土壤微生物种群的数量和分布是反映生物稳定性的一个显著特征并在一定程度上代表了土壤有机质的活性。盐碱地的微生物数量一般要少于普通农用土壤，原因一般认为是由于盐度导致的微生物生存适宜环境改变的结果，但也有研究认为是盐度导致的植物生长的减少间接影响了微生物生物量的差异，而并非是盐度直接对微生物产生的负面效应。盐碱地中土壤微生物量碳、氮，基础呼吸都比普通农用土壤有较大幅度下降，土壤盐碱度的降低会增加微生物对有机质的分解作用，意味着在改良盐碱地时应及时补充有机质。我国学者在研究滨海和内陆盐碱地的微生物数量时发现，随着土壤盐碱化程度的加重，土壤细菌、真菌和放线菌数量及微生物总数呈现显著降低的趋势。盐碱地中细菌数量占绝对优势，其次是放线菌和真菌，其中天津滨海盐碱地土壤中细菌以乳杆菌属(Lactobacilli)、芽孢杆菌属(Bacilli)为主，放线菌以链霉菌属(Streptomycete)占优势，真菌以青霉属(Penicillium)为主。新疆内陆盐碱地土壤微生物的优势菌群主要属于黏球菌目(Myxococcales)、假单胞菌目(Pseudomonadales)、根瘤菌目(Rhizobiales)、芽孢杆菌目(Bacillales)、伯克氏菌目(Burkholderiales)、放线菌目(Actinomycetales)、海洋螺菌目(Oceanospirillales)、黄杆菌目(Flavobacteriales)、交替单胞菌目(Alteromo nadales)。Shi等报道了我国东北地区极端盐碱土中细菌的特征，分离并鉴定了20株，分别属于硬壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)、变形杆菌门(Proteobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes)。
盐碱地土壤微生物受到土层深度、季节、植被类型、盐碱土壤类型的影响。微生物数量随着土层深度的增加而减少，原因在于表层土壤环境由于受植被的影响，可供微生物利用的各种资源极为充足，加上由于植物根系存在而导致的空间异质性，可以满足各种微生物的生存需求；不同类群微生物数量随深度降低幅度并不一致，真菌数量的降低幅度较细菌高。盐碱地中不同类群微生物数量出现峰值的季节并不一致，细菌和放线菌数量在夏季出现峰值，真菌数量在秋季和冬季出现峰值，且不同微生物功能群基本上只有一个峰值且峰值出现的季节不同，与碳循环相关的纤维素分解菌功能群的峰值出现在冬季，与氮循环相关的微生物功能群一般在夏季或秋季出现峰值。植被类型会影响盐碱土壤微生物的代谢功能，罗倩等发现在新疆盐碱地梭梭植被下的土壤微生物对碳水化合物、羧酸、氨基酸、酚类、胺类类型的碳源有更好的利用，琵琶柴和隐子草植被下的土壤微生物群落能较好地利用氨基酸类碳源。盐渍化土壤类型的不同也会使土壤微生物的功能群落出现明显差异，卢鑫萍等在研究宁夏3种类型盐碱土时发现，草甸盐土上微生物优势群落为氨基酸代谢类群，盐化灌淤土为多聚化合物代谢群，碱化龟裂土为碳水化合物代谢群，同时，3种盐碱土对芳香类化合物的代谢能力整体都较弱。 放线菌的数量、种类与土壤肥力有着极为密切的关系，是土壤肥力高低的标志之一。土壤放线菌对决定土壤肥力水平的土壤团聚体的形成与稳定性有着重要作用。乔正良调查了盐渍土中的放线菌资源，发现放线菌对土壤盐分含量和pH有很强的耐受性，重度盐化土壤中分布的耐盐放线菌最多。盐渍土中放线菌的数量和种类比农田土壤要少，包含了链霉菌属和单孢丝菌属，盐渍土放线菌的一个特点是由能在pH8～9和NaCl浓度接近50g/kg的环境下生长的嗜盐、嗜碱、嗜盐碱链霉菌占支配地位，1g土中菌丝长度可达140m。参考文献：
【1】孔涛，张德胜，徐 慧，王力华.盐碱地及其改良过程中土壤微生物生态特征研究进展[J].土壤,2014,46(4):581–588.
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