【原】内测开始 | IGV-GSAman: 人工矫正基因注释神器！欢迎参与~

写在前面

国庆开始，想着做点想做但平时没时间做的事情，也不辜负长假。于是，再再再再再一次下决定，试试看到底能不能按照自己的想法，写一个 IGV 的自定义 Track。当然，现在往回看，肯定是可以。前两天，也推出了 「IGV-GSAman」的「Alpha」版本，基本功能不多，不过都是一些关键逻辑的实现测试，包括：

1. 鼠标直接拖拽修改注释

2. 直接复制 CDS 序列

3. 导出修改后的注释为 GFF3 文件

原本想着就这样吧，假期也没白费了。但推文推出，说是直接取代了以前的「IGV-GSAme」，不少朋友还是感兴趣。收到几个邮件，也有三四位间接联系过来。于是想着，这下不对外释放似乎也不太合适，毕竟东西都写出来了。能够加速不少人的科研工作，也是微薄贡献。
既然要释放，那么还是要把必备的功能，补充一下。于是又挤了挤时间，补充了不少功能，大体如下

完善特性

一番折腾，基本覆盖了之前「IGV-GSAme」的所有功能，而现在的「IGV-GSAman」功能更全，更稳健，后面优化空间更大。
Copy CDS Sequence，右键可以直接复制整个mRNA转录本对应的全长 CDS，方便后续分析

Copy mRNA Sequence，右键直接复制mRNA序列全长
Delete this Transcript，删除鼠标点击的转录本，注意到，如果是最后一个转录本，那么会自动清理掉对应基因

Add a Transcript，在鼠标点击位置，增加一个新的转录本（会自定补充一个Exon），注意到添加的不会有链性

我们可以手动拖拽，参考任何信息，得到某个合适的外显子

Slice this Exon/Add a Exon，把鼠标点击的 Exon 切成两份，从某个角度来说，等同于增加了一个外显子

继续拖动拖拽，然后就可以得到合适的结果（一般是参考RNAseq mapping结果）

Predict CDS，预测鼠标点击的转录本最长开放阅读框为 CDS，注意到，如果已有CDS，会为自动清理掉；整个mRNA的链方向会按照预测出来的 CDS 自动校准。

当然，如果是基于RNAseq Mapping结果，会觉得更好看一些
Delete this Exon，删掉鼠标点击的 Exon，注意到，如果是最后一个外显子，那么会自动清理掉对应转录本（如果是最后一个转录本，会自动清理掉对应基因）
Switch Strand，切换链方向，比如一个转录本是正链，现在认为他是负链，那就切换一下。或许是个lncRNA，可以指定一下链。注意，如果有CDS存在，那么切换链时，CDS会自动清理掉。这个合理。
Clear CDS，去掉当前转录本的 CDS 注释，比如你做的就是一个 lncRNA
Softberry Predict，自动解析Softberry基因预测结果，谁用谁后悔，后悔没早用！（注意到，微小外显子一般是需要参数调优，当然，最好是基于 RNAseq Data 手动校准）

Export to GFF3 File，导出注释为 GFF3 文件，需要注意，不管你导出不导出，只要做了修改的注释，就已经修改而且保存了。你想撤回，那么后面会优化。而如果你希望软件突然崩溃退出，丢失数据，那这个办不到。逻辑上，是实时保存了。我想这个很重要，相比于 IGV-GSAme，IGV-GSAman的这点，我实在太喜欢 了。

写在最后

逻辑上，对于一个 GUI 软件，写图文教程是很麻烦的。简单写一下就好，或许后面有时间，直接录制一个视频讲演，这样会清晰一下。我们讨论了下，开始「IGV-GSAman」的内测，建立「内测微信群」，实施：

1. 邀请制，由我们直接邀请进群

2. 实名制，进群后需要标注「单位-姓名」

如果没有加我们微信的，可加师弟「刘鸿森」微信「sen1019san」，他会邀请你进群。欢迎确实有人工矫正基因注释需求或者有相关经验的朋友参与。