研究背景 ![]() 样品采集 主要结果 1.珊瑚相关共生虫黄藻的多样性和组成 根据全长ITS测序结果,观察到两种不同的珊瑚-藻类关系模式:Porites lutea珊瑚主要与虫黄藻的Cladocopium系群共生,另外四种珊瑚与Durusdinium系群共生,表明宿主物种是影响共生藻类结构和组成的潜在影响因素。Simpson和Shannon多样性指数在不同珊瑚物种之间存在显著差异。基于Bray-Curtis的NMDS分析显示了P. lutea相关的共生虫黄藻群落与其他珊瑚共生群落之间存在显著差异(pvalue=0.001)。 2.珊瑚相关共生细菌多样性和组成 根据全长16S rRNA测序结果,变形菌门在所有样本中最占优势(74.9%),其次是拟杆菌门、蓝藻门和厚壁菌门,平均相对丰度分别为10.3%、4.3%和3.1%。两两比较表明,每种珊瑚相关共生细菌群落的组成彼此之间存在显著差异。Pocillopora spp.的共生细菌以α变形杆菌为主,而Pavona frondifera和P. lutea主要与γ-变形菌相关。 3.珊瑚核心微生物群 4.全长16S rRNA序列与短可变区片段的性能比较 虽然利用二代测序平台获得的短高变区进行16S群落研究更经济,但全长16S rRNA序列提供了更全面的信息,对物种水平的分类更有价值。为了比较二者在进行物种分类上的差异,研究人员从全长序列中提取了V3-V4和V5-V6片段,随后在RDP数据库中进行了比对。珊瑚微生物组相关的16S rRNA全长序列中,有97%以上可以鉴定到种水平,而V3-V4和V5-V6扩增子的种水平注释率分别是16-86%和11-81%。尤其在P. damicornis珊瑚中,V3-V4有84%的片段对分类无效,V5-V6也有89%的片段无效,因为这些短的片段无法区分属于同一属的不同种。 主编观点 ![]() 2、研究者从16S rRNA全长序列中提取了V3-V4和V5-V6片段进行物种注释,用数据说明短片段在物种界定的灵敏度和准确性上确实有局限,进一步说明了PacBio三代测序在微生态研究领域所具有的优势。 ![]() 文章链接:《Genomics》 DOI: 10.1016/j.ygeno.2021.06.001 |
|