【原】Cell报道新冠病毒突变预测新模型：深度突变学习预测ACE2结合和抗体逃逸到SARS-CoV-2受体结合域的组合突变

GCTA 2022-09-01 发布于广东

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2022年8月31日，Cell发表一篇文章报道Sai T. Reddy研究团队开发的病毒突变体预测模型，可用于指导新冠肺炎治疗性抗体治疗和疫苗的开发。

Cell(IF=66.85)|文章标题：

Deep Mutational Learning Predicts ACE2 Binding and Antibody Escape to Combinatorial Mutations in the SARS-CoV-2 Receptor Binding Domain

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通过相关报道，我们知道SARS-CoV-2病毒还在不断进化，进化后的病毒对疫苗和中和抗体具有耐药性，也就是我们说的突变体。这就导致新冠肺炎大流行的持续时间可能还会延长。

本研究科研人员开发了一种机器学习引导的蛋白质工程技术，即深度突变学习（DML）。它可以准确预测其对ACE2结合和抗体逃逸的影响，并用于查询相当于数十亿RBD变体的大规模组合突变序列空间。

本研究通过酵母表面显示筛选出数百万SARS-Cov-2-RBD组合变体，然后利用自己研发的机器学习模型发现SARS-CoV-2变体的选择和出现部分由病毒刺突蛋白内的突变驱动的，特别是ACE2受体结合域（RBD），它是中和抗体的主要靶点。

此外，科研人员还利用DML系统确定了可能的SARS-CoV-2变异的高度多样性，这些变异可能来自多种进化轨迹。

【研究意义】

DML可用于预测病毒当前和未来的变异，包括高度突变的变异，如奥密克戎，从而指导新冠肺炎治疗性抗体治疗和疫苗的开发。

图文摘要

-原文摘要句式分析&翻译-

The continual evolution of the SARS-CoV-2 and the emergence of variants that show resistance to vaccines and neutralizing antibodies threaten to prolong the COVID-19 pandemic.

【the..of..and the..of..(that..) threaten to prolong...】

SARS-CoV-2的不断进化以及对疫苗和中和抗体具有耐药性的变体的出现，威胁使新冠肺炎大流行的持续时间延长。

(COVID-19 pandemic翻译成”新冠肺炎大流行的持续时间“应该更好理解)

Selection and emergence of SARS-CoV-2 variants are driven in part by mutations within the viral spike protein and in particular the ACE2 receptor-binding domain (RBD), a primary target site for neutralizing antibodies.

【..are driven in part by..and in particular ... ,（插入语解释）】

SARS-CoV-2变体的选择和出现部分由病毒刺突蛋白内的突变驱动，特别是ACE2受体结合域（RBD），它是中和抗体的主要靶点。

spike

英 [spaɪk] 美 [spaɪk]

n.尖峰;尖状物;尖头;尖刺;(防滑)鞋钉;(赛跑用的)钉鞋;穗;猛增

v.用尖物刺入(或扎破);在…中偷偷掺入(烈酒、毒药或毒品);拒绝发表;阻止…传播;阻挠;迅速升值

生物学：刺突

Here, we develop deep mutational learning (DML), a machine learning-guided protein engineering technology, which is used to interrogate a massive sequence space of combinatorial mutations, representing billions of RBD variants, by accurately predicting their impact on ACE2 binding and antibody escape.

【we develop DML, （插入语解释）,which is used to ... representing(doing...做表语插入语)... by predicting...】

在这里，我们开发了一种机器学习引导的蛋白质工程技术，即深度突变学习（DML）。它可以准确预测其对ACE2结合和抗体逃逸的影响，并用于查询相当于数十亿RBD变体的大规模组合突变序列空间。

（by..状语前置更符合中文表达方式）

interrogate

英 [ɪnˈterəɡeɪt] 美 [ɪnˈterəɡeɪt]

vt.讯问;审问;盘问;(在计算机或其他机器上)查询，询问

representing

英 [ˌreprɪˈzentɪŋ] 美 [ˌreprɪˈzentɪŋ]

v.代表;作为…的代言人;维护…的利益;等于;相当于;意味着

A highly diverse landscape of possible SARS-CoV-2 variants is identified that could emerge from a multitude of evolutionary trajectories.

【..is identified that could emerge from...（that在定语从句中做表语）】

（科研人员）确定了可能的SARS-CoV-2变异的高度多样性，这些变异可能来自多种进化轨迹。

DML may be used for predictive profiling on current and prospective variants, including highly mutated variants such as Omicron, thus guiding the development of therapeutic antibody treatments and vaccines for COVID-19.

【DML may be used for... including (such as)..., thus guiding...（the development of ..and..）】

DML可用于预测当前和未来的变异，包括高度突变的变异，如奥密克戎，从而指导新冠肺炎治疗性抗体治疗和疫苗的开发。

参考文献：

1.https://www./cell/fulltext/S0092-8674(22)01119-9#relatedArticles

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