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牛顿于1727年去世，葬于威斯敏斯特教堂。毋庸置疑，牛顿是近代物理学的开端，整个经典物理学大厦，是由他一人打下了坚实的基础，再怎么盛赞他的伟大也不为过。然而，关于牛顿的故事，可不仅仅是这一点，可能很多人都知道，牛顿晚年的时候沉迷于神学和炼金术。在一个20世纪的发现中，人们找到了牛顿生前留下的一些颠覆性的神学观点。
有人说牛顿不相信基督教中的“三位一体”，这很可能是一种过度解读，因为他当年通过自己的考证指出了罗马教会《圣经》中的一些翻译失误，但翻遍他所有的研究成果，也得不出他反对“三位一体”的言论。他的考证仅仅只是为了警示人们“揭开被谬误掩盖的真相”。 不过，牛顿不相信任何人有不死的灵魂倒是确有其事，另外，他也不认为上帝是一个人形的样子，至于人们绘画中的上帝形象，在牛顿看来，是一种罪恶，应该抵制，因为这是偶像崇拜。于牛顿而言，三位一体的教义很难理解。在1675-1685这十年间，牛顿洋洋洒洒写出了一部阐释《启示录》的书。他非常自信，要给自己的研究找到证据，他在一开始就声称要用这种办法来启迪教会。简单来讲，《启示录》就是一本关于预言的书，里面有很多象征意义。而要阐释这些象征意义，就需要回到历史事件本身。尽管这样子的语言在今天的人看来很奇怪，但牛顿与同时代的科学家大都是这么做的。牛顿甚至在自己的分析中交替采用“命题”或“假定”的形式，让人以为这是一部关于数学分析的书。举个例子，比如公元337年，罗马皇帝君士坦丁去世，罗马帝国分为东西俩罗马，这是一件历史事件，而在牛顿看来，这刚好对应《启示录》中的象征。西罗马的出现刚好对应了《启示录》中十角兽从海中上来。宗教信仰可以说伴随了牛顿的一生，早年的时候，牛顿就对基督教有着坚定的信仰，跟在科学上的自负一样，他认为自己是被上帝选中的人，他觉得自己与众不同。他认为自己毕生做的事就是发现上帝预设的规律，并恢复已经被篡改了很久的古代经典。1662年5月底，牛顿曾记下了自己在过去十年犯下的罪行，这些记下的许多罪行都是他在虔诚的基督徒理应休息的安息日（“主日”）所做的一些事情。比如在这期间，他要么读了一本无关紧要的书，要么在教堂吃了一个苹果，要么就做一些其他与上帝无关的研究。这些被记录下来的罪行都涉及他没能像一个虔诚的人那样生活的情形。“因为没能按照自己的信仰生活”，而且“疏于祈祷”，所以他远离了上帝。从这些材料中看来，至少在当时来讲，牛顿对宗教还是放在心上的。在牛顿看来，当时大多数人普遍遵守的基督教教规，在过去的一千多年里，从罗马时代就已经被篡改了，因此他既然觉得自己被上帝选中了，就有必要拨乱反正，这也是他除了研究科学外，还将大部分时间用于神学和炼金术的原因。1667年，就在第一个物理奇迹年的一年后，伦敦的鼠疫渐渐好转，牛顿参加了一次竞赛，决定角逐大学研究员的职位。这一次，牛顿非常顺利，最后被评选为副研究员。当选之后，牛顿按照要求宣誓，今后要将神学作为自己的研究中心，还宣誓将来要领圣命，否则就辞职。他当时买了很多瓶子，估计是用来做化学研究。尽管这份宣誓很可能是为了表面功夫，但当时的大环境就是如此，神学依旧占据了大学的主要工作。神学研究尽管只能算是牛顿一项个人事业，因为他活着的时候几乎没有与其他人交流过，但他却将其视为自己人生的主轴。《圣经》对牛顿的重要性是不言而喻的，无疑，牛顿始终是一个自信的人，为此不惜与其他不同意见者争得面红耳赤。这种来自内心深处的自信，恐怕也多半源于形而上学的信仰。此种信仰和一般意义上的信仰不同，普罗大众相信神的存在，是相信这些神能给自己带来好处。而牛顿的信仰则更多是以上帝之名，为自己树立一块坚固的基石。在牛顿的朋友哈雷看来，牛顿虽然不是神，但却是无比接近神的男人。《原理》出版后，牛顿声名鹊起，其中有关天体运动的完美轨迹被当时的人用来作为神学上的证明——在当时的人看来，天体的运转虽然不是圆形了，但《原理》给出来的轨迹非常漂亮。甚至就连牛顿也是如此，他并不反感神学家引用他的著作。他在给其他人的回信中表示，引力是导致行星运动的原因，然而，如果没有上帝之力，就不会形成行星绕太阳的运动结构形态，行星之间的水平运动也不会如此精妙准确。在穷尽所有可能后，我们只有将宇宙体系的成因归于全知造物主的安排。柏拉图认为，神在距离太阳很远的地方制造了行星，而后将它们抛向了太阳。而牛顿认为，若太阳引力是一个常数，那么柏拉图的观点就是站不住脚的。但若是行星落入自己的轨道后太阳的引力突然加倍，那么柏拉图的猜想才是成立的。牛顿很认真地在回复这些内容，尽管这在今天的人看来很奇葩，甚至觉得没有回应的必要。但牛顿就是这么做了，他并不是一个无神论者。牛顿的神学著作，其中的逻辑非常严密，散发着理性的光辉。牛顿晚年的时候曾生过一场大病，这场病拖慢了他的数学思维能力，有人说这时牛顿才转而去研究神学。实际上，这种说法是错误的，甚至这篇文章的标题也是有误导性的。准确来讲，牛顿并不是晚年才开始研究神学，而是他一直以来都在研究神学。牛顿相信基督给出的承诺，并为此不断与当时的无神论者辩论，他将宗教与科学相结合，通过自己高超的智慧，瓦解了宗教怀疑论者的联盟。我相信，牛顿会非常喜欢这段英国诗人亚历山大·蒲柏为其写的墓志铭。
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