分享

解决所有R包安装的版本问题: ERROR: dependency ‘XXXX’ is not available....

 生信药丸 2022-09-11 发布于贵州

PS:1)推文是半年前的;2)下述内容也适用于找不到包的情况,不仅仅是依赖...
最近整合了团队的几部机器,做成了小集群,于是很多计算环境重新部署。这两天有个项目需要返工,发现之前流程代码无法正常运行。基于报错提示,那么是 DESeq2 的新版本不支持无重复情况。如果要回退,那么需要安装低版本的 R语言。
选择 Conda 安装了 r-base=3.5 ,随后尝试安装,却遇到系列报错,其中主要是

ERROR: dependency 'XXXX’ is not available for package 'YYYY’

大体原因简单。虽然 R 说起来是一门语言,但他不只是语言,已经可以认为是一个超级子系统,啥都打包进去了,包括 Java 执行环境,Python 执行环境等等.... 在我们 “install.packages()” 的时候,其实是:

  1. 下载系统对应预编译版本,直接解压使用

  2. 下载系统对应的源码版本,随后编译
    ...

对于这类“not available”的情况一般是因为对应的 R环境过时,或者 R 包已经更新,如果要解决这个问题,我们需要自行回退到以前的 R 包版本。
假定情况如下

ERROR: dependency 'acepack’ is not available for package 'Hmisc’

那么我们需要安装acepack这个包,直接到 R 官网检索(也适用于bioconductor)

https://search./

复制该链接,使用下述命令安装即可

download.file("https://cran./src/contrib/Archive/acepack/acepack_1.4.0.tar.gz","acepack_1.4.0.tar.gz")install.packages("acepack_1.4.0.tar.gz", repos = NULL)

一般安装完成即可。如果遇到相同问题,那么继续....同样操作,先解决依赖的依赖。

    转藏 分享 献花(0

    0条评论

    发表

    请遵守用户 评论公约

    类似文章 更多