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小白花式报错,有几分像你的从前

 健明 2022-09-26 发表于广东

开始的开始

作为jimmy老师的新晋学徒,刷完了一个月的马拉松课程,但没有实战过。。。目标图是一个火山图和一个热图,需要克服巨大的心理障碍创建文件夹开始做练习。

转录组和芯片

先是搞不清楚转录组分析和芯片数据的差异,前情提要:/yenaixiaoxiang/rywsei/fciu6a

rawcount和count

然后心一横直接下载了文档,发现名字是rawcounts 好像和我认知的count不一样啊 于是又去查了count是啥:基因表达量最直接的分析手段就是计算比对到每个基因的reads有多少条,在转录组测序中,我们通常称这个数字为count。还是云里雾里… 感觉不能直接跑下游分析,需要先把rawcounts变成counts,此之谓定量(或者是叫标准化 查阅课程资料,rawcount出现在这里但是,下一步怎么就变到用edgeR分析了迷茫…找不到输入依然迷茫,新叶老师省略了把rawcount变到count的步骤吗?开始百度… 准备试试:https://blog.csdn.net/twistti/article/details/120147154 校园网好慢,等R包安装安装了一个小时 还在安…… 我以前上课没有下载过吗真奇怪咋还没安好…… 还没安好……咋回事啊 啊啊啊啊啊啊诶突然好了 开始跑:::它进来了!!!!!!!!!是读这个tsv吗,啊啊啊它读进来了

分组信息

分组信息是啥?

救命,去补课了rawcount泊松分布 count选高斯分布解决方法:手动建立group信息的txt

dev.off

最开始出不了图,发现一次dev.off()不顶用。要关很多次,关到出图为止

unloadNamespace命名空间

找不到函数

小鼠的参考基因组

我人傻了,这里搞了半天发现是org.Hs.eg.db的锅,这是人类的参考基因组,小鼠的话应该是Hs改成Mm

rownames小数点正常的故事到这里就应该结束了,但是,我不会……(真的是0基础小白开始……一把泪解决方法:rownames(DEG_edgeR)<-substr(rownames(DEG_edgeR), 1,18) 从rownames(DEG_edgeR)向量中,提取每一个的前18位

火山(图)喷发

后面好像没有遇到什么问题了,但是一直出不了图,也不知道为什么 因为课题组的杂活,搁置了三天 然后今天早上点开rstudio试探着跑了一下 火山图它就出来了!我的心情像是火山喷发!🌋

热图又又又error了

百度大法好 https://www.jianshu.com/p/d2528bb6c346 “简单说,就是不知道为a这个数据框选择什么select函数了。直接输入select发现在'AnnotationHub'这个包也有select函数。接近办法:1.用dplyr::select() 2.detatch AnnotationHub包。3 安装conflicted包进行优先设置,并且这个包可以给出明确的报错信息和解决方案”

感觉和找不到命名那个错误差不多 就是同时两个包都有这个函数但是,好像没有select重复 为什么会报错呢?help一下select把这里面眼熟的包都library一下 解决方法是library了dplyr 并且把dplyr设置为优先级最后一个报错解决方法也是搜索的,也就是因为anno的行名没有和矩阵一一对应

/p/c0015b5ef2d8

本笨蛋依然手动修改后

热图就好啦!

虽然丑不拉几,还是很高兴!在医院等待的夹缝中写下这一篇,珍贵的心情以后回望的时候,应该值得纪念

waitwaitwait还没完

对比了一下我的结果和原图火山图将就将就吧

热图好像差的很多

而且没有rgs16分子了怎么回事嗯大概是因为随便显示的10个基因,而不是说top 解决方法还在探寻中……

其他:

pearson对离群值很敏感,spearman不敏感

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