中枢神经系统肿瘤中常存在基因突变、基因融合等分子遗传学改变，其中毛细胞星形细胞瘤、弥漫性软脑膜胶质神经元肿瘤中常存在BRAF基因融合，其他一些儿童低级别胶质瘤中也可存在BRAF基因融合；尤其以KIAA1549-BRAF融合最为常见。此外研究发现存在BRAF基因融合的胶质瘤比BRAFV600E突变或BRAF野生型的胶质瘤预后较好；因此检测BRAF基因融合状态为病理诊断与鉴别诊断、临床诊治及预后评估提供了帮助。
目前BRAF融合基因检测的方法主要包括荧光原位杂交（FISH）、rt-PCR、下一代测序等。由于KIAA1549-BRAF有多种外显子（也有内含子）融合方式，rt-PCR需要设计多对引物扩增、测序，实施起来相对复杂；而尽管NGS可检测到具体融合方式，但检测时间相对较长、费用相对较高，因此目前病理诊断时仍是优先采用相对便捷、费用较低的FISH检测方法。
融合基因的FISH检测一般采用双色融合探针和断裂探针进行检测，根据选择不同探针，具体判读方式如下：
但是KIAA1549-BRAF融合方式常为串联重复（tander duplication），因此FISH检测时融合/分离阳性信号也与其他常见的基因融合方式不同。 1. KIAA1549/BRAF融合探针：两红两绿信号为阴性，两红两绿及一黄（其中黄色信号多在一红一绿信号点中间）KIAA1549-BRAF融合阳性信号。
2. BRAF断裂探针：两黄信号为阴性，两黄一绿或一黄一红一绿为BRAF分离阳性信号。
有些BRAF融合阳性病例（BRAF断裂探针检测）中可出现绿色信号与黄色信号距离非常近，有时会被忽略掉，这种情况判读时要更加谨慎。
此外少量病例（BRAF断裂探针检测）还可以常规的分离信号（一黄一红一绿）；有时也出现BRAF基因扩增，出现多个红色/绿色信号。
为进一步验证，我们对BRAF阳性信号（BRAF断裂探针中两黄一绿信号）病例进行NGS检测对比。
还有研究提示存在BRAF扩增提示预后复发风险增加，但具体意义尚需进一步验证。
因此BRAF融合基因检测对于临床病理诊断、鉴别诊断、预后评估等均起着重要作用，检测方法和结果判读至关重要，尤其要重视对于BRAF断裂探针的FISH检测结果的判读，对于小的单独红或绿信号点出现、多拷贝时多个绿点/无法判读时，有必要再用其他方法进一步验证。 主要参考文献： 1. David T W Jones, Sylvia Kocialkowski, et al. Cancer research 2008 Nov 01;68(21):8673-7 doi:10.1158/0008-5472.CAN-08-2097. 2. Liang Cheng, Shaobo Zhang, et al. The journal of pathology. Clinical research 2017 Apr;3(2):73-99 doi:10.1002/cjp2.64。 3. Timothy A Gregory, Lyndon B Chumbley, et al. CNS oncology 2021 Mar 01;10(1):CNS68 doi:10.2217/cns-2020-0027. 4. V Peter Collins, David T W Jones, et al. Acta neuropathologica 2015 Jun;129(6):775-88 doi:10.1007/s00401-015-1410-7. |
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二代测序验证结果
