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ctDNA 的可分析性和临床有效性已经被证明，虽然理论上 ctDNA 可以比组织学基因检测提供更多关于肿瘤空间和时间异质性的信息，但在临床实践中仍有很多细节需要注意，因为会影响最终得到的分析结果。
为此，2022 年 7 月 6 日，欧洲肿瘤内科学会（ESMO）精准医学工作组在《肿瘤学年鉴》杂志刊登了关于癌症患者使用 ctDNA 检测的新建议，旨在解决 ctDNA 检测的主要技术问题并提供一些所需的质量标准。
ctDNA 具有多种应用潜力，包括：
癌症筛查、早期疾病诊断、局部治疗后分子残留（MRD）检测和分子复发（MR）监测、晚期癌症基因分型、治疗效果早期评估、反应监测和识别耐药机制。
癌症患者 ctDNA 会随肿瘤特征而变化，包括肿瘤部位、肿瘤负荷、增值和凋亡比率、坏死程度，炎症反应，肿瘤微环境及宿主相关因素。
因此对于血液样本采集时间，标本保存，检测结果解读有以下相关建议：
ctDNA 检测的采血时间应根据临床情况谨慎选择，很多因素会影响 ctDNA 的释放，比如化疗、靶向药物、免疫治疗和放疗。因此要根据具体临床需要选择采样时间。
术后 ctDNA-MRD 理想情况下应该在术后至少 1 周进行，对于愈合时间较长的大手术，可能需要 2 周或更长时间。晚期癌症患者的基因分型，在积极治疗有效或无进展的肿瘤中应避免采血，以尽量减少假阴性结果。
应根据 ctDNA 处理的时间和所使用的检测方法进行选择，如选择 EDTA 管还是 cfDNA 管。
如果血浆样本暂不进行 ctDNA 提取，应在 -80℃ 长期储存，使温度变化最小，并尽可能减少反复冻融。
4.1 假阴性
4.2 假阳性和胚系突变
克隆性造血（CHIP）突变是 ctDNA 检测中假阳性的常见原因，因此，建议对血浆 ctDNA 和白细胞 DNA 进行同步检测分析，进而排除 CHIP 突变。
ctDNA 可能会检测到癌症易感基因的致病性胚系变异（例如：BRCA1，BRCA2，PALB2），此类变异的结果需要使用经过验证的检测方法进行复核 (返回式肿瘤组织检测)，以确认是体系突变还是胚系突变。
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（图源：自己做的）
目前没有足够的证据表明需要在治疗期间常规检测 ctDNA。
虽然早期 ctDNA 水平与预后密切相关，并且可能在临床进展前数月发现耐药突变，但没有足够的证据表明根据这些发现采取干预措施可以改善预后。需要进行随机干预临床试验来评估 ctDNA 动态监测的作用。
液体活检，尤其是 ctDNA 检测已经越来越多地用于临床。微创取样、可动态监测、结果获得迅速是其主要优势。
并且，已经有足够的证据表明晚期癌症基因检测对临床治疗具有指导意义，尤其是在组织活检不理想或时间至关重要的情况下。
当然在临床应用中，必须考虑 ctDNA 检测基因融合和拷贝数变异灵敏度较低及 CHIP 突变引起「假阳性」的问题。
此外，由于缺乏实用性证据，目前不推荐将 ctDNA 检测常规用于癌症筛查，MRD 评估，MR 监测和治疗反应的早期评估。
ctDNA 分析的其他潜在应用正在研究开发中，而不是建议用于常规实践，包括识别对早期动态治疗无反应的患者 ctDNA 水平的变化，临床前监测耐药突变的发展进程，以及筛查无症状的癌症患者。
目前正在开发的 ctDNA 新技术，如基于甲基化模式的测序、基于片段化模式的测序或新型超灵敏突变检测方法，有可能优化在这些新应用中的效用。
