【原】GSAman | 人工矫正注释，加速>300倍，支持转录本灵活操作

今天间断忙了工作的事情，也忙了家务事项。总的来说，就是啥也没干。晚间，这一天白过也不行。于是还是捡起来 IGV-GSAman 继续优化。
当然，主要就还是速度方面的优化，最新版本 0.6.5 相比于前面版本加速了300倍，相对于0.3.0，加速了估计上千倍。逻辑上，现在整体拖拽调整外显子区间的响应速度，应该比市面上唯一可用的Apollo的响应速度还快。当然，或许是速度相当？我手上没有合适的工具，就没测试了。
不过对于本地软件IGV速度必然还是比JBrowser快的，这个无需考虑。
当然，最新版本还增加了几个功能，其中主要来自于网友“牧心”的建议。基于他的说法，他已经用 GSAman 完成了自己基因的基因结构注释矫正，几天时间鼓捣了几百个基因的注释矫正。用的还是旧版本，如果是最新版本，我估计一天可能就完成了(或许）....
至于最新增加的功能，大体如下：

内含子区域直接插入外显子

前述为了偷懒，只支持了「Slice an Exon」，于是其实操作起来还是不方便。以前的 IGV-GSAme 是支持插入外显子的。想来想去，老铁都提了建议了，就还是要支持下。于是现在可以直接在内含子区域，右键「Add an Exon」。

直接复刻一个转录本

基于老铁提议，以后大伙会关注一个基因的多个转录本。而这些可变剪切其实也可以基于 Pacbio 的 isoseq 或者 nanopore 的 Full Length RNAseq 数据来矫正。新建转录本，慢慢调整还是慢了一点。于是，需要直接基于一个转录本，复制出来一个新的转录本。随后在其上调节即可。这个想了想，还是有点用，于是也加上。

修改转录本名字

既然能增加转录本，那么就还是要支持转录本名字的自定义。不然就都是「GSAmanXXXXX」，于是就支持了一下。逻辑上这样也更合理一些。

写在最后

后台有朋友在问稿费哪里交....或许明天？