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当三代测序遇到肿瘤基因组研究

 凌恩生物 2022-07-28 发布于陕西

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期刊:Gene Res   

影响因子:9.043

实验对象:肺癌细胞株

DOI:10.1101/gr.261941.120

长读长测序可以对已知的癌性突变进行基因分型,更精确地识别到一些结构异常如大片段缺失、基因融合和其他染色体重排。此外,研究还有报道几种中型结构畸变,包括局部重复、倒位和微缺失的复杂组合,这些变异有时会发生在与癌症相关的基因中,例如 STK11、NF1、SMARCA4 和 PTEN。传统的短读长测序受序列长度的限制往往会造成变异位点的漏检。因此,长读长测序可能有助于了解致癌突变仍然未知患者的分子病因。

肿瘤细胞系的长读长测序

利用长读长技术对肺癌细胞株LC2/ad进行全基因组测序,发现三代测序技术在此方面应用具有如下优势:

a.序列长度长:获得的序列长度可达50 kb;
b.覆盖率高:较低测的测序深度即可达到较高的基因组覆盖率(测序深度  20x时,人类基因组有50%以上被覆盖);
c. 序列准确性高。
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图  肿瘤基因组的长读长测序

长读长技术检测肿瘤的SV

研究比较了不同读长技术在鉴定肿瘤SV的差异,在长度长数据集中找到17092个SV中,短读长数据集中只检测到了2236个SV。
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图  肿瘤基因组的结构变异分析

肿瘤基因组

有些肿瘤基因变异情况是非常复杂的,如同时发生重复、倒置和缺失,我们将其命名为“癌性局部拷贝数病变”(CLCLs),CLCLs的长度远远超出了短读长的测序长度,因此,基于短读长是检查不到的,长度长测序可以跨越CLCCs,得到准确的结论。
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图  复杂变异的鉴别

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