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保元之乱平息后，天皇一方的平清盛和源义朝的势力都获得了增强。平清盛与院（后白河上皇）近臣藤原通宪（信西）攀附在了一起，源义朝则与和通宪对立的藤原信赖攀附在了一起，这样源平两家的对立也逐渐显现出来，并随着时间的推移不断加深。平治元年（1159），乘着平清盛去熊野参拜，离开京都之际，源义朝与藤原信赖举兵发动政变。义朝军抓捕并杀害了藤原通宪，将后白河上皇、二条天皇幽闭在宫中。清盛在途中听闻政变发生，急忙赶回京都。清盛先成功将后白河上皇救出，安置在仁和寺，接着又救出了二条天皇，将他请到自己的六波罗官邸坐镇督战，最后攻破了占领皇宫的义朝、信赖联军，取得了政变胜利。藤原信赖被捕后斩首；源义朝在逃亡东国的途中，在尾张遭到暗杀；义朝的儿子义平被斩首，赖朝被流放到伊豆。随着平家对源氏一党的诛杀和处理，源氏的势力迅速衰落，政变胜利者平氏的势力空前高涨。保元3年（1158）8月5日，通亲叙从五位下，応保元年（1161）10月19日任治部权大辅，长宽3年（1165）1月5日，升从五位上，仁安元年（1161）11月13日升正五位下，翌年2月11日任右近卫权少将。当时平清盛已就任太政大臣，长男重盛在内的其他平氏一族皆在朝中担任属公卿、殿上人级别的高官，平家的势力达到了顶峰。也就是在这个时期，为朝廷办事的通亲也显得尤为忙碌。石清水放生会、内里迁幸的供奉、内侍所御神乐招人等诸多工作，通亲都出色的完成了。由于这些功劳，仁安3年（1168）1月6日通亲升从四位下，同月11日，任加贺介。同年2月19日高仓天皇即位，通亲成为了除高仓天皇皇太子时期近臣以外准予升殿的8人中的一人,并作为高仓天皇的亲信参与到朝政的中枢中。同年3月26日，通亲升为从四位上，同年8月4日又快速升为正四位下。嘉応3年（1171）1月18日，任右近卫权中将。是时，平清盛也在着力构建巩固平氏在朝中的权力。清盛效仿藤原氏的作法指名将女儿德子嫁与高仓天皇，成为中宫。通亲靠着平氏的提携，在德子入内后担任女御家侍所别当，并于承安元年（1171）娶了平清盛的弟弟教盛的女儿为妻。治承元年（1177），出现了以打到平清盛为目的的鹿ケ谷事件。后白河法皇近臣藤原成亲、西光、俊宽等在位于京都的东山的俊宽的别庄密谋打到平氏的计划。这件事由于倒平一党中多田行纲的告密，而被平氏发觉。西光被斩首，成亲流放备前，俊宽流放九州鬼界岛。后白河法皇虽然难辞其咎，但清盛听取了重盛的意见，没有追究法皇。治承3年（1179）1月19日，久我通亲就任藏人头，同年12月24日兼任中宫权兼亮。这时的通亲一方面是天皇及中宫的侧近，一方面监理着朝廷内的诸多事务，对朝政也有着非一般的影响，各位公卿朝臣都把他当作一位极重要的人物来对待。而日后与通亲激烈对立的九条兼实，也正是从这时起，对通亲感到不满。也就在治承3年，权倾天下的平氏一族的内部也遭受了重大打击，被平氏一族所寄予厚望的勇猛果敢，兼通文武两道的名将——清盛之子重盛去世了。重盛的死，使得没人再能随时劝导清盛，辅佐清盛，平氏一族由此变得极为的专横。重盛和平盛子（清盛之女）相继去世后，清盛没收了后白河法皇的遗领，并率领数千大军从摄津福原进京控制局势。清盛不但将后白河法皇幽闭在鸟羽离宫，终止了院政，还把免了包括关白松殿（藤原）基房在内的40人的官职，更于翌年治承4年（1180）2月21日拥立由其女德子所生的安德天皇即位，高仓上皇作为傀儡展开院政。一个由平氏独断的政权已然建立起。久我通亲并没有受到这些事件的牵连，继续当着藏人头，并在朝中担任着新任关白藤原基通就任的奉行。同年1月28日，通亲就任参议兼左近卫权中将，2月24日任高仓院厅别当，成为了高仓院的院近臣，并在高仓上皇行幸安芸严岛神社时担任上皇的随扈。治承4年（1180）5月，通亲在院厅讨论讨伐曾作为仁王源赖政举兵讨伐平氏的后援的兴福寺，園城寺的问题时，发言赞同平氏提出的立即讨伐的方案，遭到了九条兼实的反对。从这件事可以看出，通亲已完全成为了亲平氏一方的公卿。清盛命令仁王在宇治的平等院自刃谢罪，仁王却在逃往奈良的途中被追兵杀死了，而仁王发出的讨伐平氏的命令已经发出，各地的源氏纷纷展开了对抗平氏的活动。12月，平清盛派遣平重衡烧掉了反对平氏的东大寺等位于都城南面的寺院，接着迁都福原一事引发了朝廷内部的纷争。平清盛强行要迁都福原，通亲等亲平氏的公卿也强行带着安德天皇行幸前往福原，而大尝祭究竟是在新都福原还是在京都举行等问题使得朝政一片混乱，以致本当7月举行的祈年谷奉币（估计是祈祷大春丰收，给神仙送点钱财的仪式）活动也不得不推迟到10月举行。通亲带着天皇在福原处理政务，其他的公家人办理政务不得不往返于福原与京都之间，甚至有下级公家和官人因为付不起车马费经济窘困面临破产，可谓怨声载道。不说诸位公家，延历寺的僧人也请求还都京都，病入膏肓的高仓上皇也发出了还都京都的院宣。清盛不得以，只能放弃了迁都福原的计划。11月，后白河法皇、高仓上皇、安德天皇还幸京都，历时6个月的迁都福原闹剧结束。病情不断恶化的高仓上皇在还都京都之后于治承5年1月14日驾崩。 
治承5年（1181）1月5日，通亲晋升从三位，出任播磨权守。同年闰2月4日，平清盛由于患热病去世，其子平宗盛继承了已经风雨飘摇的平家家业。通亲于4月10日担任安德天皇闲院内里还幸的扈从，7月14日出席了关于改元“养和”的朝议，提出了改元“弘保”、“ 応历”这两个提案。能够出席改元的朝议，说明通亲也是朝内公认的有才干的公卿。同年（养和元年）11月25日，通亲辞去了中宫权亮一职，出任建礼门院别当。清盛死去后，后白河法皇将居所从八条移到位于二条南面的闲院，继续死心不改的谋划着重振朝廷权势的计划，朝中的公卿也都见风使舵，聚集到了法皇门下。通亲当然注意到了这一政治动向，也开始疏远平氏接近法皇，并十分努力的开展重建被清盛烧毁的东大寺工作。同年8月17日，源赖朝在妻子政子的父亲，当地豪族北条时政的支援下举兵讨伐平氏，结果被平氏方的大庭景亲打得大败，逃到了安房。关东一代对平氏不满的武士得知赖朝举兵后纷纷来安房集结。赖朝依靠这些武士和豪族的力量，经过2个月的攻略，逐渐开始向武藏进军，并在镰仓建立了的根据地。面对卷土重来的赖朝，平氏派出以清盛孙子平维盛为总大将的赖朝征讨军，浩浩荡荡开向关东，在富士川与赖朝军形成对峙。赖朝面对平氏的大兵压境，决定派遣部队进行夜袭，打平氏一个措手不及。当赖朝军夜渡富士川时，不巧惊动了河畔的水鸟，而早已沉溺于公家风尚，军力柔弱不堪的平氏军队竟把水鸟的惊鸣错当作赖朝军从背后发动攻击的呐喊声，一哄而散，落荒而逃，大败而归。寿永2年（1183）1月7日，通亲晋升正三位，主持了白马节会，圆韩神祭等活动，还被选为参加伊势神宫祈祷的公卿敕使。同年，木曾的源义仲也开始从北陆进兵，讨伐平氏。平宗盛再次派遣维盛在加贺、越中二国边境上的倶利伽羅峠与义仲战斗。结果，义仲再次利用夜袭击败了平氏军队，取得了胜利，并向京都进军。朝廷见此状况，立即举行会议，研究应对义仲进京的对策，通亲与德大寺实定、吉田经房等参加了会议。会议决定将法皇的住所签到法住寺。7月24日，通亲便与平时忠一道将神镜安放到了法住寺。眼看着义仲即将入京，平氏一族决定西逃。宗盛想挟持着法皇一道西去，不料法皇得知此事后，提前离开了法住寺，逃往比叡山。宗盛不得以，只得带着安德天皇和神镜逃向西国。在这样的时局下，通亲自然更加的远离平氏而亲近法皇。法皇在平氏西逃之后返回京都，通亲立即主持召开了安德天皇与神镜夺回会议。法皇和朝臣的意思基本是一致的，就是希望义仲继续追讨平氏，而不要在京都进行劫掠和干涉皇位的继承。于是，法皇授予义仲追讨源氏的命令，期望他尽早离开京都。义仲并不识趣，一面在放任手下在京都烧杀抢掠，一面企图把持朝政。在天皇人选方面，义仲拥立仁王之子北陆宫为天皇，法皇则认为朝廷也不能抛开不管在京的高仓上皇的儿子。于是，朝廷用占卜之术否决义仲的意见，拥立高仓上皇之子尊成亲王即位，是为后鸟羽天皇。同时，在西国的平氏手上安德天皇尚且建在，于是两位天皇并立的局面便出现了。在某种意义上，仿造后世南北朝时代一说，这也可以称为东西朝时代。接受追讨平氏命令的义仲军在西国前线屡尝败绩，义仲只得率主力离开京都奔赴前线，留下一片狼籍的京都。朝廷和京都的百姓对义仲的反感与日俱增，法皇考虑到日后与义仲难免兵戎相见，承认了赖朝对东山东海两道的支配权，并密招赖朝乘义仲不在率兵进京。义仲也发现了事态的严重性，要求法皇下达对镰仓赖朝军的征讨命令，法皇却已源家武士担任御所警备为由拒绝发布命令。忍无可忍的义仲于11月19日返兵急袭了法皇的法住寺御所，逮捕了法皇。同时，义仲军闯入摄政近卫基通的府邸，罢免了包括他在内的诸多近臣，立松殿师家为摄政，着手确立义仲政权。镰仓的赖朝看到时机已到，便命令两个弟弟范赖和义经进军讨伐义仲。义仲为了和赖朝军作战不得不和平氏议和，并于计划着把法皇带回北陆老家，自己就任征夷大将军，但在宇治川和范赖、义经的战斗使得义仲身陷困境。寿永3年（1184）正月，义仲在近江粟津战死，赖朝势力控制了京都。与此同时，通亲也在继续为自己的权力和地位奋斗。他迎娶了高仓范兼的女儿，高仓范季的养女，后鸟羽天皇（时年3岁）的乳母范子为妻。范子本是法胜寺能円法印的妻子，由于能円与平氏一道西去，她便以养育后鸟羽天皇为由和能円离婚，之后嫁给了通亲。娶了天皇乳母的通亲获得了天皇乳父的权威，开始辅佐天皇处理政务。通亲以乳父的身份主持了改元朝议，后鸟羽天皇即位礼、大尝祭、院御所佛事等诸多活动，一时忙得不可开交。在4月的改元朝议中，通亲决定使用“元历”为年号，在福原被平氏拥立的安德天皇则继续使用“寿永”为年号，于是又出现两位天皇两个年号的局面。同年，为了防止平氏卷土重来，彻底消灭平氏，后白河法皇向赖朝发布追讨平氏的院宣，京都的范赖、义经接到命令后也迅速展开了对平氏的攻略。随着赖朝军在2月一之谷战斗的胜利，翌年文治元年（1185）2月奇袭讃岐屋岛的胜利和5月长门坛之浦战斗的胜利，平氏一族彻底灭亡。
源义经与弁庆 在源平争战期间，通亲于文治元年（1185）1月20日就任权中纳言，召开了讨论源氏取回神器的归还方法的会议。平宗盛等一批重要平氏族人在战后都被抓捕押往了镰仓，但平时忠、能円等9人因为往日与通亲的交情则只是被判处流罪。源赖朝在灭亡平氏以后和弟弟义经的矛盾开始表面化，就连朝廷也因兄弟矛盾而又起纷争。庇护义经的法皇发出了追讨赖朝的旨意，不过义经却因为赖朝率兵进京而逃出京都，法皇不得不向镰仓的使臣说明情况，并发出了追讨义经的院宣。赖朝乘此机会，开始推行朝廷改革，构建源氏政权。他先是以追捕义经为由获得了朝廷对其在诸国设置守护、地头和征收兵粮的认可，其次又自行更换追讨奉行人员，任命叶室光雅、小槻隆职、平亲宗、高階泰经等人为追讨奉行，最后在同年12月6日，赖朝提出了在朝廷设置议奏公卿的要求。通亲与九条兼实。三条实房、中山忠亲、吉田经房等10人，一道成为了赖朝议奏公卿的人选，知行地划在因幡国。不过像左大臣大炊御门经房等要员因为和法皇发出追讨赖朝旨意有关，则没有被列为议奏公卿的人选。文治2年（1186）3月12日，在赖朝的支援下，九条兼实就任摄政，不过因为法皇对兼实并不信任，兼实没能掌握朝中权势。翌年，法皇无视九条兼实的意见，令原先因与发布追讨赖朝旨意有关联而被更替的官员纷纷恢复职位，赖朝以议奏公卿制度为核心的朝廷改革也宣告失败，在近臣的拥护下，法皇的权力逐渐增强。通亲因为是法皇派，地位得到进一步巩固，不但统辖了宫内的一切事务，与内廷女房的联系也进一步加深。通亲于文治3年（1187）1月23日升从二位，在3月4日向公卿朝臣征集政治意见时，通亲的意见也被专门的记录下来。文治4年（1188）7月7日，通亲就任淳和院、奖学院别当（即成为了源氏长者）。之后九条兼实的次男九条良经升至正二位，通亲心中不满，也提出了升正二位的要求，九条兼实听说后十分气恼。文治5年（1189）1月7日，通亲升正二位，7月10日兼任右卫门督。这段时间，源赖朝正在征讨奥州。义经逃出京都之后，躲到了奥州藤原秀衡的地盘，秀衡死后，其子泰衡慑于源赖朝的威势，包围了义经在衣川的府邸，义经被迫自焚。泰衡的举动没能阻遏赖朝的大军，赖朝以窝藏义经为由，征服了奥州，灭亡了奥州藤原氏。
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