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【惟视科研第20讲】临床研究也要数据可视化,来张列线图吧

 阮朝阳的图书馆 2022-07-15 发布于浙江

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很多人看到这篇文章时,临床研究已经结束了,扩大样本量是不可能的了,改实验设计是不可能的了。但有没有什么方法,可以把临床研究精装修一下?有的!老原则,有图有真相,加上几张统计图,临床文章立马易读多了。

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数据可视化是各类文章的潮流。信息爆炸时代,大家很难有时间仔细看文字。简洁有力的图片,把临床研究结果。

什么是数据可视化?又是个唬人的大词。实际上就是把数据画成图而已。最简单的柱状图就是可视化的一种。当然我们发文章嘛,总要搞得再高大上 那么一点点,那就加个列线图吧。临床研究常用到多因素回归分析。一个列线图,迅速将文章水平提高了一分。

列线图(Alignment Diagram),又称诺莫图(Nomogram图),它是建立在多因素回归分析的基础上,将多个预测指标进行整合,然后采用带有刻度的线段,按照一定的比例绘制在同一平面上,从而用以表达预测模型中各个变量之间的相互关系。

列线图的基本原理,简单的说,就是通过构建多因素回归模型(常用的回归模型,例如Cox回归、Logistic回归等),根据模型中各个影响因素对结局变量的贡献程度(回归系数的大小),给每个影响因素的每个取值水平进行赋分,然后再将各个评分相加得到总评分,最后通过总评分与结局事件发生概率之间的函数转换关系,从而计算出该个体结局事件的预测值。

列线图将复杂的回归方程,转变为了可视化的图形,使预测模型的结果更具有可读性,方便对患者进行评估。正是由于列线图这种直观便于理解的特点,使它在医学研究和临床实践中也逐渐得到了越来越多的关注和应用。


如何解读列线图?

我们以《The diagnostic value of white blood cell, neutrophil, neutrophil-to-lymphocyte ratio, and lymphocyte-to-monocyte ratio in patients with primary angle closure glaucoma》文章中的列线图为例,看看如何看懂这个图。

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列线图的名称主要包括三类:

1. 预测模型中的变量名称:例如图中的眼压,杯盘比等信息,每一个变量对应的线段上都标注了刻度,代表了该变量的可取值范围,而线段的长度则反映了该因素对结局事件的贡献大小。

2. 得分,包括单项得分,即图中的Point,表示每个变量在不同取值下所对应的单项分数,以及总得分,即Total Point,表示所有变量取值后对应的单项分数加起来合计的总得分。

3. 预测概率:例如图中的Risk,表示患闭角型青光眼的风险。

临床上,你只需要将所有变量的得分相加,得到患者的总得分(Total Points),并以总得分为基础,再向下画一条垂直线,就可以知道该患者罹患患闭角型青光眼的概率了。有了这张图,年轻医生秒变老中医。


如何画列线图?

需要R语言。我们后面第27讲会详细介绍如何用R语言画图。这里简单谈一下方法。

R软件中的rms程序包,为我们提供了相应的函数功能,绘制列线图最基本的程序代码:


1. 加载survival和rms程序包,以survival包中自带的数据库lung为例

library(survival)

library(rms)

data(package='survival')


2. 打包数据

dd<-datadist(lung)

options(datadist='dd')


3. 构建COX比例风险模型

f2 <- psm(Surv(time,status) ~ age+gender+grade,data =  LIHC, dist='lognormal')

med <- Quantile(f2) # 计算中位生存时间

surv <- Survival(f2) # 构建生存概率函数


4  绘制列线图

nom <- nomogram(f2, fun=function(x) med(lp=x),funlabel='Median Survival Time')

R语言绘图的最大优点就是可以通过调整代码,得到漂亮的图片。你可以反复修改各个参数,得到最优的图片。在后面的第27讲我们还会详细介绍。

列线图只是临床数据可视化的一种。写文章时可以根据自己的研究,选择合适的图片,将数据变成图,更加直观地呈现出来。

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