1、《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》国税发[2006]187号
一、土地增值税的清算单位
土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行清算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位清算。
2、《国家税务总局关于印发《土地增值税清算管理规程》的通知》国税发[2009]91号
第六条 主管税务机关应加强房地产开发项目的日常税收管理，实施项目管理。主管税务机关应从纳税人取得土地使用权开始，按项目分别建立档案、设置台帐，对纳税人项目立项、规划设计、施工、预售、竣工验收、工程结算、项目清盘等房地产开发全过程情况实行跟踪监控，做到税务管理与纳税人项目开发同步。
第七条 主管税务机关对纳税人项目开发期间的会计核算工作应当积极关注，对纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，应督促纳税人根据清算要求按不同期间和不同项目合理归集有关收入、成本、费用。
第八条 对纳税人分期开发项目或者同时开发多个项目的，有条件的地区，主管税务机关可结合发票管理规定，对纳税人实施项目专用票据管理措施。
第十七条 清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算；对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税。
3、北京市地方税务局关于发布《北京市地方税务局土地增值税清算管理规程》的公告北京市地方税务局公告2016年第7号
第六条 房地产开发项目应以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行日常管理和清算（以下简称清算单位）。
对于分期开发的项目，可以结合项目实际情况及相关材料进行判定，以确定的分期建设项目作为清算单位。
第十二条 符合下列情况之一的，纳税人应到主管税务机关办理土地增值税清算手续：
（一）全部竣工并销售完毕的房地产开发项目。
（二）整体转让未竣工的房地产开发项目。
（三）直接转让土地使用权的项目。
（四）纳税人申请注销税务登记的房地产开发项目。
在实际清算或复核操作过程中，可能还会出现立项分立项、多立项合并清算等涉及判断清算单位的问题，此时就需要结合历史客观因素、税收监管环境等，以相关政策依据为绝对支撑来进行判断。
