《针灸大成》论述了针灸的源流，收载了重要的针灸文献，总结了历代针灸家的临证经验，阐明了主要穴位的用法以及配穴、针灸手法、主治病证、应用药物与调摄法等。
还介绍了有关人体内脏的解剖学知识。特别是，此书对辨证用穴、按时开穴、名家用穴，近乎搜罗无遗。
该书论及300多种病证的1000多个针灸处方，不少病证有两组处方（一个主方，一个备用方），这是其他针灸著作所未见的。
《针灸大成》的内容，充分地体现了明代以前的针灸学术成就，记载了杨继洲的学术特点、临证观点、高超医术和宝贵经验。全书以《内经》《难经》理论为源，历代各家学说为流，全面地总结了明代之前的针灸理论和经验，是继《内经》和《针灸甲乙经》之后，对针灸学文献的又一次大总结。
书中不但收集了当时影响较大的针灸学专书中的内容，还辑录了医学经典著作、综合性医书中的针灸内容、推拿方面的资料，兼有针灸、按摩及药物治疗等，堪称中国古代的针灸学百科全书。同时，还辑录了杨继洲的补泻手法、医案和考卷等。这些内容是杨继洲在博采众长的基础上，对针灸学术的发挥，是杨继洲本人的学术见解。在辑录前代针灸文献资料的同时，穿插有杨继洲自己的论述，亦是对前代针灸学术的进一步阐释。
《针灸大成》卷首的“针道源流”中，共列举了26部医书。包括《素问》《难经》《子午经》《铜人针灸图》《明堂针灸图》《存真图》《膏肓灸法》《千金要方》《千金翼方》《外台秘要》《金兰循经》《济生拔萃》《针经指南》《针灸杂说》《资生经》《十四经发挥》《神应经》《针灸节要》《针灸聚英》《针灸捷要》《玄机秘要》《小儿按摩经》《古今医统》《乾坤生意》《医学入门》《医经小学》。其在本篇末尾记载有“《针灸大成》总辑以上诸书，类成一部，分为十卷”。黄龙祥等考察《针灸大成》所引用医书，发现本书在《神应经》之前的16部书目，均摘自高武的《针灸节要》和《针灸聚英》。编辑《针灸大成》所采用的直接参考书目，实际上只包括《神应经》《针灸节要》《针灸聚英》《针灸捷要》（又名《针灸大全》）、《玄机秘要》《小儿按摩经》《古今医统》《乾坤生意》《医学入门》《医经小学》，加上未注明出处的《奇效良方》《针方集》，共计14部。
明代针灸著作的突出特点，是搜集大量的前代资料，分门别类，自成一体。产生于明代前、中、后期的《针灸大全》《针灸聚英》《针灸大成》，就是此类著作的代表，前两书所载内容的绝大部分均来自前人。《针灸大成》的内容按照书中记载其来源多达26种书籍。这种汇集文献的特点，导致明代针灸著作间某些内容雷同。针灸歌赋的盛行，是明代针灸著作的又一突出特点。这一时期出现的近百首歌赋，除继承前代的作品外，大部分属于针刺手法和治症取穴这两类，并出现了一批短小精悍、实用于临床的歌诀，这种风气一直影响到清代。
现行多数《针灸大成》的版本，书首均收录明·王国光的《卫生针灸玄机秘要》叙、明·赵文炳《刻〈针灸大成〉序》、清·李月桂《重修〈针灸大成〉序》。书尾有靳贤所编“请益”。
《针灸大成》正文共分为10卷，各卷基本内容如下：卷一，开卷是名为“仰人周身总穴图”“伏人周身总穴图”的两幅穴位分布图。第一部分是针道源流，简明扼要地记载了《针灸大成》引用诸书的概况；第二部分是经论部分，选用《灵枢》《素问》《难经》中与针灸有关的经文并加以注释，作为针灸的理论基础，也是整部书的理论中心。
卷二，收集历代有关针灸的著名诗赋10首。分别是《周身经穴赋》《百症赋》《标幽赋》《席弘赋》《金针赋》《玉龙赋》《通玄指要赋》《灵光赋》《兰江赋》《流注指微赋》。其中，《标幽赋》原载于《针经指南》，是金元时期针灸大家窦汉卿所著，内容涉及经络、特定穴、针刺补泻、子午流注、标本论治、禁针禁灸穴等方面，侧重于医理的论述，是针灸歌赋中最重要的著作之一，被历代针灸学家所推崇。《金针赋》首载于《针灸大全》一书，相传为明·泉石心据先师所传特效针法而著，该赋是第一部针刺手法专著，是关于针刺手法的重要经典文献。《通玄指要赋》首载于元·罗天益《卫生宝鉴》，原题为《流注通玄指要赋》，后收入窦汉卿针书《针经指南》，该赋前有窦氏自序一篇，据称此赋系将名医李浩所传的针灸临证经验“四十三治症秘穴”，以押韵的方式赋就一篇，以便记忆。明·徐凤《针灸大全》、高武《针灸聚英》都有收载。《通玄指要赋》体现了窦汉卿临证选穴的经验总结。《玉龙赋》原载于《针灸聚英》，元·王国瑞编辑的《扁鹊神应针灸玉龙经》收录之，本赋是总辑玉龙歌的要旨而成。杨继洲结合自己的医学理论和临床经验，对以上4首歌赋做了详尽的注解，体现了杨继洲的学术主张，这对针灸学的现代研究具有一定的参考价值。其中，杨继洲结合个人的理论体会和临床经验，对于《标幽赋》《金针赋》《通玄指要赋》给予深入的注释；《兰江赋》是杨继洲所集，体现了杨继洲用穴简约的特点，也表明了杨继洲重视担截配穴法。
卷三，第一部分汇集历代有关针灸的著名歌诀20首。这20首歌诀分别是《五运主病歌》《六气为病歌》《百穴法歌》《十二经脉歌》《玉龙歌》《胜玉歌》《杂病穴法歌》《杂病十一穴歌》《长桑君天星秘诀歌》《马丹阳天星十二穴治杂病歌》《四总穴歌》《肘后歌》《回阳九针歌》《针内障秘歌》《针内障要歌》《补泻雪心歌》《行针总要歌》《行针指歌》《刺法启玄歌》《针法歌》。在古代的针灸专书中，《针灸大成》辑录的针灸歌赋，数量是最多的。其中，《玉龙歌》侧重临床疾病的选穴，内容丰富，杨继洲结合自己的临证经验，给予了较为详细的注释和补充。《胜玉歌》是杨继洲自编的，“玉”是指《玉龙歌》。杨继洲认为这首歌诀有超过《玉龙歌》之处，因此取名“胜玉歌”。《胜玉歌》在开篇，即提出“胜玉歌兮不虚言，此是杨家真秘传”。胜玉歌集中了杨继洲家传的经验，全文532字，共论及全身66个穴位，涉及内科、外科、妇科、儿科、五官科、男科、骨伤科等学科的51种临床常见病证的针灸治疗以及手法补泻等，且用穴精简。这是杨继洲集个人和家传临床经验的总结，其中大多病证取单穴就可以获得很好的治疗效果，多则3穴，这体现了杨继洲在临证方面用穴简约的特点，对于临床疾病的治疗具有重要的指导意义。《针内障要歌》和《针内障秘歌》，记载了杨继洲对于内障的治疗经验。第二部分是《策》，收录了杨继洲在考太医时候的考卷4篇，分别是《诸家得失策》《头不多灸策》《穴有奇正策》《针有深浅策》，集中体现了杨继洲的临床经验和体会，总结精辟，议论精深，最能反映杨继洲的学术观点，对后世医家有很好的启迪作用。
卷四，为针刺手法部分，主要汇集历代医家有关取穴法、针具、《内经》《难经》《神应经》《医学入门》《针灸聚英》中的补泻手法，以及禁针禁灸穴等内容。在补泻手法中，有杨继洲结合个人和家传经验编纂的《三衢杨氏补泻》和《经络迎随设为问答》。《三衢杨氏补泻》详细地论述了针刺的各种手法，提出了针刺“十二字分次第手法”和“下手八法”等操作要点，是杨继洲针灸手法特色的突出体现，全面而实用，至今仍被广泛应用。《经络迎随设为问答》通过设问的方式，系统阐述了针刺治疗当中涉及的经络、阴阳、手法补泻等诸多问题，既是对杨继洲理论和临床经验的一次系统梳理，对于同仁也起到了共勉的作用。
卷五，主要介绍十二经井荥输经合五输穴图表，以及子午流注、灵龟八法、八穴八法等时间针法的内容。此卷内容所论述的时间针法内容极为丰富，近人所阐述之子午流注，几乎没有超出此范围者。本卷中的《十二经井穴图》，详细地介绍了井穴的名称、位置、所在经脉循行部位的病证特点，以及相应的治疗方法，内容详细，丰富了井穴的应用。此外，《十二经治症主客原络图》和《八脉图并治症穴》，也是杨继洲临床经验所在。
卷六、卷七，论述脏腑、经络、腧穴。主要辑自高武的《针灸聚英》，具体论及十四经流注，并附有经穴歌诀、十四经各穴的部位、主治、针灸法。还论述了奇经八脉、十五络脉、十二经筋、五脏募穴、五脏俞穴、治
病要穴和经外奇穴等，其中，详细记载了经穴359个，经外奇穴34个。所论各项内容，均为杨继洲所集，且均有详细考证，论述清晰，至今仍有重要的研究价值和实用意义。《督任要穴图》和《经外奇穴》，也均是杨继洲自己的经验。
卷八，主要内容是辑自明代针灸专书《神应经》有关腧穴和针灸证治的内容。首先列举头面、肩背、胸腹部和十二经脉经穴定位、针灸操作方法等，首列简易取穴法，并附以取穴图。其次，分别列出了23门临床各科病证的针灸治法，侧重在临证选穴。卷末收集《针灸聚英》《针灸大全》《乾坤生意》有关针灸治疗中风、伤寒、杂症等方面的记载，列为续增治法，大大丰富了中风病的临床治疗。
卷九，主要包括“治症总要”“东垣针法”“名医治法”“杨氏医案”，以及灸法的相关内容。其中，灸法内容记载了从制备艾叶到灸法的操作、证治和若干传统特色灸法，以及灸治注意事项和灸后调摄，规范了灸法的操作程序。卷尾的“杨氏医案”，实际记录了杨继洲临证治疗的医案实例33则，这些医案记录了杨继洲的医疗活动和针灸临床经验，是杨继洲临证经验的集中表现。医案按照时间顺序排列，证候表现和治则治法兼备，或针或灸或药或针灸药物结合，体现了杨继洲临证治疗的特色，有较高临床价值和研究价值，一直被后人学习效法。
卷十，主要内容直接抄录已佚古籍《小儿按摩经》，本书收录的内容主要有小儿按摩疗法和小儿诸病的诊治，为中医儿科提供了宝贵的资料。由于《小儿按摩经》一书早已亡佚，《针灸大成》的相关内容为《小儿按摩经》的辑佚，提供了宝贵的资料。另有高武的“附辩”，此“附辩”引自《医统》。其中的内容实际是来源于《针灸聚英》和《针灸问对》。在文后有靳贤所写“请益”，所以，卷十应该是全书的附录部分。
