看p值 在有意义的基础上看R，R代表相关程度，-就是负相关，R绝对值约靠近1，相关性越大。绝对值＜0.2则认为无相关性，绝对值＞0.8则认为强相关性。R为正代表正相关，R为负代表负相关

  1. 字符检测，如果需要同时查询多个字符，帮助文档中我查到了下面这样的str_detect(x2,c("e","h"))，但，这貌似返回，符合e或者h的逻辑值；如果想返回符合e并且h的逻辑值的话，是不是需要多个函数计算？

分别写两个str_sectect，&

  1. 富集分析结果的内容中，GeneRatio数值的分母，仍旧没理解。“能够对应到数据库中的差异基因总数”是否可以理解为，这个数据库总的差异基因总数固定为468？如果不是，这该怎么理解嘞？

数据库里只有基因，没有差异基因，只有你的实验设计差异分析结果，才能得出差异基因，比如你的差异基因有1000个，其中被kegg数据库收录的只有500个，那么这个分母就会是500，为什么这个分母不是1000？因为人类的认知有边界，不是所有的基因都被kegg收录了

  1. 这是昨天的课，重新下载匹配line了，运行了好几遍，跟小洁老师的不一样，我脑壳好疼，有睿智的小伙伴或者助教帮忙解答一下吗

理论上单独将这个GPL改成你的数据集的平台号后直接运行这一步就可以了，如果多次尝试仍不行，可能因为注释包版本有差别。

  1. 请问一下，我的mac air的提示符是%而不是$，请问这个会影响吗？

不会，上课的时候会提供服务器进行操作，提示符会是$。

  1. 老师，termius好像是收费的，finalshell可以吗？

免费版本够用。finalshell可以的，自己用习惯了都差不多的。

  1. linux教程会介绍一些参数和通字符的讲解吗？我经常搞半天去理解

比如：cat filename |awk -F '\t' 'NR>1 {print $4}' |tr ';' '\n' |grep '_'  >fq.url

会讲一些。

  1. 请问下这个写的是表达矩阵，但是这个也不是RNA的fpkm，为什么ID是数字啊?

ID是数字没关系，能对应就好，它公司出产芯片自己的规定

  1. 我分组用治疗前、后样本，不管c3和c5，然后就有个报错，老师帮我看下

x里头是字符串，y里头是数值，所以没法inner_join。intger是整数，numeric的一种，不过不要紧，直接ids$probe_id＝as.character(ids$probe_id)

  1. 求问一下，rna-seq有什么常用的看splicing检验方法吗

有很多软件哦，第四周会提到，不着急哈

  1. 想请教一下一个刚刚遇到的问题，我用str_detect按行取子集的时候为什么结果会漏掉几行？比如说这个sham组明明有4个样本，取出来却只有两个

发生循环补齐。你要用两个str_detect，OR符号，竖线连接

  1. 请问这里提取ids 的这个信息，为什么是SYMBOL而不是别的？是规定好的吗？是这些名字都代表了这个探针的对应信息吗？

点开ids就知道有什么了，因为symbol是基因名，我们后面要用所以提取他，不然画个火山图，热图，总得知道差异表达的是啥， 这些都能提

  1. 请问下，处理普通转录组最低什么配置的服务器能跑

4核心，16G内存，500G硬盘

  1. 单8核32G单细胞能勉强做么

足够啦

  1. 这个是从Linux基础.md里复制过来的，请问是有特殊的使用场合吗？

只是部分命令使用，比如 help  cd，命令  --help  适用大部分情况，我们一般用这个就够了

  1. 对于cut -d 这么理解对吗，也就是后面的字段是没有r吗，r从字符变成分隔符

是的，但是当你输出多列的时候，分隔符就还会显示出来

  1. 请问file1 file2 file3这种连续的名称的命令是啥，我上课的时候没记下来

file{1..3}

  1. 他说 cannot move  但是它又执行了

你的file*匹配了三个文件和叫file的文件夹。file不能自己移动到自己里面，这就是那句提示的意义。剩下三个文件当然可以动，所以就移动了。

  1. 老师 我对比了别人的和我的 readme.txt 的文件，是我的这个文件有问题，但我不知道是什么意思

你的文件是在windows中处理过再上传到服务器的，行末的换行符编码格式已经变了

  1. 想问下加载完r包后如何退出啊

q()

  1. subread 安装后 command not found

subread包含其它软件，但不包含一个叫subread的软件，比如你下了一个软件叫腾讯，它里面没有一个真的软件叫腾讯，他是腾讯的微信或者QQ

  1. 老师 我运行了conda install -y  -c  hcc  aspera-cli 这句命令后，返回了这个。我wget了它那个链接 ，可以调出帮助文档，是安装成功了吗？

是的，你可以看到有3个done，还有个do，你没截到

  1. Bam文件 用什么打开呢 有点超纲

IGV

  1. 这是啥意思啊

这是library的提示信息呀，小洁老师说了，不是error就不用管。下面的×其实你看上面的英 直译也可以看懂，title是冲突，下面解释了具体的冲突

  1. 我运行了修改配色的命令，为什么颜色还是没有变嘞

命令行配色已经改了，但是你的bashrc应该被你其他操作改错了，导致ls命令没了颜色

  1. 为什么我vim后按esc退不出来？

三步

ESC

:wq

回车

  1. 我想删除我写的代码的时候 按了Backspace键 然后出现了^H 这样 想清屏 按ctrl+L 结果出现^L 然后就这个样子了…请问该怎么办呢是直接退出软件吗

CTRL+C终止

  1. 这几行代码里的$是什么意思？最后的两行里$fastqc和$multiqc是调用程序，不过最开始讲使用绝对路径的时候没有使用$。另外$也用在了文件夹的前面，又是什么意思啊？

用变量的时候前面要加$，前面四行是定义了四个变量，后面就是在用它们

  1. 构建索引的时候出现的sa文件可以删除么？

不可以

  1. 请问这里的name变量怎么解读啊

这样子探索

【1】运行圈出来部分；【2】id=【1】的第一个结果；【3】name=${id##*/} ；【4】echo  ${name}

  1. 刚开始补课，请教一个问题

外面有单引号，里面肯定不能继续单引号，不然会冲突

  1. 这个解压命令说没有空间了，是我账号下面没有空间了吗？

是的，参考基因组服务器上有，用服务器上的就行，知道怎么下载即可

  1. 请问这个no space left on device要怎么解决呢？

这个需要我们管理员来解决

  1. 老师请问这个服务器账号有效期多久，忙毕业耽误了好多课

两个月哦

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