【原】小白花式报错，有几分像你的从前

健明 2022-09-26 发布于广东

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开始的开始

作为jimmy老师的新晋学徒，刷完了一个月的马拉松课程，但没有实战过。。。目标图是一个火山图和一个热图,需要克服巨大的心理障碍创建文件夹开始做练习。

转录组和芯片

先是搞不清楚转录组分析和芯片数据的差异，前情提要：https://www./yenaixiaoxiang/rywsei/fciu6a

rawcount和count

然后心一横直接下载了文档，发现名字是rawcounts 好像和我认知的count不一样啊于是又去查了count是啥：基因表达量最直接的分析手段就是计算比对到每个基因的reads有多少条，在转录组测序中，我们通常称这个数字为count。还是云里雾里… 感觉不能直接跑下游分析，需要先把rawcounts变成counts，此之谓定量（或者是叫标准化查阅课程资料，rawcount出现在这里但是，下一步怎么就变到用edgeR分析了迷茫…找不到输入依然迷茫，新叶老师省略了把rawcount变到count的步骤吗？开始百度… 准备试试：https://blog.csdn.net/twistti/article/details/120147154 校园网好慢，等R包安装安装了一个小时还在安…… 我以前上课没有下载过吗真奇怪咋还没安好…… 还没安好……咋回事啊啊啊啊啊啊啊诶突然好了开始跑：：：它进来了！！！！！！！！！是读这个tsv吗，啊啊啊它读进来了

分组信息

分组信息是啥？

救命，去补课了rawcount泊松分布 count选高斯分布解决方法：手动建立group信息的txt

dev.off

最开始出不了图，发现一次dev.off()不顶用。要关很多次，关到出图为止

unloadNamespace命名空间

找不到函数

小鼠的参考基因组

我人傻了，这里搞了半天发现是org.Hs.eg.db的锅，这是人类的参考基因组，小鼠的话应该是Hs改成Mm

rownames小数点正常的故事到这里就应该结束了，但是，我不会……（真的是0基础小白开始……一把泪解决方法：rownames(DEG_edgeR)<-substr(rownames(DEG_edgeR), 1,18) 从rownames(DEG_edgeR)向量中，提取每一个的前18位

火山（图）喷发

后面好像没有遇到什么问题了，但是一直出不了图，也不知道为什么因为课题组的杂活，搁置了三天然后今天早上点开rstudio试探着跑了一下火山图它就出来了！我的心情像是火山喷发！🌋

热图又又又error了

百度大法好 https://www.jianshu.com/p/d2528bb6c346 “简单说，就是不知道为a这个数据框选择什么select函数了。直接输入select发现在'AnnotationHub'这个包也有select函数。接近办法：1.用dplyr::select() 2.detatch AnnotationHub包。3 安装conflicted包进行优先设置，并且这个包可以给出明确的报错信息和解决方案”

感觉和找不到命名那个错误差不多就是同时两个包都有这个函数但是，好像没有select重复为什么会报错呢？help一下select把这里面眼熟的包都library一下解决方法是library了dplyr 并且把dplyr设置为优先级最后一个报错解决方法也是搜索的，也就是因为anno的行名没有和矩阵一一对应

http://events./p/c0015b5ef2d8

本笨蛋依然手动修改后

热图就好啦！

虽然丑不拉几，还是很高兴！在医院等待的夹缝中写下这一篇，珍贵的心情以后回望的时候，应该值得纪念