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儿童中枢神经系统肿瘤的分子图谱对于诊断和临床管理至关重要，但由于肿瘤的敏感位置，组织通路等限制，很难被诊断性手术活检捕捉到。这一次安捷伦助力科学家们开发了一个有针对性的深度测序平台来检测肿瘤驱动突变、拷贝数变异和异质性。文章发表在Nature 子刊npj Precision Oncology volume 6, Article number: 63 (2022)。 样本来源：
病人样本在治疗过程中或在尸检中取得。一共取得10份脑脊液（CSF）样本，取得8份血浆样本和2份血清样本，取得10份肿瘤样本。 DNA提取：
1、肿瘤基因组DNA提取：采用Gentra Puregene Tissue Kit (QIAGEN)
2、cfDNA提取：从 500 µL-1 mL 脑脊液（CSF） 和 1-2 mL 血清或血浆中进行提取，采用了QIAamp Circulating Nucleic Acid Kit (QIAGEN)，货号：55114 二代测序NGS
1、基因组全外显子测序
50 ng的基因组DNA利用超声打断成150-180bp的片段，先进行末端配平，加A，加接头，PCR扩增和磁珠纯化构建预文库， 然后采用安捷伦全外显子探针(SureSelect XT Human V6 + COSMIC）进行外显子捕获。捕获后的基因组片段再进行扩增富集之后，通过质控后，在进行上机测序。
2、CfDNA靶向捕获测序
采用带有unique molecular identififiers（UMI）和双端接头的ctDNA检测panel 进行靶向捕获测序。 
图 1 对DMG组织、脑脊液和血浆/血清的致瘤性变化的检测
结论：
① 肿瘤和脑脊液配对的一致性高于肿瘤和血浆/血清配对，脑脊液突变检测具有高平台敏感性和特异性。科学家的平台用于早期检测临床相关突变的效用，即使是在起始DNA输入极低的情况下依然能发挥作用
② ctDNA分析在揭示肿瘤组织基因组异质性方面具有潜在的优势，包括检测激活关键的dmg相关生长因子信号通路的亚克隆突变。 在这一次DNA测序中，安捷伦派出了质控大家庭中的Tapestation系列的4200分析仪对样本cfDNA以及测序文库进行质控，其中cfDNA质控使用的是High Sensitivity D5000 assay，这一款assay 需要将安捷伦高灵敏度 D5000 ScreenTape（货号：5067-5592） 和高灵敏度 D5000 试剂（货号：5067-5592） 搭配一起使用，适用于 100–5000 bp DNA 的高灵敏度分析，一套可检测105个样本。 除了科学家质控用到的High Sensitivity D5000 assay，安捷伦Tapestation 还有多款针对不同应用以及不同核酸片段大小的试剂盒，为核酸质控提供完美解决方案。 文中提到的试剂耗材以及安捷伦Tapestation试剂耗材现货，详见下表。各位老师走过路过不要错过！ | 货号 | 产品名 | 简介 | 特点 | | 5067-5582 | D1000 ScreenTape | 2200/4150/4200仪器配套试剂 | 用于分析35-1000pb 的DNA，7组ScreenTape胶条，112个样 | | 5067-5576 | RNA ScreenTape | 2200/4150/4200仪器配套试剂 | 分析总RNA，灵敏度高达5ng/µL。包括7组ScreenTape胶条，112个样 | | 5067-5584 | High Sensitivity D1000 ScreenTape | 2200/4150/4200仪器配套试剂 | 用于35-1000pbDNA 高灵敏度分析，包括7组ScreenTape，112个样 | | <a href="https://www./search.html?keyword=5067-5585" data-sheets-hyperlink="{" hyperlinktype":null} data-sheet-href="https://www./search.html?keyword=5067-5585" style="box-sizing: border-box; background: transparent; -webkit-tap-highlight-color: transparent; color: rgb(53, 152, 219);">5067-5585 | High Sensitivity D1000 Reagents | 2200/4150/4200仪器配套试剂 | 用于35–1000 bp DNA 的高灵敏度分析。包括分子量标准品和样品缓冲液，112个样 |
今天的分享就到这里了，青山不改，绿水长流！ 咱们下周见！
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